本技術(shù)涉及基因檢測，尤其涉及一種基因突變頻率的檢測方法、系統(tǒng)、計算設(shè)備及介質(zhì)。

背景技術(shù)：

1、目前，常用的基因融合突變檢測方法包括免疫組織化學(xué)(ihc)和熒光原位雜交(fish)。fish根據(jù)特定熒光探針顏色位置，僅能檢測已知的融合類型。ihc依賴于高質(zhì)量的抗體，評判主觀性強(qiáng)。同時這兩種方法制定進(jìn)行定性判定，無法有效的進(jìn)行融合濃度的定量判定。雖然也有一些基于ngs的檢測方法，但是這些方法存在以下缺點：

2、ihc和fish敏感性高，但是僅能檢測已知的某一種融合對，而且樣本用量大，特異性也差。arms-pcr和ddpcr的方法靈敏性高，特異性好，但是僅能檢測幾種特定的已知融合，不能檢測未知融合和同時對于伴侶基因較多或不明確的情況存在較大的應(yīng)用局限性。ngs技術(shù)檢測基因融合的方式雖然可以基于單份樣本同時檢測樣本中的多種融合，而且針對未知融合也表現(xiàn)出比較好的檢測性能，可以對融合檢測結(jié)果進(jìn)行融合片段濃度的定量，因此，基于ngs檢測目前已經(jīng)成為一個融合檢測技術(shù)方案?？墒浅鲇诮?jīng)濟(jì)效益的考慮，目前基于ngs進(jìn)行融合檢測的時候，目前的技術(shù)方案都是基于靶向捕獲的方法進(jìn)行檢測的，雖然這種方法可以有效的進(jìn)行更大范圍的融合檢測，包括一些未知融合基因的檢測。但是現(xiàn)有的技術(shù)方法都無法準(zhǔn)確的進(jìn)行融合頻率的測定，尤其是現(xiàn)有的技術(shù)方案大多數(shù)是采用靶向捕獲進(jìn)行融合檢測，但是確沒有考慮到靶向捕獲過程對正常基因組序列和融合基因組序列的不同捕獲效率，而忽視這部分差異，會導(dǎo)致融合檢測頻率和樣本實際檢測頻率存在嚴(yán)重的偏差。而融合頻率的錯誤可能會導(dǎo)致臨床應(yīng)用過程中，無法正確判定對應(yīng)融合是重要的驅(qū)動事件還是次要事件；無法正確的進(jìn)行亞型分析和克隆分析等。

技術(shù)實現(xiàn)思路

1、鑒于現(xiàn)有技術(shù)中的上述缺陷或不足，期望提供一種基因突變頻率的檢測方法、系統(tǒng)、計算設(shè)備及介質(zhì)，可以消除靶向捕獲過程對突變檢出頻率的影響，使突變頻率檢測準(zhǔn)確可靠。

2、第一方面，本技術(shù)實施例提供了一種基因突變頻率的檢測方法，包括：

3、對基因樣本進(jìn)行突變檢測，獲得突變頻率；

4、獲得有效捕獲長度和插入片段捕獲效率的對應(yīng)關(guān)系；

5、根據(jù)所述有效捕獲長度和插入片段捕獲效率的對應(yīng)關(guān)系，對突變頻率進(jìn)行修正。

6、在一些示例中，根據(jù)所述有效捕獲長度和插入片段捕獲效率的對應(yīng)關(guān)系和插入片段信息，得到突變片段的理論捕獲效率以及正常片段的理論捕獲效率；

7、根據(jù)突變片段的理論捕獲效率以及正常片段的理論捕獲效率，對突變頻率進(jìn)行修正；

8、其中，所述突變包括：融合突變、indel突變。

9、在一些示例中，還包括：

10、獲得任意樣本的測序數(shù)據(jù)和靶向捕獲數(shù)據(jù)；

11、根據(jù)所述任意樣本的測序數(shù)據(jù)和靶向捕獲數(shù)據(jù)，得到所述有效捕獲長度和插入片段捕獲效率的對應(yīng)關(guān)系。

12、在一些示例中，根據(jù)所述任意樣本的測序數(shù)據(jù)和靶向捕獲數(shù)據(jù)，得到所述有效捕獲長度和插入片段捕獲效率的對應(yīng)關(guān)系，包括：

13、根據(jù)所述任意樣本的測序數(shù)據(jù)，得到重對比文件；

14、根據(jù)所述任意樣本的靶向捕獲數(shù)據(jù)，得到捕獲區(qū)間；

15、基于所述重對比文件，統(tǒng)計各reads比對到所述參考序列的起始位置和終止位置，并根據(jù)各reads比對到所述參考序列的起始位置和終止位置得到所述任意樣本的測序數(shù)據(jù)對應(yīng)的插入片段在所述參考序列上的起始位置和終止位置，以及根據(jù)所述插入片段在所述參考序列上的起始位置和終止位置，得到所述插入片段的長度；

16、根據(jù)所述捕獲區(qū)間和各插入片段在染色體上的位置信息，獲得各插入片段和探針的共同覆蓋區(qū)域的有效捕獲長度；

17、統(tǒng)計不同的有效捕獲長度對應(yīng)的插入片段數(shù)目，并對不同的有效捕獲長度捕獲的插入片段數(shù)目進(jìn)行歸一化處理，得到有效捕獲長度和對插入片段捕獲效率的對應(yīng)關(guān)系。

18、在一些示例中，所述根據(jù)所述任意樣本的測序數(shù)據(jù)，得到重對比文件，包括：

19、對所述任意樣本的測序數(shù)據(jù)進(jìn)行過濾，得到過濾序列；

20、比對所述過濾序列和參考序列，獲得比對文件；

21、對所述比對文件進(jìn)行標(biāo)記，得到包含重復(fù)序列的對比標(biāo)記文件；

22、針對所述對比標(biāo)記文件中的突變區(qū)域和重復(fù)區(qū)域進(jìn)行比對，獲得重對比文件。

23、在一些示例中，所述根據(jù)所述有效捕獲長度和插入片段捕獲效率的對應(yīng)關(guān)系、所述基因樣本的靶向捕獲數(shù)據(jù)和插入片段信息，得到突變片段的理論捕獲效率以及正常片段的理論捕獲效率，包括：

24、獲得所述基因樣本的測序數(shù)據(jù)的重對比文件；

25、統(tǒng)計所述基因樣本的測序數(shù)據(jù)的重對比文件的插入片段長度；

26、將所述插入片段長度、插入片段與探針相交的數(shù)目、所述有效捕獲長度和插入片段捕獲效率的對應(yīng)關(guān)系輸入理論捕獲效率模型，得到突變片段的理論捕獲效率以及正常片段的理論捕獲效率。

27、在一些示例中，所述理論捕獲效率模型為：

28、

29、其中，所述catpturerate為理論捕獲效率、所述fragementlength為插入片段長度、所述n為插入片段末端距離突變堿基所在的插入片段對應(yīng)位置的距離、所述k為插入片段和探針相交的數(shù)目、所述overlaplengthm表示第m條相交探針的有效捕獲長度，所述an為常數(shù)1。

30、在一些示例中，所述根據(jù)突變片段的理論捕獲效率以及正常片段的理論捕獲效率，對突變頻率進(jìn)行修正，包括：

31、根據(jù)所述突變片段的理論捕獲效率以及正常片段的理論捕獲效率，得到突變頻率修正系數(shù)；

32、根據(jù)所述突變頻率修正系數(shù)對所述突變頻率進(jìn)行修正。

33、第二方面，本技術(shù)實施例提供一種基因突變頻率的檢測系統(tǒng)，包括：

34、檢測模塊，用于對基因樣本進(jìn)行突變檢測，獲得突變頻率；

35、捕獲效率模型獲取模塊，用于獲得有效捕獲長度和插入片段捕獲效率的對應(yīng)關(guān)系；

36、修正模塊，用于根據(jù)所述有效捕獲長度和插入片段捕獲效率的對應(yīng)關(guān)系，對突變頻率進(jìn)行修正。

37、第三方面，本技術(shù)實施例提供一種計算設(shè)備，包括存儲器、處理器以及存儲在存儲器上并可在處理器上運行的計算機(jī)程序，該處理器執(zhí)行該程序時實現(xiàn)如上述第一方面所述的基因突變頻率的檢測方法。

38、第四方面，本技術(shù)實施例提供一種計算機(jī)可讀存儲介質(zhì)，其上存儲有計算機(jī)程序，該計算機(jī)程序用于實現(xiàn)如上第一方面所述的基因突變頻率的檢測方法。

39、第五方面，本技術(shù)實施例提供一種計算機(jī)程序產(chǎn)品，其上存儲有計算機(jī)程序，該計算機(jī)程序用于實現(xiàn)如上第一方面所述的基因突變頻率的檢測方法。

40、本技術(shù)實施例提供的基因突變頻率的檢測方法、系統(tǒng)、計算設(shè)備及介質(zhì)，采集任意樣本的測序數(shù)據(jù)和靶向捕獲數(shù)據(jù)(捕獲探針信息)，首先結(jié)合靶向捕獲數(shù)據(jù)和測序數(shù)據(jù)進(jìn)行評估，獲得不同有效捕獲長度下的探針捕獲效率，在實際突變檢測過程中，根據(jù)探針信息、插入片段信息和探針能效模型獲取突變頻率矯正系數(shù)，對突變檢測頻率進(jìn)行校準(zhǔn)，從而得到準(zhǔn)確的突變頻率，由此，有效解決雜交捕獲過程導(dǎo)致的突變檢出頻率偏低的問題，可以消除靶向捕獲過程對突變檢出頻率的影響，使突變頻率檢測準(zhǔn)確可靠，檢測結(jié)果有利于臨床應(yīng)用和參考。