本技術(shù)涉及病原體微生物分類,具體地涉及一種病原體微生物的類型分析方法、類型分析裝置及存儲(chǔ)介質(zhì)。
背景技術(shù):
1、多重pcr靶向測序技術(shù)又稱擴(kuò)增子靶向測序技術(shù),是一種將多重pcr技術(shù)與二代測序技術(shù)相結(jié)合的一種靶向測序技術(shù)。如tngs呼吸道病原體微生物靶向測序可以將呼吸道檢測病原體數(shù)量從兩萬多減少到幾百種,極大地減少了需分析診斷的病原體微生物的數(shù)量。但是,現(xiàn)有的技術(shù)只能夠減少病原體微生物的數(shù)量,面對(duì)幾百種病原體微生物臨床醫(yī)生也無法判斷出哪些病原體是可能導(dǎo)致患者感染的元兇、哪些是需要重點(diǎn)關(guān)注的病原體,無法對(duì)病原體微生物進(jìn)行詳細(xì)的分類、局限性大、實(shí)用性低。
技術(shù)實(shí)現(xiàn)思路
1、本技術(shù)實(shí)施例的目的是提供一種病原體微生物的類型分析方法、類型分析裝置及存儲(chǔ)介質(zhì),用以解決現(xiàn)有技術(shù)中無法對(duì)病原體進(jìn)行詳細(xì)分類的問題。
2、為了實(shí)現(xiàn)上述目的,本技術(shù)第一方面提供一種病原體微生物的類型分析方法,類型分析方法包括:
3、獲取病原體分級(jí)數(shù)據(jù)庫、病原體關(guān)聯(lián)樣本類型數(shù)據(jù)庫、背景菌庫、特定菌庫;
4、對(duì)送檢樣本進(jìn)行多重pcr靶向測序檢測,以得到送檢樣本包括的每個(gè)病原體微生物的病原體數(shù)據(jù),其中,每個(gè)病原體數(shù)據(jù)包括每個(gè)病原體微生物的序列數(shù)和多引物數(shù)值;
5、根據(jù)送檢樣本的樣本類型確定送檢樣本是否處于背景菌庫中;
6、在送檢樣本不處于背景菌庫中的情況下,根據(jù)每個(gè)病原體微生物的病原體數(shù)據(jù)、病原體分級(jí)數(shù)據(jù)庫、病原體關(guān)聯(lián)樣本類型數(shù)據(jù)庫、特定菌庫確定每個(gè)病原體微生物的病原體類型;
7、在送檢樣本處于背景菌庫中的情況下,根據(jù)每個(gè)病原體微生物的病原體數(shù)據(jù)確定每個(gè)病原體微生物的病原體類型。
8、在本技術(shù)實(shí)施例中,病原體分級(jí)數(shù)據(jù)庫包括多個(gè)致病菌和機(jī)會(huì)致病菌,病原體關(guān)聯(lián)樣本類型數(shù)據(jù)庫中包括多個(gè)呼吸道樣本的病原體,特定菌庫包括多個(gè)胞內(nèi)菌和厚壁菌。
9、在本技術(shù)實(shí)施例中,病原體類型包括主報(bào)告病原體、背景菌病原體、灰區(qū)病原體以及不可信病原體中的至少一者,根據(jù)每個(gè)病原體微生物的病原體數(shù)據(jù)、病原體分級(jí)數(shù)據(jù)庫、病原體關(guān)聯(lián)樣本類型數(shù)據(jù)庫、特定菌庫確定每個(gè)病原體微生物的病原體類型包括:針對(duì)每個(gè)病原體微生物,在病原體微生物同時(shí)屬于病原體分級(jí)數(shù)據(jù)庫和病原體關(guān)聯(lián)樣本類型數(shù)據(jù)庫中的病原體的情況下,根據(jù)病原體微生物的病原體數(shù)據(jù)、病原體分級(jí)數(shù)據(jù)庫以及病原體關(guān)聯(lián)樣本類型數(shù)據(jù)庫確定病原體微生物的病原體類型是否為主報(bào)告病原體;針對(duì)每個(gè)病原體微生物,在病原體微生物不屬于病原體分級(jí)數(shù)據(jù)庫,且屬于病原體關(guān)聯(lián)樣本類型數(shù)據(jù)庫中的病原體的情況下,根據(jù)病原體微生物的病原體數(shù)據(jù)、病原體關(guān)聯(lián)樣本類型數(shù)據(jù)庫以及特定菌庫確定病原體微生物的病原體類型是否為主報(bào)告病原體。
10、在本技術(shù)實(shí)施例中,針對(duì)每個(gè)病原體微生物,在病原體微生物滿足以下全部條件的情況下,確定病原體微生物的病原體類型為主報(bào)告病原體:病原體微生物的序列數(shù)大于或等于50且多引物數(shù)值大于或等于1/3;病原體微生物與病原體分級(jí)數(shù)據(jù)庫中的任意一個(gè)致病菌或機(jī)會(huì)致病菌一致;病原體微生物屬于病原體關(guān)聯(lián)樣本類型數(shù)據(jù)庫中的任意一個(gè)呼吸道樣本的病原體。
11、在本技術(shù)實(shí)施例中,針對(duì)每個(gè)病原體微生物,在病原體微生物滿足以下全部條件的情況下,確定病原體微生物的病原體類型為主報(bào)告病原體:病原體微生物的序列數(shù)大于20且小于50;病原體微生物的多引物數(shù)值大于或等于1/3;病原體微生物不屬于病原體關(guān)聯(lián)樣本類型數(shù)據(jù)庫中的每個(gè)呼吸道樣本的病原體;病原體微生物屬于特定菌庫中的任意一個(gè)胞內(nèi)菌或厚壁菌的病原體。
12、在本技術(shù)實(shí)施例中,類型分析方法還包括:針對(duì)每個(gè)病原體微生物,在病原體微生物的病原體類型不是主報(bào)告病原體的情況下,根據(jù)病原體微生物的病原體數(shù)據(jù)、病原體分級(jí)數(shù)據(jù)庫以及病原體關(guān)聯(lián)樣本類型數(shù)據(jù)庫確定病原體微生物的病原體類型是否為灰區(qū)病原體。
13、在本技術(shù)實(shí)施例中,針對(duì)每個(gè)病原體微生物,在病原體微生物滿足以下全部條件的情況下,確定病原體微生物的病原體類型為灰區(qū)病原體:病原體微生物的序列數(shù)大于或等于50且多引物數(shù)值大于或等于1/3;病原體微生物不屬于病原體關(guān)聯(lián)樣本類型數(shù)據(jù)庫中的每個(gè)呼吸道樣本的病原體;病原體微生物與病原體分級(jí)數(shù)據(jù)庫中的任意一個(gè)致病菌或機(jī)會(huì)致病菌一致。
14、在本技術(shù)實(shí)施例中,針對(duì)每個(gè)病原體微生物,在病原體微生物滿足以下全部條件的情況下,確定病原體微生物的病原體類型為灰區(qū)病原體:病原體微生物的序列數(shù)大于20且小于50,和/或,病原體微生物的多引物數(shù)值小于1/3;病原體微生物屬于病原體關(guān)聯(lián)樣本類型數(shù)據(jù)庫中的任意一個(gè)呼吸道樣本的病原體;病原體微生物與病原體分級(jí)數(shù)據(jù)庫中的任意一個(gè)致病菌或機(jī)會(huì)致病菌一致。
15、在本技術(shù)實(shí)施例中,針對(duì)每個(gè)病原體微生物,在病原體微生物滿足以下全部條件的情況下,確定病原體微生物的病原體類型為灰區(qū)病原體:病原體微生物的序列數(shù)大于或等于50且多引物數(shù)值小于1/3;病原體微生物屬于病原體關(guān)聯(lián)樣本類型數(shù)據(jù)庫中的任意一個(gè)呼吸道樣本的病原體;病原體微生物與病原體分級(jí)數(shù)據(jù)庫中的任意一個(gè)致病菌或機(jī)會(huì)致病菌一致。
16、在本技術(shù)實(shí)施例中,病原體類型包括主報(bào)告病原體、背景菌病原體、灰區(qū)病原體以及不可信病原體中的至少一者,在送檢樣本處于背景菌庫中的情況下,根據(jù)每個(gè)病原體微生物的病原體數(shù)據(jù)確定每個(gè)病原體微生物的病原體類型包括:針對(duì)每個(gè)病原體微生物,在病原體微生物的序列數(shù)大于或等于50且多引物數(shù)值大于或等于1/3的情況下,確定病原體微生物的病原體類型為背景菌病原體。
17、在本技術(shù)實(shí)施例中,類型分析方法還包括:在根據(jù)送檢樣本的樣本類型確定送檢樣本是否處于背景菌庫中之前,針對(duì)每個(gè)病原體微生物,在病原體微生物與環(huán)境菌及試劑工程菌庫中的任意一個(gè)環(huán)境菌或工程菌一致的情況下,確定病原體微生物為環(huán)境菌或工程菌。
18、在本技術(shù)實(shí)施例中,類型分析方法還包括:針對(duì)每個(gè)病原體微生物,在病原體微生物不屬于主報(bào)告病原體、背景菌病原體、灰區(qū)病原體中的任意一者的情況下,確定病原體微生物的病原體類型為不可信病原體。
19、在本技術(shù)實(shí)施例中,類型分析方法還包括:在確定出送檢樣本的每個(gè)病原體微生物的病原體類型之后,針對(duì)每個(gè)病原體類型為主報(bào)告病原體的病原體微生物,從病原體臨床知識(shí)庫中提取出病原體微生物的臨床知識(shí);根據(jù)送檢樣本中全部的主報(bào)告病原體、背景菌病原體、灰區(qū)病原體以及每個(gè)主報(bào)告病原體的臨床知識(shí)生成送檢樣本的檢測報(bào)告,其中,檢測報(bào)告包括用于展示每個(gè)主報(bào)告病原體的主報(bào)告區(qū)域、展示每個(gè)背景菌病原體的背景菌區(qū)域以及展示每個(gè)灰區(qū)病原體的灰區(qū)區(qū)域。
20、本技術(shù)第二方面提供一種病原體微生物的類型分析裝置,類型分析裝置包括:
21、存儲(chǔ)器,被配置成存儲(chǔ)指令;以及
22、處理器,被配置成從存儲(chǔ)器調(diào)用指令以及在執(zhí)行指令時(shí)能夠?qū)崿F(xiàn)上述的病原體微生物的類型分析方法。
23、本技術(shù)第三方面提供一種機(jī)器可讀存儲(chǔ)介質(zhì),該機(jī)器可讀存儲(chǔ)介質(zhì)上存儲(chǔ)有指令,該指令用于使得機(jī)器執(zhí)行上述的病原體微生物的類型分析方法。
24、通過上述技術(shù)方案,能夠根據(jù)送檢樣本的樣本類型確定送檢樣本是否處于背景菌庫中;在送檢樣本不處于背景菌庫中的情況下,可以根據(jù)每個(gè)病原體微生物的病原體數(shù)據(jù)、病原體分級(jí)數(shù)據(jù)庫、病原體關(guān)聯(lián)樣本類型數(shù)據(jù)庫、特定菌庫確定每個(gè)病原體微生物的病原體類型;在送檢樣本處于背景菌庫中的情況下,可以根據(jù)每個(gè)病原體微生物的病原體數(shù)據(jù)確定每個(gè)病原體微生物的病原體類型,以對(duì)送檢樣本中的病原體微生物進(jìn)行詳細(xì)的分類,提高了病原體分類的精度和準(zhǔn)確性,具有更高的實(shí)用價(jià)值。
25、本技術(shù)實(shí)施例的其它特征和優(yōu)點(diǎn)將在隨后的具體實(shí)施方式部分予以詳細(xì)說明。