發(fā)明領域本發(fā)明涉及使用來自惡臭桿菌屬(dysosmobacter)的細菌或其提取物來治療和/或預防乳腺癌。

背景技術：

0、發(fā)明背景

1、癌癥已成為上個世紀最重要的疾病之一，也是全球范圍內(nèi)過早死亡的主要原因。據(jù)估計，2020年全球約有1930萬例新發(fā)癌癥病例，有1000萬人死于癌癥。在所有癌癥中，乳腺癌(bc)是目前診斷最多的癌癥，估計有230萬例，占所有診斷病例的11.7％，占確診女性的25％。然而，乳腺癌是一種高度異質(zhì)性的疾病，根據(jù)孕酮(pr)、雌激素(er)和人表皮生長因子受體(her-2)的(過)表達分為不同亞型。患有表達激素受體的乳腺腫瘤的早期和晚期患者以及患有her-2富集腫瘤的患者可從靶向治療中獲益，無論是否與傳統(tǒng)化療聯(lián)合使用。然而，三陰性乳腺癌(tnbc)患者的特點是前述受體的表達缺失或過表達，無法從靶向治療中獲益。由于靶向治療領域存在這些未滿足的需求，tnbc仍然是最具侵襲性和預后最差的亞型，具有較高的復發(fā)率、較高的轉移潛能和下降的生存率。bc和tnbc的風險因素包括首次妊娠年齡高、缺乏體育鍛煉和飲酒，但肥胖越來越被視為bc和tnbc的主要風險因素。

2、已有描述稱肥胖和總體無病生存期較短相關的乳腺癌患者中的不良后果風險較高和預后較差有關，因此強調(diào)了探索肥胖背景下的乳腺癌的新治療策略的必要性。在肥胖中，腸道微生物組成的重要改變，也稱為菌群失調(diào)，發(fā)生在臨床和臨床前模型中(ley等人，2006)。此外，腸道微生物群是全身代謝和低級炎癥的關鍵調(diào)節(jié)器(cani等人，2019)，但在調(diào)節(jié)癌癥和乳腺癌進展和治療方面也受到重要的關注(sampsell等人，2020)。

3、在本發(fā)明中，發(fā)明人研究了韋氏惡臭桿菌(dysosmobacter?welbionis)的影響，這是一種在uclouvain(比利時布魯塞爾)發(fā)現(xiàn)、分離和命名的新型細菌(le?roy等人，2020和wo2020011856)。韋氏惡臭桿菌在70％的普通人群中存在，因此可以被視為一種高度流行的細菌，類似于嗜黏蛋白阿克曼氏菌(akkermansia?muciniphila)。作為這種細菌的簡要背景介紹，韋氏惡臭桿菌是一種丁酸生產(chǎn)者，并且已發(fā)現(xiàn)惡臭桿菌的種(dysosmobacter?spp)和韋氏惡臭桿菌在患有肥胖和2型糖尿病的患者的腸道中較不豐富。在臨床前研究中，已經(jīng)顯示韋氏惡臭桿菌j115t通過作用于線粒體活動而減少體重的增加、脂肪量的增加并改善葡萄糖耐受、脂質(zhì)和能量代謝(le?roy，moens?de?hase等人，2022)。

4、在本公開中，發(fā)明人證明韋氏惡臭桿菌j115t可以減少乳腺癌的生長。

技術實現(xiàn)思路

1、本發(fā)明涉及一種組合物，其包含至少(a)來自惡臭桿菌(dysosmobacter)屬的細菌和/或其變種和/或提取物和/或片段，和/或(b)來自惡臭桿菌屬的細菌和/或其變種的培養(yǎng)上清，用于預防和/或治療有需要的受試者的乳腺癌。在一些實施方案中，所述細菌屬于韋氏惡臭桿菌種。

2、在一些實施方案中，所述細菌屬于菌株j115t，于2018年3月14日以lmg?p-30603保藏于bccm/lmg。

3、在一些實施方案中，乳腺癌包含編碼受體的基因上的至少一個突變，所述受體選自包含以下或由以下組成的組：孕酮受體(pr)、雌激素受體(er)和人表皮生長因子受體-2(her2)。

4、在一些實施方案中，乳腺癌選自包含以下或由以下組成的組：luminal?a型乳腺癌、luminal?b型乳腺癌、her2陽性乳腺癌和三陰性乳腺癌(tnbc)，優(yōu)選地所述乳腺癌是三陰性乳腺癌。

5、在一些實施方案中，所述受試者還患有一種或多種加速腫瘤生長的疾病或病癥，所述疾病或病癥選自包含以下或由以下組成的組：肥胖相關疾病、肝病、代謝病癥、脂肪因子相關疾病和炎性疾病，及其組合。

6、在一些實施方案中，所述受試者還患有一種或多種加速腫瘤生長的疾病或病癥，所述疾病或病癥選自包含以下或由以下組成的組：肥胖、非酒精性脂肪性肝炎(nash)、非酒精性脂肪肝(nafl)、肝硬化、糖尿病、葡萄糖不耐癥、高血糖癥、脂質(zhì)代謝異常、血脂異常、高膽固醇、ldl-膽固醇升高、hdl-膽固醇降低、甘油三酯升高和腸道炎癥，及其組合。

7、在一些實施方案中，所述組合物包含治療有效量的所述細菌，優(yōu)選為1×102至約1×1015cfu。

8、在一些實施方案中，所述組合物包含活細菌。

9、在一些實施方案中，所述組合物包含死的或殺死的細菌。

10、在一些實施方案中，所述組合物包含巴氏滅菌的細菌。

11、在一些實施方案中，所述組合物還包含至少另一種抗癌劑。

12、在一些實施方案中，所述組合物為藥物組合物的形式，其還包含藥學上可接受的載體。

13、本發(fā)明還涉及一種益生元，其包含一種或多種增加有需要的受試者的微生物群(microbiota)中惡臭桿菌屬的細菌的水平的活性成分或物質(zhì)，用于預防和/或治療所述受試者的乳腺癌。

14、本發(fā)明還涉及一種組合物，其包含至少一種來自惡臭桿菌屬的細菌和/或其變種、提取物或片段，用作對患有乳腺癌的受試者施用的治療的佐劑。

15、定義

16、在本發(fā)明中，下列術語具有如下含義：

17、數(shù)值后的“約”意指該數(shù)字的值的加或減10％。

18、“可接受的”，例如當用于表述“藥學上可接受的”或“營養(yǎng)學上可接受的”時，是指分子實體和組合物在適當施用于受試者(尤其是人類)時不會產(chǎn)生不良、過敏或其他不利反應。

19、“菌株”是指細菌物種的亞型。

20、“惡臭桿菌”[dys.os.mo.bac'ter.gr.masc.adj.dysosmos意為有惡臭的；nlmasc.n.bacter意為桿狀菌；nl?masc.n.dysosmobacter意為有惡臭的桿狀菌]是指本文所述的具有以下特性的一個菌屬：細胞是專性厭氧的、無色素的、無芽孢形成、無運動性的、革蘭氏染色陰性。細胞主要形成1.8-3.0μm的直桿，但無論在哪個生長階段，通常形成長達20μm的細長桿。不產(chǎn)生呼吸性甲萘醌。該屬屬于瘤胃球菌科(ruminococcaceae)。模式種是韋氏惡臭桿菌。在一個實施方案中，細胞壁中的診斷性二氨基酸是內(nèi)消旋-2,6-二氨基庚二酸。

21、“韋氏惡臭桿菌”[wel.bi.o′nis.nlgen.n.welbionis]是指本文所述的一種細菌，除了具有上文所述的惡臭桿菌屬的特性外，還具有以下特性：在厭氧條件下于37℃孵育72小時后，固體改性ycfa上的菌落呈點狀、奶油色、半透明、圓形、完整、略凸且光滑。2％w/v膽汁或2％w/v?nacl的存在則抑制其生長。不水解七葉苷。不產(chǎn)生吲哚。不還原硝酸鹽。不消化明膠。不產(chǎn)生脲酶。不產(chǎn)生過氧化氫酶。酸是從myo-肌醇產(chǎn)生的，但不從d-葡萄糖、d-阿拉伯糖、d-核糖和d-木糖產(chǎn)生。針對精氨酸二水解酶和谷氨酸脫羧酶，獲得了陽性反應。api?20a和rapid?id?32a(biomérieux，法國里昂)的所有其他測試均呈陰性。myo-肌醇的主要發(fā)酵終產(chǎn)物為丁酸鹽。通過高效液相色譜法(hlpc)，典型菌株的dna?gc含量為59.3mol％。在一個實施方案中，基于基因組序列，典型菌株的dna?gc含量為58.9mol％。典型菌株為j115t(于2018年3月14日以lmg?p-30603保藏于比利時根特大學(universiteit?gent)的比利時微生物協(xié)調(diào)保藏中心/微生物學實驗室(bccm/lmg)，地址：kl?ledeganckstraat?35，9000gent，比利時)，是從人類糞便中分離出來的。在一個實施方案中，主要的細胞脂肪酸是飽和支鏈脂肪酸和dma。在一個實施方案中，主要的dma脂肪酸是c18：0dma，主要的飽和支鏈脂肪酸是iso-c15：0和anteiso-c15：0。

22、“發(fā)酵”是指在缺氧的情況下消耗糖的代謝過程。產(chǎn)物是有機酸、氣體或酒精。它發(fā)生在酵母和細菌中，也發(fā)生在缺氧的肌肉細胞中，例如乳酸發(fā)酵的情況。

23、“腸道微生物群”或“胃腸道微生物群”可互換使用，指的是生活在人類和其他動物消化道中的復雜微生物群落。胃腸道微生物群的組成會隨著宿主生物的一生或宿主飲食的變化而變化。它在整個消化道中也各不相同。消化道包含一個密集的微生物生態(tài)系統(tǒng)，每克腸道內(nèi)容物中有多達1012個細胞。腸道中的許多物種尚未在其宿主外進行研究，因為大多數(shù)無法培養(yǎng)。人體腸道中的四種主要細菌門是厚壁菌門(firmicutes)、擬桿菌門(bacteroidetesand)、放線菌門(actinobacteria)和變形菌門(proteobacteria)。大多數(shù)細菌屬于擬桿菌屬(bacteroides)、梭菌屬(clostridium)、糞桿菌屬(faecalibacteria)、真細菌屬(eubacteria)、瘤胃球菌屬(ruminococcus)、消化球菌屬(peptococcus)、消化鏈球菌屬(peptostreptococcus)、布勞特菌屬(blautia)、罕見小球菌屬(subdoligranulum)、另枝菌屬(alistipes)、糞球菌屬(coprococcus)、小桿菌屬(dialister)、lachnoclostridium、顫螺菌屬(oscillospira)、副擬桿菌屬(parabacteroides)、普雷沃菌屬(prevotella)、羅斯氏菌屬(roseburia)、瘤胃梭菌屬(ruminiclostridium)、薩特氏菌屬(sutterella)和雙歧桿菌屬(bifidobacteria)。其他屬，如埃希菌屬屬(escherichia)、腸球菌屬(enterococcus)、巴氏桿菌屬(barnesiella)、丁酸單胞菌屬(butyricimonas)、丁酸球菌屬(butyricicoccus)、毛螺菌屬(lachnospira)、臭氣桿菌屬(odoribacter)、蘇黎世桿菌屬(turicibacter)和乳酸桿菌屬(lactobacillus)，存在量較少。腸道微生物群被認為是通過與潛在病原體競爭并參與腸道保護和免疫系統(tǒng)的發(fā)育、新陳代謝、協(xié)助消化所攝入的食物、幫助吸收營養(yǎng)和合成維生素，在防御病原體方面發(fā)揮著作用。腸道微生物群還與中樞神經(jīng)系統(tǒng)、神經(jīng)內(nèi)分泌和神經(jīng)免疫系統(tǒng)的功能相互作用。

24、如本文所述，“突變體”是指遺傳結構已經(jīng)經(jīng)歷了不影響其定義特性的天然或誘導(即通過誘變)變化的生物實體。所述生物實體的遺傳結構的變化可能是基因組序列中一個或多個核苷酸的插入、缺失或取代。例如，韋氏惡臭桿菌突變體是指通過自然或通過基因工程技術而遺傳結構已經(jīng)經(jīng)歷了不影響其屬于韋氏惡臭桿菌種的變化的韋氏惡臭桿菌菌株。

25、“營養(yǎng)有效量”是指為受試者提供生理益處或緩解不適所必需且足夠的營養(yǎng)組合物、食品或膳食補充劑或功能性食品的量。

26、“巴氏滅菌的細菌”是指經(jīng)過熱處理(或加熱過程)的細菌。

27、“藥學上可接受的載體或賦形劑”是指在適當情況下施用于受試者(尤其是人類)時不會產(chǎn)生不良、過敏或其他不利反應的分子實體和組合物。它包括任何和所有溶劑、分散介質(zhì)、包衣、抗細菌劑和抗真菌劑、等滲劑和吸收延遲劑等。對于人類給藥，制劑應符合監(jiān)管機構(例如fda?office或ema)要求的熱原性、一般安全性和純度標準。因此，藥學上可接受的載體或賦形劑可以指任何類型的無毒固體、半固體或液體填充劑、稀釋劑、包封材料或制劑助劑。

28、“益生元”是指一種物質(zhì)，它可能不被受試者(例如人類)消化，但通過腸道微生物對其代謝來調(diào)節(jié)腸道微生物群的組成和/或活性，從而給宿主帶來有益的生理作用。

29、“益生菌”是指微生物細胞制劑(例如活的微生物細胞)，當以有效量施用時，其對受試者的健康或安康產(chǎn)生有益作用。根據(jù)定義，所有益生菌均具有已證實的非致病特性。在一個實施方案中，這些健康益處與改善人類或動物胃腸道微生物群的平衡和/或恢復正常微生物群有關。

30、“受試者”是指溫血動物，優(yōu)選人類、寵物或牲畜。本文所用的術語“寵物”和“牲畜”包括但不限于狗、貓、豚鼠、兔子、豬、牛、綿羊、山羊、馬和家禽。在一些實施方案中，受試者是雄性或雌性受試者，優(yōu)選雌性受試者。在一些實施方案中，受試者是成年人或兒童。在一些實施方案中，受試者可以是“患者”，即，正在等待接受或正在接受醫(yī)療護理或曾經(jīng)/現(xiàn)在/將成為根據(jù)本發(fā)明的方法的醫(yī)療程序的對象或正在被監(jiān)測疾病發(fā)展的受試者。

31、“治療有效量”是指在不對目標造成顯著負面或不利副作用的情況下，旨在實現(xiàn)以下目的的藥劑水平或量：(1)延遲或預防疾病、病癥或病況的發(fā)作；(2)減緩或停止疾病、病癥或病況的一種或多種癥狀的進展、加重或惡化；(3)帶來疾病、病癥或病況的癥狀的改善；(4)降低疾病、病癥或病況的嚴重程度或發(fā)病率；或(5)治愈疾病、病癥或病況。治療有效量可在疾病、病癥或病況發(fā)作之前施用，以起到預防或防止作用?；蛘呋蛄硗?，治療有效量可在疾病、病癥或病況開始之后施用，以起到治療作用。

32、“治療”指治療性治療和預防性或防止性措施，其目的是預防或減緩(減少)目標病理狀況或病癥，優(yōu)選地，所述病癥是乳腺癌。需要治療的那些包括已經(jīng)患有該病癥的那些以及容易患有該病癥的那些或需要預防該病癥的那些。如果受試者或哺乳動物在接受治療量的本發(fā)明的韋氏惡臭桿菌和/或其變種和/或其片段后表現(xiàn)出以下一種或多種可觀察和/或可測量的變化，則所述患者被成功“治療”：與特定疾病或病癥(優(yōu)選為乳腺癌)相關的一種或多種癥狀的改善、發(fā)病率和死亡率的降低以及生活問題質(zhì)量的改善。用于評估疾病成功治療和改善的上述參數(shù)可以通過醫(yī)生熟悉的常規(guī)程序容易地測量。

33、“典型菌株”是指《國際細菌命名法典》中定義的物種的命名類型和參考點，所有其他菌株都與該參考點進行比較，以了解它們是否屬于該物種。例如，從25歲健康女性的糞便樣本中分離出的菌株j115t是韋氏惡臭桿菌菌種的典型菌株。

34、“變體”是指保留了物種定義特征的物種的所有遺傳或表型不同的菌株。術語變體也用于指其他系統(tǒng)發(fā)育分類群，例如屬或菌株。本文所用的術語“變體”是指本文所公開和示例的細菌的天然存在和專門開發(fā)的變體或突變體。在一個實施方案中，變體可具有或可不具有本文示例的細菌的相同識別生物學特征，只要它們在治療或預防疾病方面具有相似的有利特性。在一個實施方案中，本發(fā)明的細菌的變體具有與本發(fā)明的細菌相同的功能和/或治療特性。用于適合制備本文示例的微生物菌株的變體的方法的示例性實例包括但不限于基因整合技術，例如通過插入元件或轉座子或通過同源重組介導的技術，用于修飾、插入、刪除、激活或沉默基因的其他重組dna技術，種內(nèi)原生質(zhì)體融合，通過用紫外線或x射線照射進行誘變，或通過用化學誘變劑例如亞硝基胍、甲基磺酸甲酯、氮芥等處理，以及噬菌體介導的轉導。