專利名稱：疾病危險(xiǎn)度判定用基因多態(tài)的確定方法、疾病危險(xiǎn)度判定方法及判定用陣列的制作方法
技術(shù)領(lǐng)域：
本發(fā)明涉及疾病危險(xiǎn)度判定用基因多態(tài)的確定方法。另外，本發(fā)明涉及采用由所述方法所確定的基因多態(tài)，對(duì)各個(gè)受試者來(lái)判定疾病危險(xiǎn)度的方法。更詳細(xì)而言，涉及可以在各種疾病的預(yù)防、治療及診斷中利用的判定疾病危險(xiǎn)度的方法，可以為了實(shí)現(xiàn)其功效而使用的判定疾病危險(xiǎn)度的裝置以及判定疾病危險(xiǎn)度的程序。
進(jìn)而涉及可以在作為上述疾病的、因糖尿病而引起的動(dòng)脈硬化性疾病的疾病危險(xiǎn)度的判定中使用的疾病危險(xiǎn)度判定用陣列、疾病危險(xiǎn)度判定方法、基因標(biāo)志物及分析試劑盒。
背景技術(shù)：
對(duì)于動(dòng)脈硬化性疾病(缺血性心臟病)的發(fā)病，已知與高血壓、糖尿病、高脂血癥、肥胖、吸煙等作為危險(xiǎn)因素的環(huán)境要素相關(guān)，另外家族史也是危險(xiǎn)因素之一。隨著近年來(lái)分子生物學(xué)的方法的發(fā)展，明確了在與動(dòng)脈硬化相關(guān)的基因上存在著各種基因多態(tài)，它們與疾病相關(guān)性的研究正逐步展開(kāi)。
對(duì)于這樣的動(dòng)脈硬化性疾病，以及各種疾病而言，如果可以根據(jù)受試者具有的與各個(gè)疾病相關(guān)的基因多態(tài)的基因型等的信息，來(lái)判定該受試者罹患疾病的容易程度及進(jìn)展的容易程度等所謂的“疾病危險(xiǎn)度”，則可以采取一些事前對(duì)策來(lái)預(yù)防疾病的發(fā)病、抑制其進(jìn)展。即，對(duì)于被判定為該疾病罹患危險(xiǎn)度高的受試者，可以盡早地從日常開(kāi)始就小心地預(yù)防疾病。另外，也可以對(duì)疾病發(fā)病的可能性及發(fā)病后的進(jìn)展度等進(jìn)行預(yù)測(cè)，根據(jù)受試者的情況，進(jìn)行更細(xì)的診斷和治療。
但是，對(duì)于動(dòng)脈硬化以及各種疾病而言，目前報(bào)告了含有SNP的基因多態(tài)在臨床上的相關(guān)研究，其中，研究了單一基因的多態(tài)，就該基因多態(tài)在一個(gè)基因型人群和其他基因型人群中，分別研究了患者和健康者的比例，從而算出了罹患疾病容易程度可能比(非專利文獻(xiàn)1)。在這樣的調(diào)查方法中，大部分的多態(tài)沒(méi)有有意義的差，不能由基因的多態(tài)來(lái)預(yù)測(cè)罹患疾病的容易程度及其進(jìn)展的容易程度等疾病危險(xiǎn)度。
可以說(shuō)，如果接受檢查，對(duì)于其中多數(shù)的受試者而言，能夠高準(zhǔn)確率地預(yù)測(cè)疾病危險(xiǎn)度(罹患疾病的容易程度及其進(jìn)展的容易程度)的方法還不存在。
申請(qǐng)人提出了申請(qǐng)日為2003年4月14日的國(guó)際申請(qǐng)(PCT/IB03/01368)，即關(guān)于將與頸動(dòng)脈內(nèi)膜中膜復(fù)合體肥厚度之間具有有意義的正相關(guān)性的多個(gè)基因多態(tài)進(jìn)行組合來(lái)判定動(dòng)脈硬化性疾病的方法。該國(guó)際申請(qǐng)的國(guó)際調(diào)查中所舉出的文獻(xiàn)(非專利文獻(xiàn)2～6)都只是提到與頸動(dòng)脈內(nèi)膜中膜復(fù)合體肥厚度之間具有有意義的正相關(guān)性的基因多態(tài)，而完全沒(méi)有記載如下的構(gòu)想，即在判定疾病危險(xiǎn)度時(shí)使用具有與“正相關(guān)性”相反的“負(fù)相關(guān)性”的基因多態(tài)。
非專利文獻(xiàn)1Yamada Y，Izawa H，Ichihara S，Takatsu F，Ishihara H，Hirayama H，Sone T，Tanaka M，Yokota M.Prediction of the risk ofmyocardial infarction from polymorphisms in candidate genes.N.Engl.J.Med.2002；347(24)1916-23非專利文獻(xiàn)2Rauramaa R，et al.，Arterioscler Thromb Vasc Biol.2000 Dec，vol.20，no.12，p.2657-2662非專利文獻(xiàn)3Chapman CM，et al.，Arteriosclerosis.2001 Nov，vol.159，no.1，p.209-217非專利文獻(xiàn)4McQuillan BM，et al.，Circulation.1999 May11，vol.99，no.18，p.2383-2388非專利文獻(xiàn)5Terry JG，et al.，Stroke.1996 Oct.vol.27，no.10，p.1755-1759非專利文獻(xiàn)6Castellano M，et al，Circulation.1995 Jun 1，vol.91，no.11，p.2721-2724)發(fā)明內(nèi)容本發(fā)明以解決以往判定罹患疾病的容易程度及其進(jìn)展的容易程度時(shí)出現(xiàn)的問(wèn)題，實(shí)現(xiàn)下述目的為課題。
即本發(fā)明之一的目的為，就各種疾病而言提供了確定其固有的疾病危險(xiǎn)度判定用基因多態(tài)的方法。本發(fā)明之二的目的為，就各種疾病而言，提供了可以判定發(fā)病的容易程度及其進(jìn)展的容易程度等，從而可以用于預(yù)防和治療疾病的疾病危險(xiǎn)度的判定方法，在該方法中可以使用的疾病危險(xiǎn)度判定裝置及動(dòng)脈硬化性疾病危險(xiǎn)度的判定程序等。進(jìn)而本發(fā)明之三的目的為，對(duì)于疾病、特別是因糖尿病而發(fā)病的動(dòng)脈硬化性疾病而言，提供疾病危險(xiǎn)度判定用陣列、疾病危險(xiǎn)度判定方法、基因標(biāo)志物、和用于檢測(cè)出疾病固有基因多態(tài)及基因多態(tài)組的分析試劑盒。
本發(fā)明人等，將糖尿病患者作為對(duì)象，對(duì)基因多態(tài)和作為判定動(dòng)脈硬化指標(biāo)的頸動(dòng)脈內(nèi)膜中膜復(fù)合體肥厚度之間的關(guān)系做定量的解析，結(jié)果發(fā)現(xiàn)存在著與頸動(dòng)脈內(nèi)膜中膜復(fù)合體肥厚度具有負(fù)相關(guān)性的基因多態(tài)，確認(rèn)了通過(guò)將這些基因多態(tài)的2種或更多種組合(基因多態(tài)組)，可以說(shuō)明受試者的罹患動(dòng)脈硬化性疾病的難度(發(fā)病難度)。進(jìn)而發(fā)現(xiàn)，將與頸動(dòng)脈內(nèi)膜中膜復(fù)合體肥厚度之間具有正相關(guān)性(易感性)的基因多態(tài)或基因多態(tài)組，與上述具有負(fù)相關(guān)性(抵抗性)的基因多態(tài)組進(jìn)行組合，來(lái)考察與動(dòng)脈硬化性疾病的相關(guān)性時(shí)，比只用具有正相關(guān)性(易感性)的基因多態(tài)或基因多態(tài)組進(jìn)行判定，可以更高精度地判定動(dòng)脈硬化性疾病的疾病危險(xiǎn)度。
根據(jù)本發(fā)明人所具有的知識(shí)，進(jìn)一步進(jìn)行研究時(shí)，在疾病危險(xiǎn)度的判定中，對(duì)包括動(dòng)脈硬化性疾病的多種疾病而言，通過(guò)疾病易感性基因多態(tài)(或基因多態(tài)組)和疾病抵抗性基因多態(tài)(或基因多態(tài)組)雙方的組合，確認(rèn)了可以得到更高精度的結(jié)果。另外，本發(fā)明人確信，在上述研究中，在動(dòng)脈硬化性疾病中使用的疾病易感性基因多態(tài)(或基因多態(tài)組)和抵抗性基因多態(tài)(或基因多態(tài)組)的確定方法，也可以在其他的疾病中同樣地適用，從而確立起各種疾病所固有基因多態(tài)(易感性基因多態(tài)、抵抗性基因多態(tài))的確定方法。
本發(fā)明是在上述認(rèn)識(shí)的基礎(chǔ)上的產(chǎn)物，用于解決上述課題的方式如下。
(1)含有下述步驟的疾病危險(xiǎn)度判定用基因多態(tài)的確定方法，第一步驟，從預(yù)先指定的多個(gè)基因多態(tài)中，指定基因型，抽出規(guī)定數(shù)目的基因多態(tài)，作為基因多態(tài)組；第二步驟，將疾病指標(biāo)與具有基因型的基因多態(tài)相對(duì)應(yīng)地作為要素來(lái)構(gòu)成集合，使用該集合計(jì)算上述基因多態(tài)組與上述疾病的指標(biāo)的相關(guān)性，及該相關(guān)性在統(tǒng)計(jì)學(xué)上的有意義性；第三步驟，當(dāng)計(jì)算出的上述相關(guān)性為負(fù)相關(guān)且有意義時(shí)，將構(gòu)成上述基因多態(tài)組的基因多態(tài)作為疾病危險(xiǎn)度判定用基因多態(tài)而采用。
(2)動(dòng)脈硬化性疾病危險(xiǎn)度判定用陣列或者心肌梗塞危險(xiǎn)度判定用陣列，所述動(dòng)脈硬化性疾病危險(xiǎn)度判定用陣列，具有對(duì)構(gòu)成選自圖1～9中任意一個(gè)圖中記載的負(fù)(抵抗性)基因多態(tài)組中的至少一個(gè)基因多態(tài)組的基因多態(tài)進(jìn)行檢測(cè)用的探針，或具有對(duì)構(gòu)成選自圖38～43中任意一個(gè)圖中記載的負(fù)(抵抗性)基因多態(tài)組中的至少一個(gè)基因多態(tài)組的基因多態(tài)進(jìn)行檢測(cè)用的探針；所述心肌梗塞危險(xiǎn)度判定用陣列，具有對(duì)構(gòu)成選自圖56～58中任意一個(gè)圖中記載的負(fù)(抵抗性)基因多態(tài)組中的至少一個(gè)基因多態(tài)組的基因多態(tài)進(jìn)行檢測(cè)用的探針。
(3)疾病危險(xiǎn)度的判定方法，具有如下工序(b)就被檢測(cè)的樣品而言，將被檢測(cè)出的基因多態(tài)，與具有跟疾病判定指標(biāo)成負(fù)相關(guān)性的基因多態(tài)或具有負(fù)相關(guān)性的基因多態(tài)組相對(duì)照；或在上述工序的基礎(chǔ)上進(jìn)一步具有工序(b’)和工序(c)，所述工序(b’)是與跟疾病判定指標(biāo)具有正相關(guān)性的基因多態(tài)或具有正相關(guān)性的基因多態(tài)組相對(duì)照的工序，所述工序(c)是由(b’)的結(jié)果，就檢測(cè)的基因多態(tài)組而言，將負(fù)相關(guān)性與正相關(guān)性進(jìn)行對(duì)比，計(jì)算出其偏度的工序。
(4)疾病危險(xiǎn)度判定裝置，其特征為，備有記錄部、接口部和處理部。所述記錄部，記錄含有基因型的1個(gè)或更多個(gè)的基因多態(tài)所構(gòu)成的第1基因多態(tài)組，以及使該基因多態(tài)組與跟疾病指標(biāo)的正相關(guān)性或負(fù)相關(guān)性對(duì)應(yīng)的參照表；所述接口部，用于取得具有受試樣品的基因型的基因多態(tài)；所述處理部，是將所取得的上述受試樣品的基因多態(tài)中的規(guī)定數(shù)目的基因多態(tài)中所構(gòu)成的第2基因多態(tài)組，與上述參照表中上述第1基因多態(tài)組進(jìn)行對(duì)照。上述處理部，具有對(duì)照結(jié)果相一致的上述第1基因多態(tài)組時(shí)，根據(jù)該第1基因多態(tài)組的正相關(guān)性或負(fù)相關(guān)性，計(jì)算上述受試樣品的偏度。
(5)疾病危險(xiǎn)度判定程序，在計(jì)算機(jī)中用于實(shí)現(xiàn)接受功能、記錄功能、對(duì)照功能及計(jì)算功能。所述接受功能是接受具有受試樣品的基因型的基因多態(tài)的輸入；所述記錄功能，是將含有基因型的1個(gè)或更多個(gè)的基因多態(tài)所構(gòu)成的第1基因多態(tài)組，以及使該基因多態(tài)組與跟疾病指標(biāo)的正相關(guān)性或負(fù)相關(guān)性對(duì)應(yīng)的參照表記錄在記錄部上；所述對(duì)照功能，是將上述受試樣品的基因多態(tài)中的規(guī)定數(shù)目的基因多態(tài)所構(gòu)成的第2基因多態(tài)組，與上述參照表中上述第1基因多態(tài)組進(jìn)行對(duì)照；所述計(jì)算功能，是在具有對(duì)照結(jié)果相一致的上述第1基因多態(tài)組時(shí)，根據(jù)該第1基因多態(tài)組的正相關(guān)性或負(fù)相關(guān)性，計(jì)算上述受試樣品的偏度。
(6)記錄疾病危險(xiǎn)度判定程序的計(jì)算機(jī)可讀取的記錄載體。所述疾病危險(xiǎn)度判定程序是在計(jì)算機(jī)中用于實(shí)現(xiàn)接受功能、記錄功能、對(duì)照功能及計(jì)算功能。所述接受功能是接受具有受試樣品的基因型的基因多態(tài)的輸入；所述記錄功能，是將使含有基因型的1個(gè)或更多個(gè)的基因多態(tài)所構(gòu)成的第1基因多態(tài)組與該基因多態(tài)組跟疾病指標(biāo)的正相關(guān)性或負(fù)相關(guān)性相對(duì)應(yīng)的參照表記錄在記錄部上；所述對(duì)照功能，是將上述受試樣品的基因多態(tài)中的規(guī)定數(shù)目的基因多態(tài)所構(gòu)成的第2基因多態(tài)組，與上述參照表中上述第1基因多態(tài)組進(jìn)行對(duì)照；所述計(jì)算功能，是在具有對(duì)照結(jié)果相一致的上述第1基因多態(tài)組時(shí)，根據(jù)該第1基因多態(tài)組的正相關(guān)性或負(fù)相關(guān)性，計(jì)算上述受試樣品的偏度。
(7)動(dòng)脈硬化性疾病抵抗性的基因標(biāo)志物或心肌梗塞抵抗性的基因標(biāo)志物，所述動(dòng)脈硬化性疾病抵抗性的基因標(biāo)志物含有構(gòu)成選自圖1～9中任意一個(gè)圖所記載的負(fù)的基因多態(tài)組中的至少一個(gè)基因多態(tài)組的基因多態(tài)，或含有構(gòu)成選自圖38～43中任意一個(gè)圖所記載的負(fù)的基因多態(tài)組中的至少一個(gè)基因多態(tài)組的基因多態(tài)，所述心肌梗塞抵抗性的基因標(biāo)志物，其含有構(gòu)成選自圖56～58中任意一個(gè)圖所記載的負(fù)的基因多態(tài)組中的至少一個(gè)基因多態(tài)組的基因多態(tài)。
(8)動(dòng)脈硬化性疾病抵抗性基因多態(tài)的分析用試劑盒，含有(i)可以將構(gòu)成選自圖1～9中任意一個(gè)圖所記載的負(fù)的基因多態(tài)組中的至少一個(gè)基因多態(tài)組的基因進(jìn)行特異性擴(kuò)增的引物對(duì)或可以與該基因特異性地雜交的核酸探針；或者含有(ii)可以將構(gòu)成選自圖38～43中任意一個(gè)圖所記載的負(fù)的基因多態(tài)組中的至少一個(gè)基因多態(tài)組的基因進(jìn)行特異性擴(kuò)增的引物對(duì)或可以與該基因特異性地雜交的核酸探針。
(9)心肌梗塞抵抗性基因多態(tài)的分析用試劑盒，含有可以將構(gòu)成選自圖56～58中任意一個(gè)圖所記載的負(fù)的基因多態(tài)組中的至少一個(gè)基因多態(tài)組的基因進(jìn)行特異性擴(kuò)增的引物對(duì)，或可以與該基因特異性地雜交的核酸探針。


顯示對(duì)于動(dòng)脈硬化性疾病具有負(fù)相關(guān)性的基因多態(tài)組(Odds＝-2或更低)[圖1-B]上圖的繼續(xù)[圖2-A]顯示對(duì)于動(dòng)脈硬化性疾病具有負(fù)相關(guān)性的基因多態(tài)組(Odds＝-3或更低)[圖2-B]上圖的繼續(xù)[圖3-A]顯示對(duì)于動(dòng)脈硬化性疾病具有負(fù)相關(guān)性的基因多態(tài)組(Odds＝-4或更低)[圖3-B]上圖的繼續(xù)[圖4-A]顯示對(duì)于動(dòng)脈硬化性疾病具有負(fù)相關(guān)性的基因多態(tài)組(Odds＝-5或更低)[圖4-B]上圖的繼續(xù)[圖5-A]顯示對(duì)于動(dòng)脈硬化性疾病具有負(fù)相關(guān)性的基因多態(tài)組(Odds＝-6或更低)[圖5-B]上圖的繼續(xù)[圖6]顯示對(duì)于動(dòng)脈硬化性疾病具有負(fù)相關(guān)性的基因多態(tài)組(Odds＝-7或更低)[圖7]顯示對(duì)于動(dòng)脈硬化性疾病具有負(fù)相關(guān)性的基因多態(tài)組(Odds＝-8或更低)[圖8]顯示對(duì)于動(dòng)脈硬化性疾病具有負(fù)相關(guān)性的基因多態(tài)組(Odds＝-9或更低)[圖9]顯示對(duì)于動(dòng)脈硬化性疾病具有負(fù)相關(guān)性的基因多態(tài)組(Odds＝-10或更低)[圖10]列述構(gòu)成對(duì)于動(dòng)脈硬化性疾病具有負(fù)相關(guān)性的基因多態(tài)組的基因多態(tài)(Odds＝-2或更低)[圖11]列述構(gòu)成對(duì)于動(dòng)脈硬化性疾病具有負(fù)相關(guān)性的基因多態(tài)組的基因多態(tài)(Odds＝-3或更低)[圖12]列述構(gòu)成對(duì)于動(dòng)脈硬化性疾病具有負(fù)相關(guān)性的基因多態(tài)組的基因多態(tài)(Odds＝-4或更低)[圖13]列述構(gòu)成對(duì)于動(dòng)脈硬化性疾病具有負(fù)相關(guān)性的基因多態(tài)組的基因多態(tài)(Odds＝-5或更低)[圖14]列述構(gòu)成對(duì)于動(dòng)脈硬化性疾病具有負(fù)相關(guān)性的基因多態(tài)組的基因多態(tài)(Odds＝-6或更低)[圖15]列述構(gòu)成對(duì)于動(dòng)脈硬化性疾病具有負(fù)相關(guān)性的基因多態(tài)組的基因多態(tài)(Odds＝-7或更低)[圖16]列述構(gòu)成對(duì)于動(dòng)脈硬化性疾病具有負(fù)相關(guān)性的基因多態(tài)組的基因多態(tài)(Odds＝-8或更低)[圖17]列述構(gòu)成對(duì)于動(dòng)脈硬化性疾病具有負(fù)相關(guān)性的基因多態(tài)組的基因多態(tài)(Odds＝-9或更低)[圖18]列述構(gòu)成對(duì)于動(dòng)脈硬化性疾病具有負(fù)相關(guān)性的基因多態(tài)組的基因多態(tài)(Odds＝-10或更低)[圖19-A]顯示對(duì)于動(dòng)脈硬化性疾病具有正相關(guān)性的基因多態(tài)組(Odds＝2或更高)[圖19-B]上圖的繼續(xù)[圖19-C]上圖的繼續(xù)[圖20-A]顯示對(duì)于動(dòng)脈硬化性疾病具有正相關(guān)性的基因多態(tài)組(Odds＝3或更高)[圖20-B]上圖的繼續(xù)[圖21]顯示對(duì)于動(dòng)脈硬化性疾病具有正相關(guān)性的基因多態(tài)組(Odds＝4或更高)[圖22]顯示對(duì)于動(dòng)脈硬化性疾病具有正相關(guān)性的基因多態(tài)組(Odds＝5或更高)[圖23]顯示對(duì)于動(dòng)脈硬化性疾病具有正相關(guān)性的基因多態(tài)組(Odds＝6或更高)[圖24]顯示對(duì)于動(dòng)脈硬化性疾病具有正相關(guān)性的基因多態(tài)組(Odds＝7或更高)[圖25]顯示對(duì)于動(dòng)脈硬化性疾病具有正相關(guān)性的基因多態(tài)組(Odds＝8或更高)[圖26]顯示對(duì)于動(dòng)脈硬化性疾病具有正相關(guān)性的基因多態(tài)組(Odds＝9或更高)[圖27]顯示對(duì)于動(dòng)脈硬化性疾病具有正相關(guān)性的基因多態(tài)組(Odds＝10或更高)[圖28]列述構(gòu)成對(duì)于動(dòng)脈硬化性疾病具有正相關(guān)性的基因多態(tài)組的基因多態(tài)(Odds＝2或更高)[圖29]列述構(gòu)成對(duì)于動(dòng)脈硬化性疾病具有正相關(guān)性的基因多態(tài)組的基因多態(tài)(Odds＝3或更高)[圖30]列述構(gòu)成對(duì)于動(dòng)脈硬化性疾病具有正相關(guān)性的基因多態(tài)組的基因多態(tài)(Odds＝4或更高)[圖31]列述構(gòu)成對(duì)于動(dòng)脈硬化性疾病具有正相關(guān)性的基因多態(tài)組的基因多態(tài)(Odds＝5或更高)[圖32]列述構(gòu)成對(duì)于動(dòng)脈硬化性疾病具有正相關(guān)性的基因多態(tài)組的基因多態(tài)(Odds＝6或更高)[圖33]列述構(gòu)成對(duì)于動(dòng)脈硬化性疾病具有正相關(guān)性的基因多態(tài)組的基因多態(tài)(Odds＝7或更高)[圖34]列述構(gòu)成對(duì)于動(dòng)脈硬化性疾病具有正相關(guān)性的基因多態(tài)組的基因多態(tài)(Odds＝8或更高)[圖35]列述構(gòu)成對(duì)于動(dòng)脈硬化性疾病具有正相關(guān)性的基因多態(tài)組的基因多態(tài)(Odds＝9或更高)[圖36]列述構(gòu)成對(duì)于動(dòng)脈硬化性疾病具有正相關(guān)性的基因多態(tài)組的基因多態(tài)(Odds＝10或更高)[圖37-A]列述對(duì)于動(dòng)脈硬化性疾病具有相關(guān)性的基因多態(tài)[圖37-B]上圖的繼續(xù)[圖38]顯示對(duì)于動(dòng)脈硬化性疾病具有負(fù)相關(guān)性的基因多態(tài)組(Odds＝-2或更低)[圖39]顯示對(duì)于動(dòng)脈硬化性疾病具有負(fù)相關(guān)性的基因多態(tài)組(Odds＝-3或更低)[圖40]顯示對(duì)于動(dòng)脈硬化性疾病具有負(fù)相關(guān)性的基因多態(tài)組(Odds＝-4或更低) 顯示對(duì)于動(dòng)脈硬化性疾病具有負(fù)相關(guān)性的基因多態(tài)組(Odds＝-5或更低)[圖42]顯示對(duì)于動(dòng)脈硬化性疾病具有負(fù)相關(guān)性的基因多態(tài)組(Odds＝-6或更低)[圖43]顯示對(duì)于動(dòng)脈硬化性疾病具有負(fù)相關(guān)性的基因多態(tài)組(Odds＝-7或更低)[圖44]列述構(gòu)成對(duì)于動(dòng)脈硬化性疾病具有負(fù)相關(guān)性的基因多態(tài)組的基因多態(tài)(Odds＝-2或更低)[圖45]列述構(gòu)成對(duì)于動(dòng)脈硬化性疾病具有負(fù)相關(guān)性的基因多態(tài)組的基因多態(tài)(Odds＝-3或更低)[圖46]列述構(gòu)成對(duì)于動(dòng)脈硬化性疾病具有負(fù)相關(guān)性的基因多態(tài)組的基因多態(tài)(Odds＝-4或更低)[圖47]列述構(gòu)成對(duì)于動(dòng)脈硬化性疾病具有負(fù)相關(guān)性的基因多態(tài)組的基因多態(tài)(Odds＝-5或更低)[圖48-A]顯示對(duì)于動(dòng)脈硬化性疾病具有正相關(guān)性的基因多態(tài)組(Odds＝2或更高)[圖48-B]上圖的繼續(xù)[圖49-A]顯示對(duì)于動(dòng)脈硬化性疾病具有正相關(guān)性的基因多態(tài)組(Odds＝3或更高)[圖49-B]上圖的繼續(xù)[圖50]顯示對(duì)于動(dòng)脈硬化性疾病具有正相關(guān)性的基因多態(tài)組(Odds＝4或更高)[圖51]顯示對(duì)于動(dòng)脈硬化性疾病具有正相關(guān)性的基因多態(tài)組(Odds＝5或更高)[圖52]列述構(gòu)成對(duì)于動(dòng)脈硬化性疾病具有正相關(guān)性的基因多態(tài)組的基因多態(tài)(Odds＝2或更高)[圖53]列述構(gòu)成對(duì)于動(dòng)脈硬化性疾病具有正相關(guān)性的基因多態(tài)組的基因多態(tài)(Odds＝3或更高)[圖54]列述構(gòu)成對(duì)于動(dòng)脈硬化性疾病具有正相關(guān)性的基因多態(tài)組的基因多態(tài)(Odds＝4或更高)[圖55]列述構(gòu)成對(duì)于動(dòng)脈硬化性疾病具有正相關(guān)性的基因多態(tài)組的基因多態(tài)(Odds＝5或更高)[圖56]顯示對(duì)于心肌梗塞具有負(fù)相關(guān)性的基因多態(tài)組(Odds＝-2或更低)[圖57]顯示對(duì)于心肌梗塞具有負(fù)相關(guān)性的基因多態(tài)組(Odds＝-3或更低)[圖58]顯示對(duì)于心肌梗塞具有負(fù)相關(guān)性的基因多態(tài)組(Odds＝-4或更低)[圖59]列述構(gòu)成對(duì)于心肌梗塞具有負(fù)相關(guān)性的基因多態(tài)組的基因多態(tài)(Odds＝-2或更低)[圖60]列述構(gòu)成對(duì)于心肌梗塞具有負(fù)相關(guān)性的基因多態(tài)組的基因多態(tài)(Odds＝-3或更低)[圖61]列述構(gòu)成對(duì)于心肌梗塞具有負(fù)相關(guān)性的基因多態(tài)組的基因多態(tài)(Odds＝-4或更低)[圖62]列述構(gòu)成對(duì)于心肌梗塞具有負(fù)相關(guān)性的基因多態(tài)組的基因多態(tài)(Odds＝-5或更低)[圖63]顯示對(duì)于心肌梗塞具有正相關(guān)性的基因多態(tài)組(Odds＝2或更高)[圖64]顯示對(duì)于心肌梗塞具有正相關(guān)性的基因多態(tài)組(Odds＝3或更高)[圖65]顯示對(duì)于心肌梗塞具有正相關(guān)性的基因多態(tài)組(Odds＝4或更高)[圖66]顯示對(duì)于心肌梗塞具有正相關(guān)性的基因多態(tài)組(Odds＝5或更高) 顯示對(duì)于心肌梗塞具有正相關(guān)性的基因多態(tài)組(Odds＝6或更高)[圖68]顯示對(duì)于心肌梗塞具有正相關(guān)性的基因多態(tài)組(Odds＝7或更高)[圖69]顯示對(duì)于心肌梗塞具有正相關(guān)性的基因多態(tài)組(Odds＝8或更高)[圖70]列述構(gòu)成對(duì)于心肌梗塞具有正相關(guān)性的基因多態(tài)組的基因多態(tài)(Odds＝2或更高)[圖71]列述構(gòu)成對(duì)于心肌梗塞具有正相關(guān)性的基因多態(tài)組的基因多態(tài)(Odds＝3或更高)[圖72]列述構(gòu)成對(duì)于心肌梗塞具有正相關(guān)性的基因多態(tài)組的基因多態(tài)(Odds＝4或更高)[圖73]列述構(gòu)成對(duì)于心肌梗塞具有正相關(guān)性的基因多態(tài)組的基因多態(tài)(Odds＝5或更高)[圖74]顯示在本發(fā)明的實(shí)施方式中所述的疾病危險(xiǎn)度判定用基因多態(tài)的確定方法的流程圖。
顯示含有在本發(fā)明的實(shí)施方式中所述的疾病危險(xiǎn)度判定裝置的系統(tǒng)整體的模塊圖。
顯示在本發(fā)明的實(shí)施方式中所述的疾病危險(xiǎn)度判定裝置進(jìn)行的危險(xiǎn)度的判定處理的流程圖。
顯示實(shí)施例1的結(jié)果的圖。由本發(fā)明的方法判斷的動(dòng)脈硬化性疾病的高危險(xiǎn)度例或動(dòng)脈硬化性疾病的低危險(xiǎn)度例，與臨床結(jié)果判斷相一致的比例及不一致的比例，將它們分別求作“sensitivity率(準(zhǔn)確率)”和“false positive率(錯(cuò)誤率)”。口只表示易感性“說(shuō)明SSNP”，△只表示抵抗性“說(shuō)明SSNP”，●表示易感性“說(shuō)明SSNP”及抵抗性“說(shuō)明SSNP”兩者，推定的sensitivity(準(zhǔn)確率)和false positive率(錯(cuò)誤率)的計(jì)算值。
具體實(shí)施例方式
以下，對(duì)本發(fā)明進(jìn)行詳細(xì)說(shuō)明。
(用語(yǔ))“基因多態(tài)”是指，在同一個(gè)集團(tuán)中，在一個(gè)基因位上存在2種或更多種的等位基因(allel)的基因多樣性。具體而言，在某集團(tuán)中，顯示出存在有一定頻度或更高頻度的基因變異。這里所說(shuō)的基因變異，不只是限定于作為RNA被轉(zhuǎn)錄的區(qū)域，還包含含有啟動(dòng)子、增強(qiáng)子等的控制區(qū)域等的人基因組上可以特定的全部DNA上的變異。人基因組DNA的99.9％在各個(gè)人之間是共通的，剩下的0.1％成為多樣性的原因，對(duì)特定疾病的易感性、對(duì)藥物及環(huán)境因素的反應(yīng)性產(chǎn)生出個(gè)體差異。即使存在基因多態(tài)，也并不一定出現(xiàn)表現(xiàn)型的差異。在此，SNP(單堿基多態(tài))是基因多態(tài)的一種，但本發(fā)明成為對(duì)象的基因多態(tài)并不限于此。
本說(shuō)明書(shū)所示的基因型(Genotype)，“1”是表示具有置換堿基中的按照堿基字母順序(A、C、G、T)位于前面的堿基的多態(tài)的純合體，“2”表示前述的雜合體，“3”表示具有置換堿基中的按照堿基字母順序位于后面的堿基的多態(tài)的純合體。例如基因多態(tài)顯示為NCP-1(A-2518G)時(shí)，將A/A純合體稱為基因型1，將雜合體A/G稱為基因型2，G/G純合體稱為基因型3，“12”表示上述1和2的基因型雙方的基因型，“23”表示上述2和3的基因型的雙方的基因型。
“基因多態(tài)組”是指多個(gè)基因多態(tài)的組合。這里多個(gè)基因多態(tài)是指具有不同的基因位點(diǎn)的2種或更多種的基因多態(tài)。另外，這里“基因多態(tài)”是考慮到基因型，并包含基因型。即，本發(fā)明中“基因多態(tài)”是指具有特定基因型的基因多態(tài)。
本發(fā)明中的“基因多態(tài)組”特別是對(duì)于作為對(duì)象的疾病，是指作為組合的整體，顯示出負(fù)(抵抗性)或正(易感性)的相關(guān)性的“基因多態(tài)組合”。這樣的基因多態(tài)組(組合)的例子例示有圖1～9和圖38～43[顯示對(duì)于動(dòng)脈硬化性疾病具有負(fù)相關(guān)性的基因多態(tài)組群]，圖19～27和圖48～51(顯示對(duì)于動(dòng)脈硬化性疾病具有正相關(guān)性的基因多態(tài)組群)，圖56～58(顯示對(duì)于心肌梗塞具有負(fù)相關(guān)性的基因多態(tài)組群)，圖63～69(顯示對(duì)于心肌梗塞具有正相關(guān)性的基因多態(tài)組群)。即，在這些圖中，在各行(橫一列)上，作為整體顯示對(duì)疾病的正或負(fù)的相關(guān)性，顯示出了基因多態(tài)(SNP)的組合。在圖19～27中，在一行中有顯示2或3個(gè)基因多態(tài)的情況，還有只顯示單一的基因多態(tài)的情況。此時(shí)，可以說(shuō)該基因多態(tài)是單獨(dú)地對(duì)動(dòng)脈硬化性疾病顯示為正相關(guān)的基因多態(tài)。在本說(shuō)明書(shū)中，為了避免說(shuō)明的復(fù)雜化，將該單一的基因多態(tài)也作為“基因多態(tài)組”而進(jìn)行說(shuō)明。
將圖1作為例子，在該圖的各行中，記載了對(duì)于動(dòng)脈硬化性疾病的指標(biāo)顯示負(fù)相關(guān)的基因多態(tài)組。具體而言，在第一行中，從左開(kāi)始記載了含有“CF12”(Factor XII基因)(基因型3)，“BKR1”(bradykinin B2 receptor基因)(基因型3)，及“IL-182”(Interleukin-18基因)(基因型12)的基因多態(tài)組。在“CF12”中存在第46位為G或T的等位基因(參照?qǐng)D37)，因而按照上述定義，在左欄中“CF12”的基因多態(tài)的基因型記載為3T/T。另外，在“BKR1”中，存在第-58位為C或T的等位基因(參照?qǐng)D37)，因而同樣按照上述的定義，在中欄中“BKR1”的基因多態(tài)的基因型記載為3T/T。進(jìn)而，在“IL-182”中，存在第-137位為G或C的等位基因(參照?qǐng)D37)，在此，構(gòu)成基因多態(tài)組的“IL-182”的基因型為“12”，所以在右欄中，“IL-182”的基因多態(tài)的基因型記載為1C/C和2C/G兩種。因此，如果考慮具有這三個(gè)基因多態(tài)的基因型的組合，則記載為T/T(CF12)和T/T(BKR1)和C/C(I1-182)的組合(組)，以及T/T(CF12)和T/T(BKR1)和C/G(I1-182)的組合(組)這兩組的基因多態(tài)組。
在此，將這兩組的基因多態(tài)組，可以分別作為基因多態(tài)組而使用，也可以將C/C(I1-182)和C/G(I1-182)作為C/？(I1-182)[？為可能的候選，在此指G和C]綜合起來(lái)，作為T/T(CF12)、T/T(BKR1)及C/？(I1-182)這樣的一組基因多態(tài)組來(lái)使用。
“動(dòng)脈硬化性疾病”包含廣泛的缺血性疾病，包括心絞痛、心肌梗塞、腦梗塞、末梢動(dòng)脈閉塞癥。本發(fā)明作為對(duì)象的動(dòng)脈硬化性疾病，特別是因糖尿病而發(fā)病的動(dòng)脈硬化性疾病?！皠?dòng)脈硬化性疾病危險(xiǎn)度”是表示上述動(dòng)脈硬化性疾病的發(fā)病容易程度及其進(jìn)展容易程度的指標(biāo)。另外，“心肌梗塞”是動(dòng)脈硬化性疾病的一種，但“心肌梗塞危險(xiǎn)度”是在動(dòng)脈硬化性疾病中特別關(guān)注心肌梗塞，表示它的發(fā)病容易程度及其進(jìn)展容易程度的指標(biāo)。
(1)疾病危險(xiǎn)度判定用基因多態(tài)的確定方法本發(fā)明所述的疾病危險(xiǎn)度判定用基因多態(tài)的確定方法，提供為判定受試者在何種程度上容易罹患疾病，或者在何種程度上疾病容易進(jìn)展(疾病危險(xiǎn)度)而使用的疾病危險(xiǎn)度判定用基因多態(tài)的確定方法。以下，以動(dòng)脈硬化性疾病為例進(jìn)行說(shuō)明，但本發(fā)明并不限于此，可以適用于與基因具有相關(guān)性的疾病中。那么，使用不同疾病的判定指標(biāo)(例如，動(dòng)脈硬化性疾病的指標(biāo)頸動(dòng)脈內(nèi)膜中膜復(fù)合體的肥厚度，腎病的指標(biāo)尿中白蛋白的排泄率，心肌梗塞的指標(biāo)是判定心電圖上的陳舊性(abnormal Q)心肌梗塞波形的有無(wú)或者判定過(guò)去有無(wú)心肌梗塞)，可以評(píng)價(jià)后述的相關(guān)性(例如參照，日本糖尿病學(xué)會(huì)編糖尿病治療ガィド2004-2005、文光堂)(1-1)動(dòng)脈硬化性疾病危險(xiǎn)度判定用基因多態(tài)的情況本發(fā)明所述的動(dòng)脈硬化性疾病危險(xiǎn)度判定用基因多態(tài)的確定方法，按照?qǐng)D74所示的流程圖進(jìn)行說(shuō)明。另外，在此的處理是作為使用計(jì)算機(jī)進(jìn)行來(lái)說(shuō)明的，該計(jì)算機(jī)備有CPU、存儲(chǔ)器、記錄裝置(例如硬盤)、操作裝置(例如鍵盤，鼠標(biāo))、顯示裝置(例如CRT顯示器)等。即，處理對(duì)象數(shù)據(jù)，由操作部等輸入然后記錄于記錄部。CPU將存儲(chǔ)器作為工作領(lǐng)域而使用，進(jìn)行各種處理，將處理的途中結(jié)果、最終結(jié)果，根據(jù)需要記錄于記錄部的規(guī)定區(qū)域內(nèi)。
首先，事先將與作為目的疾病的動(dòng)脈硬化性疾病相關(guān)的基因信息，從文獻(xiàn)、患者病歷等中收集，選擇在本確定方法中使用的基因多態(tài)。這種預(yù)備選擇，可以根據(jù)本領(lǐng)域技術(shù)人員的經(jīng)驗(yàn)來(lái)進(jìn)行，也可以將疾病名稱或與此相關(guān)的語(yǔ)句作為關(guān)鍵字，利用計(jì)算機(jī)檢索由各種專業(yè)部門構(gòu)建的數(shù)據(jù)庫(kù)，根據(jù)相合的件數(shù)等進(jìn)行選擇。預(yù)備選擇的基因多態(tài)的一個(gè)例子在圖37中顯示。
圖37中，從各種文獻(xiàn)中取得的約200個(gè)基因多態(tài)中，根據(jù)經(jīng)驗(yàn)選擇99個(gè)基因多態(tài)羅列出來(lái)(圖37的詳細(xì)說(shuō)明見(jiàn)后述)。另外，本說(shuō)明書(shū)中顯示的各圖的序號(hào)，除了支號(hào)被明示出來(lái)的情況之外，是指包括全部支號(hào)的情形。因此，記載為圖37時(shí)，是指圖37-A和圖37-B。
在圖74中所示的流程圖，是使用根據(jù)上述預(yù)備選擇而選擇出的規(guī)定數(shù)的基因多態(tài)來(lái)進(jìn)行的。
另外，作為動(dòng)脈硬化性疾病的判定指標(biāo)，使用頸動(dòng)脈內(nèi)膜中膜復(fù)合體肥厚度(IMT)(以下記作IMT)，它與基因多態(tài)的相關(guān)性用統(tǒng)計(jì)學(xué)進(jìn)行解析。有關(guān)IMT的測(cè)定見(jiàn)后述。因此，在預(yù)先記錄部中，將母集團(tuán)的構(gòu)成要素的各人疾病的判定指標(biāo)的IMT，與各人所帶有的基因多態(tài)(具有基因型，下同)相對(duì)應(yīng)，作為被解析的數(shù)據(jù)而記錄下來(lái)。被解析數(shù)據(jù)，例如使用給予各人的個(gè)人ID，以{個(gè)人ID、IMT、多種基因多態(tài)}的形式記錄下來(lái)。
在步驟S1中，設(shè)定在步驟2以后的處理中使用的臨界值TH1、TH2、反復(fù)處理的計(jì)數(shù)值的上限值kmax，對(duì)于計(jì)數(shù)值k而言，將初始值設(shè)定為1。TH1和TH2分別為對(duì)于后述Odds(可能比)及Kai(Kai二乘值)的臨界值。在此，TH1是2或更大的值，TH2為決定統(tǒng)計(jì)學(xué)有意義性的臨界值，是0或更大的值。例如，TH2＝6.63，此時(shí)成為對(duì)象的事項(xiàng)的發(fā)生率P為P＜0.01。另外，上限值kmax優(yōu)選2～5，更優(yōu)選2或3。解析雖然變得麻煩，但上限值kmax也可以為6或更高，即可以對(duì)由6個(gè)或更多個(gè)基因多態(tài)構(gòu)成的基因多態(tài)組進(jìn)行處理。
在步驟S2中，從預(yù)備選擇的基因多態(tài)Gi(i＝1～n)中，選擇具有基因型的基因多態(tài)，將其作為1組。
在步驟S3中，判斷步驟S2所選擇的組在這之前重復(fù)的處理中是否含有在后述步驟S4的處理中判斷為有意義的基因多態(tài)組，判斷為含有時(shí)，進(jìn)入步驟S5，判斷為不含有時(shí)，進(jìn)入步驟S4。k＝1時(shí)，進(jìn)入步驟S4。
在步驟S4中，對(duì)于在步驟S2中指定的組，計(jì)算Odds(可能比)及Kai(Kai二乘值)，只當(dāng)Odds≤-TH1且Kai≥TH2時(shí)，與組相對(duì)應(yīng)地記錄Odds及Kai。具體而言，使用包含全部構(gòu)成該組的基因多態(tài)Gj的、與個(gè)人ID相對(duì)應(yīng)的IMT，計(jì)算該組的Odds。Odds(可能比)的計(jì)算方法，由文獻(xiàn)(Yamada Y，Izawa H，Ichihara S，Takatsu F，Ishihara H，Hirayama H，Sone T，Tanaka M，Yokota M，Prediction of the risk of myocardial infarctionfrom polymorphisms in candidate genes.N.Engl.J.Med.2002；347(24)1916-23)等是公知的。由于Kai(Kai二乘值)的計(jì)算方法在統(tǒng)計(jì)學(xué)上是周知的，在此省略對(duì)其計(jì)算方法的詳細(xì)描述。不過(guò)，Odds值通常為0或更高的值，但在本說(shuō)明書(shū)中，用公知的方法計(jì)算Odds為1或更高時(shí)，原樣使用該值，而小于1時(shí)，用公知的方法由Odds計(jì)算-1/Odds，將其作為Odds。此時(shí)，基因多態(tài)的基因型可以將1和2的情況統(tǒng)合起來(lái)作為1個(gè)組，而基因多態(tài)的基因型為1和將12統(tǒng)合起來(lái)的兩種情況，在都滿足Odds≤-TH1且Kai≥TH2時(shí)，優(yōu)選以規(guī)定的基準(zhǔn)進(jìn)行取舍選擇。例如，通過(guò)采用Kai為大的一方、Odds絕對(duì)值為大的一方，或后述的第3貢獻(xiàn)率為大的一方，來(lái)進(jìn)行取舍選擇。
在步驟S5中，對(duì)于含有k個(gè)基因多態(tài)的全部組，判斷是否結(jié)束了步驟S2～S4的處理，重復(fù)進(jìn)行S2～S4的處理直到結(jié)束為止。
在步驟S6中，判斷k是否比上限值kmax還大，判定不是k＞kmax時(shí)，進(jìn)入步驟S7，使計(jì)數(shù)值k增加1，返回步驟S2。由此，重復(fù)進(jìn)行步驟S2～步驟S7直到k＝1～kmax為止。
通過(guò)以上的步驟S2～步驟S7的處理，確定出具有與疾病指標(biāo)(在此為IMT)負(fù)相關(guān)性(Odds為負(fù))的組。例如，使用圖37顯示的基因多態(tài)，當(dāng)kmax＝3、TH2＝6.63時(shí)，如果設(shè)定為TH1＝2則得到圖1所示的組，如果設(shè)定為TH1＝3則得到圖2所示的組。另外，各圖中各項(xiàng)目的意義如后述。在kmax＝3、TH2＝6.63的條件下，同樣以圖3為TH1＝4、圖4為TH1＝5、圖5為TH1＝6、圖6為TH1＝7、圖7為TH1＝8、圖8為TH1＝9、圖9為TH1＝10地表示得到的組。
在步驟S8中，與步驟S2～S7同樣地，為了進(jìn)行確定具有正相關(guān)性(Odds為正)的處理，將計(jì)數(shù)值k重新設(shè)定，即設(shè)定為k＝1。
在步驟S9～S14中，與步驟S2～S7同樣地進(jìn)行處理。但是，在步驟S10中，判斷在此之前的重復(fù)處理中是否含有構(gòu)成在步驟S11的處理中判斷為具有有意義性的組的基因多態(tài)。另外在步驟S11中，只當(dāng)Odds≥-TH1且Kai≥TH2時(shí)，使其與組相對(duì)應(yīng)，記錄Odds和Kai。
通過(guò)以上的步驟S9～S14的處理，可以確定具有與疾病指標(biāo)(在此為IMT)正相關(guān)性(Odds為正)的組。例如，使用圖37所示的基因多態(tài)，當(dāng)kmax＝3、TH2＝6.63時(shí)，如果設(shè)定TH1＝2則得到如圖19所示的組；如果設(shè)定TH1＝3則得到如圖20所示的組。kmax＝3、TH2＝6.63的條件下，同樣地，以圖21為TH1＝4、圖22為TH1＝5、圖23為TH1＝6、圖24為TH1＝7、圖25為TH1＝8、圖26為TH1＝9、圖27為TH1＝1 0地來(lái)表示所得到的組。
由以上，可以確定在判定動(dòng)脈硬化性疾病的危險(xiǎn)度時(shí)有效的基因多態(tài)的組。
另外，對(duì)于圖74所示的流程圖而言，例如，進(jìn)行以下所示的各種修正，還可以進(jìn)行處理的追加。
例如，在上述中，無(wú)論與疾病指標(biāo)(在此為ITM)為正/負(fù)的何種相關(guān)性都同等地處理，但也可以重視任何一方進(jìn)行處理。即，可以重視負(fù)相關(guān)性，首先確定具有負(fù)相關(guān)性的組，考慮其結(jié)果而確定具有正相關(guān)性的組；相反也可以重視正相關(guān)性，最初確定具有正相關(guān)性的組，考慮其結(jié)果而確定具有負(fù)相關(guān)性的組。例如，在重視負(fù)相關(guān)性時(shí)，可以在圖74中所示的步驟S10中，判斷在其之前的重復(fù)處理中是否含有構(gòu)成在步驟S11的處理中判斷為具有有意義性的組的基因多態(tài)，然后判斷是否含有構(gòu)成在步驟S4中判斷為具有有意義性的組的基因多態(tài)。另外，可以在重視正相關(guān)性時(shí)，在圖74所示的流程圖中，換入步驟S4和步驟S11中的Odds的判定式(Odds≤-TH1和Odds≥TH1)，在步驟S10中，判斷在這之前的重復(fù)處理中是否含有構(gòu)成在步驟S11的處理中判斷為具有有意義性的組的基因多態(tài)，然后判斷是否含有構(gòu)成在步驟S4中判斷為具有有意義性的組的基因多態(tài)。其結(jié)果，得到的組的一例示于圖38～圖43及圖48～圖51。圖38～43分別表示具有與TH1＝2～7的值相對(duì)應(yīng)的負(fù)相關(guān)性的組。另外，圖48～圖51分別表示具有與TH1＝2～5的值相對(duì)應(yīng)的正相關(guān)性的組。
另外，在上述中，確定了對(duì)疾病危險(xiǎn)度的判定有效的基因多態(tài)的組，進(jìn)而，在有必要減少基因多態(tài)的數(shù)目的情況下，可以將各種基因多態(tài)順序排列，根據(jù)順位選擇基因多態(tài)。
例如，根據(jù)Odds可以取舍選擇基因多態(tài)。其結(jié)果，例如對(duì)應(yīng)圖1(TH1＝2)，可以確定圖10所示的基因多態(tài)。同樣地，圖11～圖18是由圖2(TH1＝3)～圖9(TH1＝10)，圖28～圖36是由圖19(TH1＝2)～圖27(TH1＝10)而分別得到的。
另外，顯示選擇更有效的基因多態(tài)組的方法的一例如下。
首先，對(duì)于母集團(tuán)中的受試者，就通過(guò)如圖74所示的一連串的處理而確定的基因多態(tài)的各個(gè)組而言，確定各個(gè)Case(患者)可以用幾個(gè)基因多態(tài)組來(lái)說(shuō)明，計(jì)算第1貢獻(xiàn)率。例如，如果用5個(gè)組(其中1個(gè)組設(shè)為Set20)能說(shuō)明Case#210，則一個(gè)組(例如Set20)對(duì)于該病例(Case#210)的第1貢獻(xiàn)率(對(duì)于Case的貢獻(xiàn)率)為1/5＝0.2。
接著，求出組所說(shuō)明的各個(gè)Case的第1貢獻(xiàn)率的總和(如果Set20說(shuō)明了10個(gè)Case，則為10個(gè)Case的總和)，由該值求出各個(gè)基因多態(tài)的每個(gè)基因型的第2貢獻(xiàn)率。例如，如果Set20為含有SNP1-1和SNP13-23兩個(gè)基因多態(tài)的組，則對(duì)Set20的第1貢獻(xiàn)率的總和進(jìn)行等分，分給每個(gè)基因多態(tài)的基因型。例如，如果對(duì)于Set20的第一貢獻(xiàn)率的總和為1.4，則SNP1-1和SNP13-23分別相當(dāng)于為1.4/2＝0.7。全部的組中的每一組都將第1貢獻(xiàn)率的總和均分給各基因多態(tài)(如果是有3個(gè)基因型的基因多態(tài)的組則3等分)，計(jì)算每個(gè)基因多態(tài)的基因型的第2貢獻(xiàn)率。另外，在圖10～圖18、圖28～圖37中，各基因多態(tài)按第2貢獻(xiàn)率(未圖示)從大到小的順序由上開(kāi)始排列下來(lái)。
進(jìn)而，將各個(gè)基因多態(tài)的基因型的第2貢獻(xiàn)率中的最大值，作為該基因多態(tài)的第3貢獻(xiàn)率，將顯示為最大貢獻(xiàn)率的基因多態(tài)的基因型作為該基因多態(tài)的有效的基因型。例如，ACE-DD(1)的第二貢獻(xiàn)率為5，而ACE-DD+D/I(1+2)的第2貢獻(xiàn)率為2時(shí)，將ACE-DD作為有效的基因多態(tài)，將第3貢獻(xiàn)率設(shè)為5。
進(jìn)而，通過(guò)圖74所示的一連串處理來(lái)確定的基因多態(tài)的組中，只選擇含有上述有效基因多態(tài)的組。例如，如果ACE的有效基因型為DD，則廢棄含有DD+D/I(1+2)的ACE基因型。
其結(jié)果，例如，對(duì)應(yīng)于圖38(TH1＝2)，圖44所示的基因多態(tài)被確定。同樣，圖45～47是由圖39(TH1＝3)～圖43(TH1＝7)，圖52～圖55是由圖48(TH1＝2)～圖5 1(TH1＝5)而分別得到的。圖44～圖47中，基因多態(tài)是按第3貢獻(xiàn)率從大到小的順序由上開(kāi)始排列下來(lái)。
貢獻(xiàn)率，是各個(gè)基因多態(tài)與IMT的相關(guān)性，即，顯示各個(gè)基因多態(tài)與動(dòng)脈硬化性疾病的相關(guān)性高的程度的指標(biāo)。因而，通過(guò)選擇貢獻(xiàn)率為規(guī)定值或更高值的基因多態(tài)，使用較少的基因多態(tài)，就可以進(jìn)行后述的危險(xiǎn)度的判定。此時(shí)，如果適當(dāng)?shù)刂付ㄟx擇的臨界值，就幾乎不會(huì)使精度下降。
另外，在臨床數(shù)據(jù)增加的情況下，對(duì)于含有它們的新的被解析數(shù)據(jù)的集合，通過(guò)適用上述疾病危險(xiǎn)度判定用基因多態(tài)確定方法，可以確定更有效的基因多態(tài)組，可以使疾病危險(xiǎn)度的判定精度提高。
另外，可以將個(gè)人的基因多態(tài)信息本身作為ID而利用。例如，如上述那樣被解析的數(shù)據(jù)以{個(gè)人ID、疾病指標(biāo)值、多個(gè)基因多態(tài)}的形式被記錄下來(lái)，個(gè)人ID由各醫(yī)院給予、管理時(shí)，對(duì)象者如果轉(zhuǎn)醫(yī)院則個(gè)人ID也變了，不能追蹤個(gè)人的病歷，不能有效利用被解析的數(shù)據(jù)。但是，由于基因多態(tài)信息是不變的個(gè)人所固有的信息，因而通過(guò)將基因多態(tài)信息本身作為ID而使用，不僅可以使用個(gè)人ID，還可以利用過(guò)去的被解析的數(shù)據(jù)，特別是過(guò)去的疾病指標(biāo)的值(例如，如果是動(dòng)脈硬化性疾病則為IMT測(cè)定值)。由此，可以進(jìn)行考慮到個(gè)人病歷的解析，在疾病危險(xiǎn)度的判定中，可以確定更有效的基因多態(tài)。在此，被解析數(shù)據(jù)不限定于{個(gè)人ID、疾病指標(biāo)值、多個(gè)基因多態(tài)}，也可以在疾病指標(biāo)的值之外附加各種臨床數(shù)據(jù)等。
(1-2)心肌梗塞危險(xiǎn)度判定用基因多態(tài)的情況關(guān)于心肌梗塞，作為疾病指標(biāo)，使用心電圖上有無(wú)陳舊性心肌梗塞波形或有無(wú)心肌梗塞的既往病史，通過(guò)進(jìn)行與上述同樣的處理，可以確定對(duì)危險(xiǎn)度判定有效的基因多態(tài)及基因多態(tài)組。
例如，圖56～圖58表示分別為TH1＝2～4而確定的與心肌梗塞具有負(fù)相關(guān)性的基因多態(tài)的組。另外，圖63～圖69表示分別為TH1＝2～8而確定的與心肌梗塞具有正相關(guān)性的基因多態(tài)的組。另外，圖59～圖62表示分別使用圖56～圖58(TH1＝2～3)而確定的基因多態(tài)。另外，圖70～圖73表示分別使用圖63～圖69(TH1＝2～8)而確定的基因多態(tài)。
另外，圖37所記載的基因多態(tài)，可以分類成下述的群。
a)與脂質(zhì)相關(guān)的基因多態(tài)群b)與血壓相關(guān)的基因多態(tài)群c)與代謝相關(guān)的基因多態(tài)群d)與胰島素抵抗性相關(guān)的基因多態(tài)群e)與粘附因子相關(guān)的基因多態(tài)群f)與氧化壓力相關(guān)的基因多態(tài)群g)與炎癥反應(yīng)相關(guān)的基因多態(tài)群h)與凝固纖溶系相關(guān)的基因多態(tài)群i)與肥胖相關(guān)的基因多態(tài)群
j)與細(xì)胞增殖或血管增殖相關(guān)的基因多態(tài)群在此，與某因子相關(guān)的基因多態(tài)群，不只限定于該因子基因的外顯子、內(nèi)含子上存在的多態(tài)，還包含在啟動(dòng)子區(qū)域、3’非翻譯區(qū)域、5’非翻譯區(qū)域等存在的多態(tài)。一般地，在編碼區(qū)域中的多態(tài)有時(shí)會(huì)使氨基酸序列變化，使mRNA的表達(dá)量改變，即使是調(diào)節(jié)區(qū)域中的多態(tài)，有時(shí)也會(huì)使mRNA的表達(dá)量變化，使剪接發(fā)生變化，無(wú)論怎樣都可能使蛋白質(zhì)的表達(dá)量或性質(zhì)發(fā)生改變。
具體而言a)屬于與脂質(zhì)相關(guān)的基因多態(tài)群的基因多態(tài)，可以舉出ABCA1、HUMPONA、PAR gamma、hepatic lipase(C-480T)、Apo E(Cys112Arg)、PON1(Gly192Arg)、microsomal triglyceride transfer protein(G-493T)、CETP(Arg451Glu)、lipoprotein lipase(Ser447STOP)、PPARgamma(Leu162Val)、ABCC6(C3421T)、apolipoproteinE(E3 inexon 4(Arg158Cys)、adiponectin(T94G)、Adiponectin(G276T)、Scavenger receptor BI＝CLA-1(G4A(Gly2SEr))、LDL receptor relatedprotein(C766T)，adiponectin(Arg112Cys)、Scavenger receptor BI＝CLA-1(G403A(Val135Ile))等。
b)屬于與血壓相關(guān)的基因多態(tài)群的基因多態(tài)，可以舉出Dopamine-D2receptor(Ser311Cys)、ACE(I/D)、AT2-receptor(A1166C)、angiotensinogen(t704c)、HANP(T2238C)、HANP(C708T)、bradykinin B2、receptor(C-58T)、endothelin-1(G5665T)等。
c)屬于與代謝相關(guān)的基因多態(tài)群的基因多態(tài)，可以舉出Alfa#estrogen#receptor(PvuII)、MTHFR(C677T)、CYP2J2*2(A14487G)、CYP2J2*3(C14532T)、CYP2J2*4(15028T)、CYP2J2-6(A25661T)、CYP2C9*3(Leu359Ile)、CYP3A4(A-290G)等。
d)屬于與胰島素抵抗性相關(guān)的基因多態(tài)群的基因多態(tài)，可以舉出Enos(T-786C)、glycogen#synthase((M416V)、IRS-1(G3494A(Gly972Arg))、Enos(Glu298Asp(G894T))、TGF beta(T29C(Leul0Pro))、resistin(ATGrepeat)(1:6/6，2:6/7，3:7/7，4:7/8，5:8/8)、RAGE(Gly82Ser)、PGC-1(G1302A(Thr394Thr))、PGC-1(G1564A(Gly482Ser))等。
e)屬于與粘附因子相關(guān)的基因多態(tài)群的基因多態(tài)，可以舉出P-selectin(A76666C(Thr715Pro))、fractalkine#receptor(G84635A(Val249Ile))、connexin37(C1019T(Pro319Ser))、E-selectin(G98T)、E-selectin(Ser128Arg)、ICAM1(E469K)、GlycoproteinVI(Ser219Pro)，glycoproteinIa(C807T)等。
f)屬于與氧化壓力相關(guān)的基因多態(tài)群的基因多態(tài)，可以舉出p22phox(C242T(His72Tyr))、Mitochondria(A5178C)、Mitochondria(A12026G)、EPHX2(Arg402-403ins.inExonl3)、Mitochondria(C1310T)、Mitochondria(T14577C)等。
g)屬于與炎癥反應(yīng)相關(guān)的基因多態(tài)群的基因多態(tài)，可以舉出IL-6(G-174C)、CRP(G1059C)、TNFalfa(G-238A)、interleukin6(C-634G)、MPO(G-463A)、TNF-alfa(G-308A)、CD18(C1323T)、LTA(A252G)、LTA(C804A(Thr26Asn))、C-C chemokine receptor 2(G190A)、Interleukin10(G-1082A)、interleukin 1 beta(C3953T)、IL-18(C-607A)、IL-10(C-819T)、IL-18(G-137C)、interleukin 1 receptor antagonist(tandemrepeat(2repeat)in intron2)等。
h)屬于與凝固纖溶系相關(guān)的基因多態(tài)群的基因多態(tài)，可以舉出PIIbIIIa(C1565T(PIA2))、Thrombomodulin(G-33A)、FactorXII、serotonin#2A#receptor(T102C)、PAI-1(4G-668/5G)、GPIa(A1648G)、betaFib(C148T)、prothrombin(G20210)、alfa-Fib(Thr312Ala)、FactorV(G1691A)、GPIa(G873A)、Thrombospondin4(G1186C(Ala387Pro))、Thrombospondin-1(A2210G)、von Willebrand Factor (G-1051A)、Thrombopoietin(A5713G)等。
i)屬于與肥胖相關(guān)的基因多態(tài)群的基因多態(tài)，可以舉出beta3 adrenoceptor(Trp64Arg)、beta2 Adrenoreceptor(C79T)、beta-adrenergicreceptor(A46G)、beta2 adrenoceptor(C491T)等。
j)屬于與細(xì)胞增殖或血管增殖相關(guān)的基因多態(tài)群的基因多態(tài)，可以舉出VEGF(C-634G)，Glutamate-cystein ligase(C-588T)等。
另外，作為在本發(fā)明中使用的基因多態(tài)可以含有的基因多態(tài)，其他還可舉出neuropepyideY(T1128C(Leu7Pro))、MMP-12(A-82G)、mmp-9＝GelatinaseB(C-1562T)、MCP-1(A-2518G)、HPA-2(Thr145Met)、MMP7(C-153T)、matrilynpromoter(A-181G)、AMPD(C34T)、Methionine synthase(A2756G(Asp919gly))、matrix Gla protein(G-7A)等。
(2)疾病危險(xiǎn)度判定用陣列本發(fā)明以受試者所具有的基因多態(tài)為基礎(chǔ)，提供為了判定該受試者疾病罹患的容易程度及進(jìn)展程度(疾病危險(xiǎn)度)而使用的、疾病危險(xiǎn)度判定用陣列。本發(fā)明所述的陣列，是將用于檢測(cè)出所述基因多態(tài)的探針高密度地整齊排列，在硅晶或玻璃片等的支持體上固定化的物質(zhì)。在此，作為探針只要是特異性地識(shí)別、捕捉特定的基因多態(tài)的物質(zhì)即可。具體而言，可以舉出具有含有對(duì)應(yīng)于基因多態(tài)的堿基序列或與其互補(bǔ)的序列的全部或一部分的堿基序列的探針。
本發(fā)明特別提供動(dòng)脈硬化性疾病危險(xiǎn)度判定用陣列和心肌梗塞危險(xiǎn)度判定用陣列。
(2-1)動(dòng)脈硬化性疾病危險(xiǎn)度判定用陣列本發(fā)明的動(dòng)脈硬化性疾病危險(xiǎn)度判定用陣列，可以用于判定動(dòng)脈硬化性疾病的罹患容易程度(發(fā)病容易程度)及進(jìn)展容易程度。優(yōu)選為，對(duì)于具有糖尿病或其傾向的受試者，可以用于判定動(dòng)脈硬化性疾病的危險(xiǎn)度。本發(fā)明的動(dòng)脈硬化性疾病危險(xiǎn)度判定用陣列，具有如下特征，即具有對(duì)于構(gòu)成“負(fù)(抵抗性)的基因多態(tài)組”的基因多態(tài)的檢測(cè)用探針，該“負(fù)(抵抗性)的基因多態(tài)組”與成為動(dòng)脈硬化性疾病的判定指標(biāo)的“頸動(dòng)脈內(nèi)膜中膜復(fù)合體肥厚度(IMT)”之間具有有意義的負(fù)(抵抗性)相關(guān)性。基因多態(tài)組對(duì)于IMT是否有“負(fù)相關(guān)性”，可以由用上述(1)的方法求到的可能比(Odds)來(lái)進(jìn)行判斷。即Odds的值為負(fù)(-)時(shí)視作“負(fù)相關(guān)性”，相反Odds值為正(+)時(shí)可以判定為“正相關(guān)性”。在此，該正或負(fù)的相關(guān)性是否有意義，可以用Kai值來(lái)評(píng)價(jià)。
作為所述的“負(fù)(抵抗性)的基因多態(tài)組”，具體而言，可以例示圖1～9和圖38～43的各圖所舉的“負(fù)(抵抗性)的基因多態(tài)組”。更詳細(xì)而言，在圖1～9和圖38～43的各圖中，各行(橫一列)所列述的基因多態(tài)(SNP)的組合，是指一個(gè)“與動(dòng)脈硬化性疾病相關(guān)的負(fù)(抵抗性)的基因多態(tài)組”。另外，如前說(shuō)明的那樣，例如圖1是由“圖9-A”和在其之后的“圖9-B”的支號(hào)所示的兩個(gè)圖而構(gòu)成，而單是“圖1”的情況是指“圖1-A”和“圖1-B”兩者的情況(以下，含有支號(hào)所示的圖亦然)。在此，“基因多態(tài)”，如前所述，是指包含基因型(Genotype)、即具有特有的基因型的基因多態(tài)。在上述各圖中，基因多態(tài)顯示為“基因略稱”，基因型顯示為“Genotype”。關(guān)于各基因多態(tài)的詳細(xì)信息，如圖37所示。
本發(fā)明的動(dòng)脈硬化性疾病危險(xiǎn)度判定用陣列，具有對(duì)基因多態(tài)檢測(cè)用的探針，所述基因多態(tài)構(gòu)成選自所述圖1～9中任意一個(gè)圖所記載的負(fù)的基因多態(tài)組中的至少一個(gè)基因多態(tài)組。圖1～9中優(yōu)選圖5～9中的任意一個(gè)、更優(yōu)選圖6～9中的任意一個(gè)、進(jìn)一步優(yōu)選圖7～9中的任意一個(gè)、更進(jìn)一步優(yōu)選圖8～9中的任意一個(gè)。另外，基因多態(tài)組的選擇沒(méi)有特別的限制，可以任意進(jìn)行，但此時(shí)在各圖中可以將各基因多態(tài)組中記載的Odds值和Kai值作為指標(biāo)。本發(fā)明的動(dòng)脈硬化性疾病危險(xiǎn)度判定用陣列，由所述Odds值和Kai值進(jìn)行評(píng)價(jià)，優(yōu)選備有對(duì)如下基因多態(tài)檢測(cè)用探針，即構(gòu)成對(duì)IMT而言負(fù)(抵抗性)的相關(guān)性高的基因多態(tài)組的基因多態(tài)。
本發(fā)明的動(dòng)脈硬化性疾病危險(xiǎn)度判定用陣列，作為檢測(cè)用探針，具有對(duì)選自圖10記載的基因多態(tài)群、圖11記載的基因多態(tài)群、圖12記載的基因多態(tài)群、圖13記載的基因多態(tài)群、圖14記載的基因多態(tài)群、圖15記載的基因多態(tài)群、圖16記載的基因多態(tài)群、圖17記載的基因多態(tài)群以及圖18記載的基因多態(tài)群中的1個(gè)基因多態(tài)群的半數(shù)或更多、優(yōu)選60％或更多、70％或更多、80％或更多、90％或更多、更優(yōu)選對(duì)全部的基因多態(tài)的檢測(cè)用探針。
在此，圖10～18，是根據(jù)上述圖1～9，按各Odds對(duì)基因多態(tài)分類的圖，該基因多態(tài)是構(gòu)成與IMT成負(fù)(抵抗性)相關(guān)性的基因多態(tài)組的基因多態(tài)。即根據(jù)圖1，圖10舉出Odds顯示為-2或更低(即Odds比為“1/2”或更低)的構(gòu)成負(fù)的基因多態(tài)組的基因多態(tài)。同樣地，舉出odds顯示為如下值的構(gòu)成負(fù)的基因多態(tài)組的基因多態(tài)圖11為根據(jù)圖2、Odds值為-3或更低(即，Odds為“1/3”或更低)，圖12為根據(jù)圖3、Odds值為-4或更低(即，Odds為“1/4”或更低)，圖13為根據(jù)圖4、Odds值為-5或更低(即，Odds為“1/5”或更低)，圖14為根據(jù)圖5、Odds值為-6或更低(即，Odds為“1/6”或更低)，圖1 5為根據(jù)圖6、Odds值為-7或更低(即，Odds為“1/7”或更低)，圖16為根據(jù)圖7、Odds值為-8或更低(即，Odds為“1/8”或更低)，圖17為根據(jù)圖8、Odds值為-9或更低(即，Odds為“1/9”或更低)，圖10為根據(jù)圖9、Odds值為-10或更低(即，Odds為“1/10”或更低)。
在各圖中所示的基因多態(tài)群中選擇半數(shù)或更多、60％或更多、70％或更多、80％或更多或90％或更多的基因多態(tài)時(shí)，雖沒(méi)有限制，但優(yōu)選按照欄的順序從上開(kāi)始重點(diǎn)地選擇。
另外，本發(fā)明動(dòng)脈硬化性疾病危險(xiǎn)度判定用陣列，可以具有對(duì)如下基因多態(tài)的檢測(cè)用探針，即是構(gòu)成選自圖38～43的任意一個(gè)圖中所記載的負(fù)的基因多態(tài)組中的至少一個(gè)基因多態(tài)組的基因多態(tài)。在圖38～43中，優(yōu)選圖39～43中的任意一個(gè)，更優(yōu)選圖40～43中的任意一個(gè)，進(jìn)一步優(yōu)選圖41～43中的任意一個(gè)，更進(jìn)一步優(yōu)選圖42～43中的任意一個(gè)。如前所述，判定用陣列，優(yōu)選備有對(duì)如下基因多態(tài)檢測(cè)用探針，即由在各圖中基因多態(tài)組所記載的Odds值和Kai值來(lái)評(píng)價(jià)，是構(gòu)成對(duì)IMT而言負(fù)(抵抗性)的相關(guān)性高的基因多態(tài)組的基因多態(tài)。
所述動(dòng)脈硬化性疾病危險(xiǎn)度判定用陣列，作為檢測(cè)用探針，優(yōu)選具有對(duì)選自圖44記載的基因多態(tài)群、圖45記載的基因多態(tài)群、圖46記載的基因多態(tài)群、圖47記載的基因多態(tài)群中的1個(gè)基因多態(tài)群的半數(shù)或更多、優(yōu)選60％或更多、70％或更多、80％或更多、90％或更多、更優(yōu)選對(duì)全部的基因多態(tài)的檢測(cè)用探針。在此，圖44～47，是根據(jù)上述圖38～43，按各Odds對(duì)基因多態(tài)分類的圖，該基因多態(tài)構(gòu)成與IMT成負(fù)(抵抗性)相關(guān)性的基因多態(tài)組。即根據(jù)圖38，圖44舉出Odds為-2或更低(即Odds比為“1/2”或更低)的構(gòu)成負(fù)的基因多態(tài)組的基因多態(tài)。同樣地，舉出Odds為如下值的構(gòu)成負(fù)的基因多態(tài)組的基因多態(tài)圖45為根據(jù)圖39，Odds值為-3或更低(即，Odds為“1/3”或更低)、圖46為根據(jù)圖40，Odds值為-4或更低(即，Odds為“1/4”或更低)、圖47為根據(jù)圖41，Odds值為-5或更低(即，Odds為“1/5”或更低)。與圖10～18同樣，在各圖中顯示的基因多態(tài)群中選擇半數(shù)或更多，60％或更多、70％或更多、80％或更多、90％或更多的基因多態(tài)時(shí)，優(yōu)選按照欄的順序從上開(kāi)始重點(diǎn)地選擇。
本發(fā)明的動(dòng)脈硬化性疾病危險(xiǎn)度判定用陣列，優(yōu)選具有對(duì)構(gòu)成上述負(fù)(抵抗性)的基因多態(tài)組的基因多態(tài)的檢測(cè)用探針，再加上對(duì)正(易感性)的基因多態(tài)的檢測(cè)用探針或構(gòu)成正(易感性)的基因多態(tài)組的基因多態(tài)的檢測(cè)用探針。
“正(易感性)基因多態(tài)”是指，與判定動(dòng)脈硬化性疾病的指標(biāo)“頸動(dòng)脈內(nèi)膜中膜復(fù)合體肥厚度(IMT)”之間具有有意義的正相關(guān)性的基因多態(tài)。此外“正(易感性)基因多態(tài)組”是指，與(IMT)之間具有有意義的正(易感性)相關(guān)性的“基因多態(tài)的組合物”。在此，基因多態(tài)組對(duì)IMT是否具有“正相關(guān)性”，可以通過(guò)在上述(1)記載的方法求出的Odds來(lái)進(jìn)行判斷。即、Odds的值為正(+)時(shí)，可以將其判定為有“正相關(guān)性”。該正相關(guān)性中，是否具有有意義性可以通過(guò)Kai值來(lái)評(píng)價(jià)。
具體而言，在圖19～27及圖48～51中，顯示了所述的“正(易感性)的基因多態(tài)組”。更詳細(xì)而言，在如圖19～27及圖48～51的各圖中，各行(橫一列)所列述的基因多態(tài)(SNP)組合，是指與IMT之間具有正(易感性)相關(guān)性的“正(易感性)的基因多態(tài)組”。在各圖中，一行中顯示為單一的基因多態(tài)的情況時(shí)，該基因多態(tài)是單獨(dú)與IMT之間具有正(易感性)相關(guān)性的“正(易感性)的基因多態(tài)”(例如，圖19中的“GSY”等)。
具體而言，本發(fā)明的動(dòng)脈硬化性疾病危險(xiǎn)度判定用陣列，具有對(duì)構(gòu)成圖1～9的任意一個(gè)圖中記載的負(fù)的基因多態(tài)組的基因多態(tài)的檢測(cè)用探針，再加上對(duì)構(gòu)成圖19～27的任意一個(gè)圖中記載的正的基因多態(tài)組的基因多態(tài)的檢測(cè)用探針。在圖19～27中，優(yōu)選圖23～27的任意一個(gè)，更優(yōu)選圖24～27的任意一個(gè)，進(jìn)一步優(yōu)選圖25～27的任意一個(gè)，更進(jìn)一步優(yōu)選圖26～27的任意一個(gè)。
所述判定用陣列，作為檢測(cè)構(gòu)成正的基因多態(tài)組的基因多態(tài)的探針、即檢測(cè)用探針，優(yōu)選具有對(duì)選自圖28記載的基因多態(tài)群、圖29記載的基因多態(tài)群、圖30記載的基因多態(tài)群、圖31記載的基因多態(tài)群、圖32記載的基因多態(tài)群、圖33記載的基因多態(tài)群、圖34記載的基因多態(tài)群、圖35記載的基因多態(tài)群以及圖36記載的基因多態(tài)群中的1個(gè)基因多態(tài)群的半數(shù)或更多、優(yōu)選60％或更多、70％或更多、80％或更多、90％或更多、更優(yōu)選具有對(duì)全部的基因多態(tài)的檢測(cè)用探針。
在此，圖28～36，是根據(jù)上述圖19～27，按Odds將基因多態(tài)分類的圖，該基因多態(tài)與IMT成正(易感性)相關(guān)性。即根據(jù)圖19，圖28舉出Odds顯示為2或更高的構(gòu)成正的基因多態(tài)組的基因多態(tài)。同樣地，舉出Odds顯示為如下值的構(gòu)成正的基因多態(tài)組的基因多態(tài)圖29為根據(jù)圖20、Odds值為3或更高，圖30為根據(jù)圖21、Odds值為4或更高，圖31為根據(jù)圖22、Odds值為5或更高，圖32為根據(jù)圖23、Odds值為6或更高，圖33為根據(jù)圖24、Odds值為7或更高，圖34為根據(jù)圖25、Odds值為8或更高，圖35為根據(jù)圖26、Odds值為9或更高，圖36為根據(jù)圖27、Odds值為10或更高。在這些圖28～36的各圖中顯示的基因多態(tài)群中選擇半數(shù)或更多、60％或更多、70％或更多、80％或更多、或90％或更多的基因多態(tài)時(shí)，優(yōu)選按照欄的順序從上開(kāi)始重點(diǎn)地選擇。
另外，本發(fā)明動(dòng)脈硬化性疾病判定用陣列，可以具有對(duì)構(gòu)成圖38～43的任意一個(gè)圖中記載的負(fù)的基因多態(tài)組的基因多態(tài)的檢測(cè)用探針，再加上對(duì)構(gòu)成圖48～51的任意一個(gè)圖中記載的正的基因多態(tài)組的基因多態(tài)的檢測(cè)用探針。在圖48～51中，優(yōu)選圖49～51的任意一個(gè)，更優(yōu)選的是圖50～51的任意一個(gè)的任意一個(gè)。
所述判定用陣列，作為檢測(cè)構(gòu)成正的基因多態(tài)組的基因多態(tài)的探針、即檢測(cè)用探針，優(yōu)選具有對(duì)選自圖52記載的基因多態(tài)群、圖53記載的基因多態(tài)群、圖54記載的基因多態(tài)群、圖55記載的基因多態(tài)群中的1個(gè)基因多態(tài)群的半數(shù)或更多、優(yōu)選60％或更多、70％或更多、80％或更多、90％或更多、更優(yōu)選具有對(duì)全部的基因多態(tài)的檢測(cè)用探針。
在此，圖52～55，是根據(jù)上述圖48～51，按Odds將基因多態(tài)分類的圖，該基因多態(tài)與IMT成正(易感性)相關(guān)性。即根據(jù)圖48，圖52舉出Odds顯示為2或更高的構(gòu)成正的基因多態(tài)組的基因多態(tài)。同樣地，舉出Odds顯示為如下值的正的基因多態(tài)及構(gòu)成正的基因多態(tài)組的基因多態(tài)圖53為根據(jù)圖49、Odds值為3或更高，圖54為根據(jù)圖50、Odds值為4或更高，圖55為根據(jù)圖51、Odds值為5或更高。在這些圖52～55的各圖中顯示的基因多態(tài)群中選擇半數(shù)或更多、60％或更多、70％或更多、80％或更多、或90％或更多的基因多態(tài)時(shí)，優(yōu)選按照欄的順序從上開(kāi)始重點(diǎn)地選擇。
本發(fā)明人對(duì)上述各種要素進(jìn)行研究，結(jié)果如當(dāng)初預(yù)測(cè)地確認(rèn)了在圖37中記載的基因多態(tài)，在判定動(dòng)脈硬化性疾病、特別是起因于糖尿病的動(dòng)脈硬化性疾病的危險(xiǎn)度時(shí)很有用，通過(guò)單獨(dú)或組合使用所述的基因多態(tài)，可以高精度地判定動(dòng)脈硬化性疾病的危險(xiǎn)度。因而本發(fā)明的動(dòng)脈硬化性疾病危險(xiǎn)度判定用陣列，作為檢測(cè)用探針，也可以適用具有對(duì)圖37記載的99個(gè)基因多態(tài)的檢測(cè)用探針。
本發(fā)明的動(dòng)脈硬化性疾病危險(xiǎn)度判定用陣列，就受試者而言，可以用于對(duì)動(dòng)脈硬化性疾病的抵抗性(難以罹患的程度)進(jìn)行評(píng)價(jià)。這些，具體而言，例如將陣列上檢測(cè)用探針和由受試樣品調(diào)制的探針之間進(jìn)行雜交，就受試者而言，可以通過(guò)將檢測(cè)出的基因多態(tài)與跟作為判定動(dòng)脈硬化性疾病指標(biāo)的頸動(dòng)脈內(nèi)膜中膜復(fù)合體肥厚度(IMT)具有負(fù)相關(guān)性的基因多態(tài)組進(jìn)行對(duì)照來(lái)實(shí)施。此時(shí)，得到的受試者是否具有與IMT為負(fù)相關(guān)性的基因多態(tài)組的信息，可以有效地用于評(píng)價(jià)受試者是否對(duì)動(dòng)脈硬化性疾病存在抵抗性(是否難以罹患)。
另外，本發(fā)明的動(dòng)脈硬化性疾病危險(xiǎn)度判定用陣列，就受試者而言，可以用于對(duì)動(dòng)脈硬化性疾病的抵抗性和易感性進(jìn)行評(píng)價(jià)。這些，具體而言，例如將陣列上檢測(cè)用探針和由受試樣品調(diào)制的探針之間進(jìn)行雜交，就受試者而言，可以通過(guò)將檢測(cè)出的基因多態(tài)與跟作為判定動(dòng)脈硬化性疾病指標(biāo)的與IMT具有負(fù)相關(guān)性的基因多態(tài)組、及與IMT具有正相關(guān)性的基因多態(tài)或基因多態(tài)組進(jìn)行對(duì)照來(lái)實(shí)施。此時(shí)，得到的信息(受試者是否具有與IMT具有負(fù)相關(guān)性的基因多態(tài)組，是否具有與IMT具有正相關(guān)性的基因多態(tài)或基因多態(tài)組的信息)，可以用于評(píng)價(jià)受試者對(duì)動(dòng)脈硬化性疾病的抵抗性和易感性。
另外，本發(fā)明的動(dòng)脈硬化性疾病危險(xiǎn)度判定用陣列，就受試者而言，可以用于對(duì)動(dòng)脈硬化性疾病危險(xiǎn)度的有無(wú)及其高低(罹患容易程度及進(jìn)展程度的有無(wú)及其程度)進(jìn)行評(píng)價(jià)。這些，具體而言，例如可以通過(guò)如下來(lái)實(shí)施，即，將陣列上檢測(cè)用探針和由受試樣品調(diào)制的探針進(jìn)行雜交，將檢測(cè)出的基因多態(tài)與跟IMT具有負(fù)相關(guān)性的基因多態(tài)組、及具有正相關(guān)性的基因多態(tài)或基因多態(tài)組進(jìn)行對(duì)照，就檢測(cè)出的基因多態(tài)而言，求出對(duì)得到的負(fù)相關(guān)性或正相關(guān)性的偏度。此時(shí)，得到的信息(就受試者所具有的基因多態(tài)而言，涉及負(fù)相關(guān)性和正相關(guān)性的偏度的信息)，可以用于有效評(píng)價(jià)受試者對(duì)動(dòng)脈硬化性疾病的危險(xiǎn)度的評(píng)價(jià)。
這些情況下，在對(duì)照中使用的與IMT具有負(fù)相關(guān)性的基因多態(tài)組優(yōu)選選自圖1～圖9中任意一個(gè)圖所記載的負(fù)的基因多態(tài)組、或圖38～43的任意一個(gè)圖所記載的負(fù)基因多態(tài)組中的至少一個(gè)組。另外，對(duì)照中使用的與IMT具有正相關(guān)性的基因多態(tài)或基因多態(tài)組，當(dāng)上述作為負(fù)的基因多態(tài)組而使用圖1～9中任意記載的組時(shí)，優(yōu)選選自圖19～27的任意一個(gè)圖記載的正基因多態(tài)或基因多態(tài)組群中的至少一個(gè)組；當(dāng)上述作為負(fù)的基因多態(tài)組而使用圖38～43中任意一個(gè)圖中記載的組時(shí)，優(yōu)選選自圖48～51的任意一個(gè)圖記載的正基因多態(tài)或基因多態(tài)組群中的至少一個(gè)組。
動(dòng)脈硬化性疾病危險(xiǎn)度的判定，例如可以按照以下進(jìn)行。


例如，將從受試者檢測(cè)出的基因多態(tài)與跟IMT具有負(fù)相關(guān)性的基因多態(tài)組(例如圖1～9，或圖38～43)、及具有正相關(guān)性的基因多態(tài)或基因多態(tài)組(例如，圖19～27或圖48～51)相對(duì)照時(shí)，具有正相關(guān)性的基因多態(tài)組的總數(shù)比具有負(fù)相關(guān)性的基因多態(tài)組的總數(shù)多的受試者(Case1)，可以判定為動(dòng)脈硬化性疾病高危險(xiǎn)度例。另外，具有正相關(guān)性的基因多態(tài)組，但不具有負(fù)相關(guān)性的基因多態(tài)組的受試者(Case2)，被判定為動(dòng)脈硬化性疾病高危險(xiǎn)度例。另一方面，具有負(fù)相關(guān)性的基因多態(tài)組的總數(shù)比具有正相關(guān)性的基因多態(tài)組的總數(shù)少的受試者(Case3)，被判定為動(dòng)脈硬化正疾病的低危險(xiǎn)度例。另外，具有負(fù)相關(guān)性的基因多態(tài)組，但不具有正相關(guān)性的基因多態(tài)組的受試者(Case4)，被判定為動(dòng)脈硬化性疾病的低危險(xiǎn)例。
即，求出由受試者檢測(cè)出的基因多態(tài)的正相關(guān)性(易感性)和負(fù)相關(guān)性(抵抗性)的偏度，當(dāng)正相關(guān)性有意義地多的情況下，該受試者判定為動(dòng)脈硬化性疾病的危險(xiǎn)度高(或發(fā)病)；當(dāng)負(fù)相關(guān)性有意義地多的情況下，可以判定為受試者的動(dòng)脈硬化性疾病的危險(xiǎn)度低(或不發(fā)病)。
優(yōu)選的是，本發(fā)明的動(dòng)脈硬化性疾病危險(xiǎn)度判定用陣列，與受試者的臨床表現(xiàn)(例如IMT)進(jìn)行對(duì)比時(shí)，準(zhǔn)確率(與臨床表現(xiàn)相一致的概率)為60％或更多，優(yōu)選65％或更多，更優(yōu)選70％或更多；錯(cuò)誤率(與臨床表現(xiàn)不一致的概率)為45％或更少，優(yōu)選40％或更少，更優(yōu)選為能得到40％或更少的結(jié)果。作為此時(shí)的臨床表現(xiàn)，可以例示為例如受試者的頸動(dòng)脈內(nèi)膜中膜復(fù)合體肥厚度(IMT)不足1.1mm時(shí)為非動(dòng)脈硬化病例，IMT為1.1mm或更大時(shí)為患動(dòng)脈硬化病例。另外，作為其他方法，還可舉出在重回歸分析中的頸動(dòng)脈內(nèi)膜中膜復(fù)合體的平均肥厚度的增加(△IMT)為0.2mm或更多時(shí)，或重回歸分析中的頸動(dòng)脈內(nèi)膜中膜復(fù)合體的最大肥厚度的增加(△PIMT)為0.3mm或更多時(shí)，視作患動(dòng)脈硬化病例，其他的情況視作非動(dòng)脈硬化病例的方法。
(1-2)心肌梗塞危險(xiǎn)度判定用陣列本發(fā)明的心肌梗塞危險(xiǎn)度判定用陣列，可以用于判定心肌梗塞的罹患容易程度(發(fā)病容易程度)及進(jìn)展容易程度。優(yōu)選為，對(duì)于糖尿病或臨界型糖尿病患者，可以用于判定心肌梗塞的危險(xiǎn)度。本發(fā)明的心肌梗塞危險(xiǎn)度判定用陣列，具有如下特征，即具有對(duì)于構(gòu)成“負(fù)(抵抗性)的基因多態(tài)組”的基因多態(tài)的檢測(cè)用探針，該“負(fù)(抵抗性)的基因多態(tài)組”與心肌梗塞的判定指標(biāo)之間具有有意義的負(fù)(抵抗性)相關(guān)性。在此，作為心肌梗塞的判定指標(biāo)，只要是本領(lǐng)域慣常使用的就沒(méi)有特別的限制，可以優(yōu)選利用在心電圖上有無(wú)觀察到陳舊性心肌梗塞波或受試者的心肌梗塞的既往史。
作為所述的“負(fù)(抵抗性)的基因多態(tài)組”，具體而言，可以例示圖56～58的各圖所舉的“負(fù)(抵抗性)的基因多態(tài)組”。更詳細(xì)而言，在圖56～58中，各行(橫一列)所列述的基因多態(tài)(SNP)的組合，是指一個(gè)“與心肌梗塞相關(guān)的負(fù)(抵抗性)的基因多態(tài)組”。
本發(fā)明的心肌梗塞危險(xiǎn)度判定用陣列，具有對(duì)基因多態(tài)檢測(cè)用的探針，所述基因多態(tài)是構(gòu)成選自所述圖56～58中任意一個(gè)圖所記載的負(fù)的基因多態(tài)組中的至少一個(gè)基因多態(tài)組的基因多態(tài)。圖56～58中優(yōu)選圖57～58中的任意一個(gè)。另外，基因多態(tài)組的選擇，可以在各圖中對(duì)各基因多態(tài)組中記載的Odds值和Kai值作為指標(biāo)。本發(fā)明的心肌梗塞危險(xiǎn)度判定用陣列，由所述Odds值和Kai值進(jìn)行評(píng)價(jià)，優(yōu)選備有對(duì)如下基因多態(tài)的檢測(cè)用探針，即構(gòu)成對(duì)心肌梗塞判定指標(biāo)的負(fù)(抵抗性)的相關(guān)性高的基因多態(tài)組的基因多態(tài)。
本發(fā)明的心肌梗塞危險(xiǎn)度判定用陣列，作為檢測(cè)用探針，具有對(duì)選自含有圖59記載的基因多態(tài)的基因多態(tài)群、含有圖60記載的基因多態(tài)的基因多態(tài)群、圖61記載的基因多態(tài)群、及圖62記載的基因多態(tài)群中的1個(gè)基因多態(tài)群的半數(shù)或更多、優(yōu)選60％或更多、70％或更多、80％或更多、或90％或更多、更優(yōu)選具有對(duì)全部的基因多態(tài)的檢測(cè)用探針。
在此，圖59～62，是根據(jù)上述圖56～68，按Odds基因多態(tài)分類的圖，該基因多態(tài)構(gòu)成與IMT成負(fù)(抵抗性)相關(guān)性的基因多態(tài)組。即可以舉出，根據(jù)圖56，圖59舉出Odds顯示為-2或更低(即Odds為“1/2”或更低)的構(gòu)成負(fù)的基因多態(tài)組的基因多態(tài)。同樣地，舉出Odds顯示為如下值的構(gòu)成負(fù)的基因多態(tài)組的基因多態(tài)圖60為根據(jù)圖57、Odds值為-3或更低(即，Odds為“1/3”或更低)，圖61為根據(jù)圖58、Odds值為-4或更低(即，Odds為“1/4”或更低)，圖64為根據(jù)圖58、Odds值為-5或更低(即，Odds為“1/5”或更低)。
在各圖中所示的基因多態(tài)群中選擇半數(shù)或更多、60％或更多、70％或更多、80％或更多、90％或更多的基因多態(tài)時(shí)，優(yōu)選按照欄的順序從上開(kāi)始重點(diǎn)地選擇。
本發(fā)明的心肌梗塞危險(xiǎn)度判定用陣列，優(yōu)選具有對(duì)構(gòu)成上述負(fù)(抵抗性)的基因多態(tài)組的基因多態(tài)的檢測(cè)用探針，再加上對(duì)正(易感性)的基因多態(tài)的檢測(cè)用探針或構(gòu)成正(易感性)的基因多態(tài)組的基因多態(tài)的檢測(cè)用探針。
在此“正(易感性)基因多態(tài)”是指，與判定心肌梗塞的指標(biāo)之間具有有意義的正相關(guān)性的基因多態(tài)?；颉罢?易感性)基因多態(tài)組”是指，與判定心肌梗塞的指標(biāo)之間具有有意義的正(易感性)相關(guān)性的“基因多態(tài)的組合物”。
具體而言，在圖63～69中，顯示了所述的“正(易感性)的基因多態(tài)組”。更詳細(xì)而言，在如圖63～69的各圖中，各行(橫一列)所列述的基因多態(tài)(SNP)的組合，是指與判定心肌梗塞的指標(biāo)之間具有正(易感性)相關(guān)性的“正(易感性)的基因多態(tài)組”。
具體而言，本發(fā)明的心肌梗塞危險(xiǎn)度判定用陣列，具有對(duì)構(gòu)成圖56～58的任意一個(gè)圖中記載的負(fù)的基因多態(tài)組的基因多態(tài)的檢測(cè)用探針，再加上對(duì)構(gòu)成圖63～69的任意一個(gè)圖中記載的正的基因多態(tài)或構(gòu)成基因多態(tài)組的基因多態(tài)的檢測(cè)用探針。在圖63～69中，優(yōu)選圖64～69的任意一個(gè)，更優(yōu)選圖65～69的任意一個(gè)。
所述判定用陣列，作為檢測(cè)構(gòu)成正的基因多態(tài)組的基因多態(tài)的探針、即檢測(cè)用探針，優(yōu)選具有對(duì)選自圖70記載的基因多態(tài)群、圖71記載的基因多態(tài)群、圖72記載的基因多態(tài)群、及圖73記載的基因多態(tài)群中的1個(gè)基因多態(tài)群的半數(shù)或更多、優(yōu)選60％或更多、70％或更多、80％或更多、或90％或更多、更優(yōu)選具有對(duì)全部的基因多態(tài)的檢測(cè)用探針。
在此，圖70～73，是根據(jù)圖63～69，按Odds將基因多態(tài)分類的圖，該基因多態(tài)與IMT為正(易感性)相關(guān)性。即根據(jù)圖63，圖70舉出Odds顯示為2或更高的構(gòu)成正的基因多態(tài)組的基因多態(tài)。同樣地，舉出Odds顯示為如下值的構(gòu)成正的基因多態(tài)組的基因多態(tài)圖71為根據(jù)圖64、Odds值為3或更高，圖72為根據(jù)圖65、Odds值為4或更高，圖73為根據(jù)圖66、Odds值為5或更高。在這些圖70～73的各圖中顯示的基因多態(tài)群中選擇半數(shù)或更多、60％或更多、70％或更多、80％或更多、或90％或更多的基因多態(tài)時(shí)，優(yōu)選按照欄的順序從上開(kāi)始重點(diǎn)地選擇。
本發(fā)明人在判定心肌梗塞、特別是起因于糖尿病的動(dòng)脈硬化性疾病的危險(xiǎn)度時(shí)圖37記載的基因多態(tài)很有用，確認(rèn)了通過(guò)單獨(dú)或組合使用所述的基因多態(tài)，可以高精度地判定心肌梗塞的危險(xiǎn)度。因而本發(fā)明的心肌梗塞危險(xiǎn)度判定用陣列，作為檢測(cè)用探針，也可以使用具有對(duì)圖37記載的99個(gè)基因多態(tài)的檢測(cè)用探針的物質(zhì)。
本發(fā)明的心肌梗塞危險(xiǎn)度判定用陣列，與上述動(dòng)脈硬化性疾病危險(xiǎn)度判定用陣列相同，就受試者而言，可以用于對(duì)心肌梗塞的抵抗性(難以罹患的程度)進(jìn)行評(píng)價(jià)，另外，就受試者而言，可以用于對(duì)心肌梗塞的抵抗性及易感性進(jìn)行評(píng)價(jià)。進(jìn)而，本發(fā)明的心肌梗塞危險(xiǎn)度判定用陣列，就受試者而言，可以用于對(duì)心肌梗塞有無(wú)危險(xiǎn)度及其高低(罹患的容易程度及其進(jìn)展的容易程度的有無(wú)及其程度)進(jìn)行評(píng)價(jià)。
這些情況下，在對(duì)照中使用的與心肌梗塞判定指標(biāo)具有負(fù)相關(guān)性的基因多態(tài)組優(yōu)選選自圖56～圖58中任意一個(gè)圖所記載的負(fù)的基因多態(tài)組中的至少一個(gè)組。另外，對(duì)照中使用的與心肌梗塞判定指標(biāo)具有正相關(guān)性的基因多態(tài)組，優(yōu)選選自圖63～圖69中任意一個(gè)圖所記載的正的基因多態(tài)或基因多態(tài)組中的至少一個(gè)組。
心肌梗塞危險(xiǎn)度的判定，可以用與上述動(dòng)脈硬化性疾病的危險(xiǎn)度的判定方法相同的方法進(jìn)行。
以上說(shuō)明的本發(fā)明的疾病危險(xiǎn)度判定用陣列，只要具有與各種疾病相應(yīng)的基因多態(tài)的檢測(cè)用探針，在能夠?qū)崿F(xiàn)本發(fā)明的目的的范圍內(nèi)，可以適當(dāng)具有上述之外的探針或公知探針。另外，基因多態(tài)檢測(cè)用探針可以適當(dāng)標(biāo)記后使用。
本發(fā)明的疾病判定用陣列，除了將預(yù)先準(zhǔn)備的探針固定在基材上的方法之外，還可以用在基材上合成的Affimetrix社的方法進(jìn)行調(diào)制，該調(diào)制方法沒(méi)有特別的限制。另外，固定探針的基板也沒(méi)有特別的限制，例如，可以使用玻璃板及濾器等公知的物質(zhì)。另外，就被固定的探針的長(zhǎng)度及使用的核酸的種類而言，只要可以檢測(cè)出基因多態(tài)，就沒(méi)有特別的限制。從靈敏度的角度考慮，優(yōu)選將含有基因多態(tài)的區(qū)域預(yù)先用PCR進(jìn)行擴(kuò)增。
特別是，從靈敏度、簡(jiǎn)便性等的角度考慮，可以優(yōu)選使用利用標(biāo)記的引物將含有基因多態(tài)的區(qū)域進(jìn)行擴(kuò)增的方法。例如，在Hybrigene法中，用經(jīng)生物素標(biāo)記的引物將含有基因多態(tài)的區(qū)域擴(kuò)增，將此添加到陣列上進(jìn)行雜交后，洗凈除去未雜交的核酸。接著，將雜交了的探針用經(jīng)抗生物素蛋白標(biāo)記的熒光色素檢測(cè)出來(lái)。通過(guò)該方法，可以靈敏度更好地檢測(cè)基因多態(tài)。
本發(fā)明的疾病判定用陣列，包括下述的方式(A)動(dòng)脈硬化性疾病危險(xiǎn)度判定用陣列，其具有對(duì)構(gòu)成選自圖1～9的任意一個(gè)圖中記載的負(fù)(抵抗性)的基因多態(tài)組中的至少一個(gè)基因多態(tài)組的基因多態(tài)的檢測(cè)用探針，或具有對(duì)構(gòu)成選自圖38～43的任意一個(gè)圖中記載的負(fù)(抵抗性)的基因多態(tài)組中的至少一個(gè)基因多態(tài)組的基因多態(tài)的檢測(cè)用探針。
(B)根據(jù)(A)記載的動(dòng)脈硬化性疾病危險(xiǎn)度判定用陣列，其具有對(duì)圖10～18的任意一個(gè)圖中記載的基因多態(tài)群的半數(shù)或更多的基因多態(tài)的檢測(cè)用探針，或具有對(duì)圖44～47的任意一個(gè)圖中記載的基因多態(tài)群的半數(shù)或更多的基因多態(tài)的檢測(cè)用探針。
(C)根據(jù)(A)或(B)記載的動(dòng)脈硬化性疾病危險(xiǎn)度判定用陣列，其進(jìn)一步具有對(duì)構(gòu)成選自圖19～27的任意一個(gè)圖中記載的、正(易感性)的基因多態(tài)組中的至少一個(gè)基因多態(tài)組的基因多態(tài)的檢測(cè)用探針，或具有對(duì)構(gòu)成選自圖63～69的任意一個(gè)圖中記載的、正(易感性)的基因多態(tài)組中的至少一個(gè)基因多態(tài)組的基因多態(tài)的檢測(cè)用探針。
(D)根據(jù)(A)或(B)記載的動(dòng)脈硬化性疾病危險(xiǎn)度判定用陣列，其具有對(duì)圖28～37的任意一個(gè)圖中記載的基因多態(tài)群的半數(shù)或更多的基因多態(tài)的檢測(cè)用探針，或具有對(duì)圖52～55的任意一個(gè)圖中記載的基因多態(tài)群的半數(shù)或更多的基因多態(tài)的檢測(cè)用探針。
(E)心肌梗塞危險(xiǎn)度判定用陣列，其具有對(duì)構(gòu)成選自圖56～58的任意一個(gè)圖中記載的負(fù)(抵抗性)的基因多態(tài)組中的至少一個(gè)基因多態(tài)組的基因多態(tài)的檢測(cè)用探針。
(F)根據(jù)(E)記載的心肌梗塞危險(xiǎn)度判定用陣列，其具有對(duì)圖59～62的任意一個(gè)圖中記載的基因多態(tài)群的半數(shù)或更多的基因多態(tài)的檢測(cè)用探針。
(G)根據(jù)(E)或(F)記載的心肌梗塞危險(xiǎn)度判定用陣列，其具有對(duì)構(gòu)成選自圖63～69的任意一個(gè)圖中記載的、正(易感性)的基因多態(tài)組中的至少一個(gè)基因多態(tài)組的基因多態(tài)的檢測(cè)用探針。
(H)根據(jù)(E)或(F)記載的心肌梗塞危險(xiǎn)度判定用陣列，其具有對(duì)圖70～73的任意一個(gè)圖中記載的基因多態(tài)群的半數(shù)或更多的基因多態(tài)的檢測(cè)用探針。
(I)根據(jù)(A)～(H)的任意一項(xiàng)記載的動(dòng)脈硬化性疾病危險(xiǎn)度判定用陣列，其中，使其與由受試樣品調(diào)制的探針進(jìn)行雜交，將檢測(cè)出的受試者的基因多態(tài)，與跟疾病具有負(fù)相關(guān)性的基因多態(tài)組進(jìn)行對(duì)照，就檢測(cè)出的基因多態(tài)組評(píng)價(jià)其對(duì)疾病的抵抗性。
(J)根據(jù)(I)記載的動(dòng)脈硬化性疾病危險(xiǎn)度判定用陣列，其中，與動(dòng)脈硬化性疾病具有負(fù)相關(guān)性的基因多態(tài)組是選自圖1～9的任意一個(gè)圖中記載的負(fù)的基因多態(tài)組中的至少1組，或選自圖38～43的任意一個(gè)圖中記載的負(fù)的基因多態(tài)組中的至少1組。
(K)根據(jù)(A)～(H)的任意一項(xiàng)記載的動(dòng)脈硬化性疾病危險(xiǎn)度判定用陣列，其中，使其與由受試樣品調(diào)制的探針進(jìn)行雜交，將檢測(cè)出的受試者的基因多態(tài)，與跟疾病具有負(fù)相關(guān)性的基因多態(tài)組及具有正相關(guān)性的基因多態(tài)組進(jìn)行對(duì)照，就檢測(cè)出的基因多態(tài)組評(píng)價(jià)其對(duì)疾病的抵抗性及易感性。
(L)根據(jù)(A)～(H)的任意一項(xiàng)記載的動(dòng)脈硬化性疾病危險(xiǎn)度判定用陣列，其中，使其與由受試樣品調(diào)制的探針進(jìn)行雜交，將檢測(cè)出的受試者的基因多態(tài)，與跟疾病具有負(fù)相關(guān)性的基因多態(tài)組及具有正相關(guān)性的基因多態(tài)組進(jìn)行對(duì)照，由針對(duì)檢測(cè)出的基因多態(tài)組而得到的對(duì)于負(fù)相關(guān)性或正相關(guān)性的偏度，評(píng)價(jià)受試者對(duì)疾病危險(xiǎn)度的高低。
(M)根據(jù)(L)記載的動(dòng)脈硬化性疾病危險(xiǎn)度判定用陣列，與動(dòng)脈硬化性疾病具有負(fù)相關(guān)性的基因多態(tài)組是選自圖1～9的任意一個(gè)圖中記載的負(fù)的基因多態(tài)組中的至少1組，或選自圖38～43的任意一個(gè)圖中記載的負(fù)的基因多態(tài)組中的至少1組，且與動(dòng)脈硬化性疾病具有正相關(guān)性的基因多態(tài)或其組是選自圖19～27的任意一個(gè)記載的正的基因多態(tài)組中的至少1組，或選自圖48～51的任意一個(gè)記載的正的基因多態(tài)組中的至少1組。
(3)疾病危險(xiǎn)度的判定裝置、判定方法及判定程序本發(fā)明所述的疾病危險(xiǎn)度的判定裝置、判定方法及判定程序，可以進(jìn)行如下判定，即受試者在多大程度上容易罹患疾病、或在多大程度上疾病容易進(jìn)展(疾病危險(xiǎn)度)。在以下，以動(dòng)脈硬化性疾病為例進(jìn)行說(shuō)明，但本發(fā)明不限于此，可以適用于與基因具有相關(guān)性的疾病中。此時(shí)，根據(jù)疾病，使用該疾病的判定指標(biāo)(例如，如為動(dòng)脈硬化性疾病，則指標(biāo)為頸動(dòng)脈內(nèi)膜中膜復(fù)合體肥厚度，如為腎病，則指標(biāo)為尿中的白蛋白排泄率，如為心肌梗塞，則為有無(wú)心電圖上的陳舊性心肌梗塞波形或心肌梗塞的既往史)，可以評(píng)價(jià)后述的相關(guān)性。
(3-1)動(dòng)脈硬化性疾病的危險(xiǎn)度的判定裝置、判定方法及判定程序圖75是顯示含有本發(fā)明所述動(dòng)脈硬化性疾病危險(xiǎn)度的判定裝置(以下，記作判定裝置)的系統(tǒng)整體的模塊圖。如圖75所示，備有在醫(yī)院1設(shè)置的采血裝置11及計(jì)算機(jī)12、在分析部門2設(shè)置的基因多態(tài)解析用陣列21及計(jì)算機(jī)22、在提供服務(wù)的部門3設(shè)置的判定裝置31。在此，計(jì)算機(jī)11、21及判定裝置31與網(wǎng)絡(luò)等的通信線路41連接。
判定裝置31備有如下部件CPU32、存儲(chǔ)裝置33、硬盤等記錄部34、與外部進(jìn)行通信的接口(以下記作I/F)部35、鍵盤等的操作部36、CRT顯示器等的顯示部37、輸入輸出I/F部38、用于在各部件之間進(jìn)行數(shù)據(jù)交換的內(nèi)部總線39。在記錄部34中，與動(dòng)脈硬化性疾病相關(guān)的基因多態(tài)(例如圖10)或基因多態(tài)組(例如圖1)的信息作為參照表被記錄下來(lái)。
用判定裝置31來(lái)判定危險(xiǎn)度的處理在后面進(jìn)行詳述，在此，對(duì)系統(tǒng)整體的運(yùn)作的概要進(jìn)行說(shuō)明。首先，醫(yī)院1中通過(guò)采血裝置11采集受試者的血液(以下記作受試樣品)。此時(shí)，臨床數(shù)據(jù)(受試者ID、檢驗(yàn)值、病歷信息、采血信息等)被記錄于計(jì)算機(jī)12的記錄部。受試樣品提供給分析部門2，用基因多態(tài)解析用陣列21進(jìn)行分析，檢測(cè)出具有基因型的基因多態(tài)。在此，基因多態(tài)解析用陣列21，例如可以使用上述動(dòng)脈硬化性疾病危險(xiǎn)度判定陣列。檢測(cè)出的基因多態(tài)信息，暫時(shí)記錄在計(jì)算機(jī)22的記錄裝置上，其后通過(guò)通信線路4發(fā)送給提供服務(wù)部門3的判定裝置31。判定裝置31通過(guò)通信I/F部35接收基因多態(tài)信息，暫時(shí)記錄于記錄部34上。其后，判定裝置31對(duì)接收到的基因多態(tài)是否包含在預(yù)先記錄于記錄部34的參照表中進(jìn)行檢索，根據(jù)該結(jié)果對(duì)動(dòng)脈硬化性疾病的危險(xiǎn)度進(jìn)行判定。進(jìn)而，判定裝置31將判定結(jié)果通過(guò)通信線路4發(fā)送給醫(yī)院1的計(jì)算機(jī)12。對(duì)于用計(jì)算機(jī)12接收到的判定結(jié)果，使其與臨床數(shù)據(jù)(至少受試者ID)相關(guān)聯(lián)，記錄在計(jì)算機(jī)12的記錄部，適當(dāng)?shù)卣{(diào)出而被利用(例如向受試者出示)。特定發(fā)送判定結(jié)果的醫(yī)院1的計(jì)算機(jī)12的信息，可以由醫(yī)院1的計(jì)算機(jī)12發(fā)送含有臨床數(shù)據(jù)的信息。
圖76是顯示判定裝置31進(jìn)行判定處理的流程圖。以下，按照?qǐng)D76的流程圖，具體顯示用判定裝置31進(jìn)行的危險(xiǎn)度判定處理。另外，在以下，只要沒(méi)有特別的局限，以CPU32進(jìn)行處理來(lái)記述。另外，CPU32是將存儲(chǔ)裝置33作為工作區(qū)域或?qū)μ幚硗局械臄?shù)據(jù)暫時(shí)記憶的區(qū)域而使用，根據(jù)需要，將處理途中及處理結(jié)果的數(shù)據(jù)記錄在記錄部32上。
步驟S21中，從分析部門2經(jīng)由通信線路4，獲得基因多態(tài)信息，記錄于記錄部34。在此，基因多態(tài)信息是作為對(duì)每個(gè)具有基因型的基因多態(tài)賦予的基因多態(tài)編碼來(lái)進(jìn)行傳送，數(shù)據(jù)形式例如為使多個(gè)基因多態(tài)編碼Gi(i＝1～n)分別與對(duì)每個(gè)委托方的醫(yī)院賦予的醫(yī)院編碼及對(duì)每個(gè)受試者賦予的受試者ID的組相對(duì)應(yīng)的形式。
在步驟S22中，將與一個(gè)(醫(yī)院編碼、受試者ID)相關(guān)的多種基因多態(tài)編碼Gi(i＝1～n)從記錄部34中讀出，判斷基因多態(tài)編碼Gi是否包含于預(yù)先在記錄部34記錄的參照表中。例如，如果作為參照表設(shè)定為記錄有與圖1對(duì)應(yīng)的基因多態(tài)編碼的組，則從多種的基因多態(tài)編碼Gi(i＝1～n)中選擇2個(gè)或3個(gè)基因多態(tài)編碼Gi，判斷這些編碼的組是否包含于與圖1對(duì)應(yīng)的參照表中，如果包含在其中，則與該組對(duì)應(yīng)的第1標(biāo)記(フラグ)設(shè)定為“1”(標(biāo)記預(yù)先設(shè)定為0)。另外，如果該組包含于圖19所對(duì)應(yīng)的參照表中，則該組對(duì)應(yīng)的第2標(biāo)記設(shè)定為“1”。
在步驟S23中，判斷第1及第2標(biāo)記是否都是0。如果標(biāo)記都是0，即基因多態(tài)編碼的組在參照表中不存在，則進(jìn)入步驟S25，任何一個(gè)標(biāo)記設(shè)定為不為0的值，則進(jìn)入步驟S24。
在步驟S24中，根據(jù)步驟S22的處理結(jié)果確定危險(xiǎn)度。被確定的危險(xiǎn)度與{醫(yī)院編碼、受試者ID}相對(duì)應(yīng)記錄在記錄部34上。就該危險(xiǎn)度的確定而言，例如，求出值為“1”的第1標(biāo)記的數(shù)n1和值為“2”的第2標(biāo)記的數(shù)n2，按照表1確定危險(xiǎn)度。
即，具有正相關(guān)性的基因多態(tài)組的數(shù)n2比具有負(fù)相關(guān)性的基因多態(tài)組的數(shù)n1多(n2＞n1)的受試者(表1的Case1)，可以判定為與動(dòng)脈硬化性疾病具有高危險(xiǎn)度。另外，具有正的相關(guān)性的基因多態(tài)或其組(n2＞0)，而不具有負(fù)相關(guān)性的基因多態(tài)組(n1＝0)的受試者(Case2)，也可判定為高危險(xiǎn)度。另一方面，具有負(fù)的相關(guān)性的基因多態(tài)組的數(shù)n1比具有正的相關(guān)性的基因多態(tài)或其組的數(shù)n2多(n1＞n2)的受試者(Case3)，可判定為低危險(xiǎn)度。另外，存在具有負(fù)相關(guān)性的基因多態(tài)組(n1＞0)，而不存在具有正相關(guān)性的基因多態(tài)或其組(n2＝0)的受試者(Case4)，也可判定為低危險(xiǎn)度。
在步驟S25中，直到判斷完全部的{醫(yī)院編碼、受試者ID}為止，反復(fù)進(jìn)行步驟S22～S24的處理。
全部的{醫(yī)院編碼、受試者ID}的處理結(jié)束后，在步驟S26中，使確定的危險(xiǎn)度編碼(在上述判定例中，表示高危險(xiǎn)度或低危險(xiǎn)度的編碼)和受試者ID對(duì)應(yīng)，通過(guò)通信線路4發(fā)送給與醫(yī)院編碼對(duì)應(yīng)的計(jì)算機(jī)12。
通過(guò)以上處理，完成了利用判定裝置31的一連串的危險(xiǎn)度判定處理。另外，以上危險(xiǎn)度的判定處理，使用廣泛使用的計(jì)算機(jī)，讀出在硬盤、CD-ROM等的計(jì)算機(jī)可讀取的記錄載體上記錄的計(jì)算機(jī)程序，或者也可以通過(guò)通信線路獲得計(jì)算機(jī)程序，通過(guò)將其由CPU運(yùn)行而進(jìn)行。
另外，本發(fā)明的裝置，只要是可以實(shí)現(xiàn)上述判定功能，根據(jù)需要，可以將其他裝置適當(dāng)追加而進(jìn)行配置。
另外，在步驟S24中顯示的危險(xiǎn)度判定基準(zhǔn)，不限定于表1中，求出從受試者檢測(cè)出的基因多態(tài)的正相關(guān)性和負(fù)相關(guān)性的偏度，正相關(guān)性有意義的情況下，可以判定為動(dòng)脈硬化性疾病的危險(xiǎn)度高(或發(fā)病)，負(fù)相關(guān)性有意義的情況下，可以判定為動(dòng)脈硬化性疾病的危險(xiǎn)度低(或不發(fā)病)。另外，偏度不限定于該組在正/負(fù)的參照表中所含有的數(shù)目的差，可以使用與含有的組相應(yīng)的權(quán)重，或與含有的各種基因多態(tài)相應(yīng)的權(quán)重而算出的值，以及考慮臨床數(shù)據(jù)而算出的值等各種值。
動(dòng)脈硬化性疾病危險(xiǎn)度的判定中使用的參照表，可以使用圖1～36、圖38～圖55的任意一個(gè)對(duì)應(yīng)的表，如上所述，本發(fā)明所述的疾病危險(xiǎn)度的判定裝置、判定方法及判定程序的適用對(duì)象不限定于動(dòng)脈硬化性疾病。心肌梗塞危險(xiǎn)度的判定中使用的參照表，可以使用圖56～圖73的任意一個(gè)對(duì)應(yīng)的表。
另外，在上述中，提供服務(wù)的部門的判定裝置，是對(duì)從分析部門獲得的受試者的基因多態(tài)信息作為判定的對(duì)象的情況來(lái)說(shuō)明的，但不限于此?？梢詫⑦^(guò)去被解析的個(gè)人的基因多態(tài)信息記錄在任意的記錄裝置(例如賦予每個(gè)人的IC卡、存儲(chǔ)卡等攜帶式的記錄裝置)，由此讀出基因多態(tài)信息，進(jìn)行疾病危險(xiǎn)度的判定處理。由于生物體的基因信息不發(fā)生變化，一旦記錄下被解析基因多態(tài)的信息，即使是參照表或危險(xiǎn)度的判定基準(zhǔn)發(fā)生變更、提高判定精度時(shí)，無(wú)須為了再次解析基因而采血等，減輕了受試者的負(fù)擔(dān)。
另外，將由分析部門獲得的個(gè)人的基因多態(tài)信息，與個(gè)人ID相對(duì)應(yīng)地記錄在提供服務(wù)的部門的數(shù)據(jù)庫(kù)中，如果將個(gè)人ID告知各人，只要通過(guò)個(gè)人ID的聯(lián)絡(luò)，就可以使用數(shù)據(jù)庫(kù)中記錄下的對(duì)應(yīng)的基因多態(tài)，再次進(jìn)行危險(xiǎn)度的判定。
另外，如上述疾病危險(xiǎn)度判定用基因多態(tài)確定方法的說(shuō)明中所記載的，可以通過(guò)將基因多態(tài)信息本身作為ID來(lái)使用，而不使用個(gè)人ID，來(lái)利用新獲得的被解析數(shù)據(jù)(例如，動(dòng)脈硬化性疾病的IMT的測(cè)定值)以及過(guò)去的被解析數(shù)據(jù)。因此，可以追蹤危險(xiǎn)度判定精度的病史，可以進(jìn)行考慮到病史的危險(xiǎn)度的判定。在此，被解析數(shù)據(jù)中可以附加疾病指標(biāo)值之外的各種臨床數(shù)據(jù)等。
(3-2)動(dòng)脈硬化性疾病危險(xiǎn)度的判定方法以下，就動(dòng)脈硬化性疾病的危險(xiǎn)度判定方法進(jìn)行更詳細(xì)說(shuō)明。
本發(fā)明的動(dòng)脈硬化性疾病的危險(xiǎn)度判定方法，可以用于判定動(dòng)脈硬化性疾病的罹患容易程度及進(jìn)展容易程度。優(yōu)選的是，可以用于對(duì)糖尿病患者或有其傾向的患者(糖尿病臨界型)進(jìn)行動(dòng)脈硬化型疾病的危險(xiǎn)度(罹患容易程度、進(jìn)展容易程度等)的判定。
本發(fā)明所述的動(dòng)脈硬化性疾病的危險(xiǎn)度判定方法，其特征為，具有如下工序(b)將受試樣品檢測(cè)出的基因多態(tài)與跟成為動(dòng)脈硬化性疾病的判定指標(biāo)的“頸動(dòng)脈內(nèi)膜中膜復(fù)合體肥厚度(IMT)”具有負(fù)相關(guān)性的基因多態(tài)組進(jìn)行對(duì)照。在此，與IMT具有負(fù)相關(guān)性的基因多態(tài)組，可以優(yōu)選舉出選自圖1～9中任意一個(gè)圖中記載的負(fù)的基因多態(tài)組中的至少一個(gè)組，或者選自圖38～43中任意一個(gè)圖中記載的負(fù)的基因多態(tài)組中的至少一個(gè)組。
在本發(fā)明的判定方法中，包含組合實(shí)施如下工序的方法與對(duì)動(dòng)脈硬化性疾病的判定指標(biāo)具有負(fù)相關(guān)性的基因多態(tài)組進(jìn)行對(duì)照的工序、與對(duì)動(dòng)脈硬化性疾病的判定指標(biāo)具有正相關(guān)性的基因多態(tài)組進(jìn)行對(duì)照的工序。即在上述(b)工序的基礎(chǔ)上還具有(b’)工序和(c)工序的判定方法，所述(b’)工序?yàn)?，將受試樣品檢測(cè)出的基因多態(tài)與跟IMT具有正相關(guān)性的基因多態(tài)組進(jìn)行對(duì)照的工序；所述(c)工序?yàn)?，由上?b)和(b’)的結(jié)果，就檢測(cè)出的基因多態(tài)，對(duì)比負(fù)的相關(guān)性和正的相關(guān)性，計(jì)算出其偏度的工序。在此，與IMT具有正相關(guān)性的基因多態(tài)組，可以優(yōu)選舉出選自圖19～27的任意一個(gè)圖中記載的正基因多態(tài)組中至少1個(gè)基因多態(tài)或基因多態(tài)組，以及選自圖48～51的任意一個(gè)圖中記載的正基因多態(tài)組中的至少1個(gè)基因多態(tài)組。
另外，本發(fā)明的判定方法，在上述工序(b)或(b’)之前可以具有(a)在受試樣品中檢測(cè)出基因多態(tài)的工序。所述檢測(cè)工序(a)可以是將從圖37中記載的99個(gè)基因多態(tài)中選出的2個(gè)或3個(gè)或更多個(gè)的基因多態(tài)作為對(duì)象的檢測(cè)工序。
檢測(cè)工序(a)可以具有檢測(cè)出如下內(nèi)容的工序在圖10～18的任意一個(gè)圖中記載的、構(gòu)成負(fù)的基因多態(tài)組的基因多態(tài)的存在，以及在圖28～37的任意一個(gè)圖中記載的、構(gòu)成正的基因多態(tài)組的基因多態(tài)的存在。具體而言，可以檢測(cè)出如下基因多態(tài)的存在的工序圖10及圖19記載的基因多態(tài)，圖11及圖20記載的基因多態(tài)，圖12及圖21記載的基因多態(tài)，圖13及圖22記載的基因多態(tài)，圖14及圖23記載的基因多態(tài)，圖15及圖24記載的基因多態(tài)，圖16及圖25記載的基因多態(tài)，圖17及圖26記載的基因多態(tài)，或圖18及圖27記載的基因多態(tài)。
另外，檢測(cè)工序(a)也可以為檢測(cè)出如下基因多態(tài)的存在的工序在圖38～43的任意一個(gè)圖中記載的、構(gòu)成負(fù)的基因多態(tài)組的基因多態(tài)，以及在圖48～51的任意一個(gè)圖中記載的、構(gòu)成正的基因多態(tài)組的基因多態(tài)。具體而言，可以檢測(cè)出如下基因多態(tài)的存在的工序圖38及圖48記載的基因多態(tài)，圖39及圖49記載的基因多態(tài)，圖40及圖50記載的基因多態(tài)，圖41及圖51記載的基因多態(tài)，圖42及圖51記載的基因多態(tài)，或圖43及圖51記載的基因多態(tài)。
檢測(cè)工序(a)通過(guò)利用上述本發(fā)明的動(dòng)脈硬化性疾病危險(xiǎn)度判定用陣列，可以高精度地實(shí)現(xiàn)。即檢測(cè)工序(a)可以是如下工序在本發(fā)明的疾病判定用陣列上，將由受試樣品調(diào)制的探針和陣列上的基因多態(tài)檢出用探針進(jìn)行雜交，檢測(cè)出基因多態(tài)的工序。
在上述檢測(cè)工序(a)中，只要是檢測(cè)出受試者基因多態(tài)的方法，可以使用任何方法。作為一般的方法，使用含有受試者的血液、痰、皮膚、支氣管肺泡洗凈液、其他的體液、或組織等、DNA的物質(zhì)作為受試樣品。作為解析方法已知有多種方法，可以例示如測(cè)序法、PCR法、ASP-PCR法、TaqMan法、侵入檢測(cè)技術(shù)、MALDI-TOF/MS法、分子燈塔法、連結(jié)法等(Clin.Chem.431114-1120，1997)。測(cè)序法是指對(duì)含有基因多態(tài)的DNA區(qū)域直接進(jìn)行測(cè)序的方法。在PCR法中，用與基因多態(tài)特異性的引物，只特異性地?cái)U(kuò)增某種基因多態(tài)。在PCR法中，一般是在最靠近3’端配置具有基因多態(tài)的核酸，而如Allele Specific Primer(ASP)-PCR法那樣，配置從3’末端開(kāi)始的第二個(gè)堿基位置上具有基因多態(tài)的引物的方法等，將基因多態(tài)置于引物的什么區(qū)域上，或在檢測(cè)出的基因之外加入什么樣的核酸序列等的引物設(shè)計(jì)方面，只要可以識(shí)別基因多態(tài)，就沒(méi)有特別的限制。在TaqMan法中用經(jīng)熒光色素和消光物質(zhì)而在兩端標(biāo)記的等位基因特異性的探針與目的部位進(jìn)行雜交，用使得含有該部位的區(qū)域擴(kuò)增而設(shè)計(jì)的引物進(jìn)行PCR反應(yīng)。從引物開(kāi)始的PCR反應(yīng)，當(dāng)?shù)竭_(dá)該等位基因特異性的探針進(jìn)行雜交的區(qū)域時(shí)，通過(guò)Taq聚合酶的5’核酸酶的活性將存在于經(jīng)雜交的探針5’末端的熒光色素切斷，與消光物質(zhì)脫離開(kāi)而產(chǎn)生熒光。通過(guò)該方法，可以知道等位基因特異性的探針在何種程度上雜交了。在侵入檢測(cè)技術(shù)中，使用3種寡核苷酸與TaqMan法同樣原理地可以確定何種等位基因探針進(jìn)行了雜交，所述3種寡核苷酸為具有從模板的基因多態(tài)部位開(kāi)始的5’端的特異性序列、3’端具有撲翼(フラツプ)序列的等位基因探針，和具有從模板的基因多態(tài)部位開(kāi)始的3’端的特異性序列的侵入探針，以及含有與撲翼序列互補(bǔ)的序列的FRET探針。在MALDI-TOF/MS法中，制作與基因多態(tài)部位鄰接的引物，使該區(qū)域擴(kuò)增后，只對(duì)基因多態(tài)部位的1個(gè)堿基用ddNTP進(jìn)行擴(kuò)增。接著，使用MALDI-TOF/MS，通過(guò)識(shí)別附加的ddNTP的種類來(lái)鑒定基因多態(tài)。Hybrigene法等的總稱為DNA芯片法的方法中，在陣列上配置含有基因多態(tài)的寡核苷酸探針，檢測(cè)出與用PCR擴(kuò)增的樣品DNA的雜交。
在本發(fā)明的判定方法中，動(dòng)脈硬化性疾病危險(xiǎn)度的判定，例如可以如以下進(jìn)行。


例如，將受試樣品檢測(cè)出的基因多態(tài)，與跟作為動(dòng)脈硬化性疾病的判定指標(biāo)的IMT具有負(fù)相關(guān)性的基因多態(tài)組及具有正相關(guān)性的基因多態(tài)組進(jìn)行對(duì)照時(shí)，具有正相關(guān)性的基因多態(tài)組的總數(shù)比具有負(fù)相關(guān)性的基因多態(tài)組的總數(shù)多的受試者(Case1)判定為動(dòng)脈硬化性疾病的高危險(xiǎn)度例。另外，存在具有正相關(guān)性的基因多態(tài)組，而不存在具有負(fù)相關(guān)性的基因多態(tài)組的受試者(Case2)也判定為動(dòng)脈硬化性疾病的高危險(xiǎn)度例。另一方面，具有負(fù)相關(guān)性的基因多態(tài)組的總數(shù)比具有正相關(guān)性的基因多態(tài)組的總數(shù)少的受試者(Case3)，被判定為動(dòng)脈硬化性疾病的低危險(xiǎn)度例。另外，存在具有負(fù)相關(guān)性的基因多態(tài)組，而不存在具有正相關(guān)性的基因多態(tài)組的受試者(Case4)，也被判定為動(dòng)脈硬化性疾病的低危險(xiǎn)度例。
即，求出由受試者檢測(cè)出的基因多態(tài)的正相關(guān)性(易感性)和負(fù)相關(guān)性(抵抗性)的偏度，當(dāng)正相關(guān)性高的情況下，可以判定為動(dòng)脈硬化性疾病的危險(xiǎn)度高(或發(fā)病)；當(dāng)負(fù)相關(guān)性高的情況下，可以判定為動(dòng)脈硬化性疾病的危險(xiǎn)度低(或不發(fā)病)。
通過(guò)利用本發(fā)明的判定方法，可以高精度地得到關(guān)于動(dòng)脈硬化性疾病的危險(xiǎn)度。
例如，就受試者檢測(cè)出的基因多態(tài)為基礎(chǔ)，將該受試者判斷為動(dòng)脈硬化性疾病的低危險(xiǎn)度例或者動(dòng)脈硬化性疾病的高危險(xiǎn)度例時(shí)，只要由受試者的臨床表現(xiàn)來(lái)判斷非動(dòng)脈硬化性病例或者動(dòng)脈硬化性病例(判斷結(jié)果相一致)的比率為60％或更多，優(yōu)選65％或更多，更優(yōu)選70％或更多；而不一致的比率為45％或更少，優(yōu)選40％或更少，更優(yōu)選為能得到45％或更少的結(jié)果，就可以評(píng)價(jià)為高精度的判定結(jié)果。作為臨床表現(xiàn)，例如此時(shí)的臨床表現(xiàn)可以例示如受試者的頸動(dòng)脈內(nèi)膜中膜復(fù)合體肥厚度(IMT)不足1.1mm為非動(dòng)脈硬化病例，IMT為1.1mm或更大時(shí)為患動(dòng)脈硬化病例的方法。另外，作為其他方法，還可使用在重回歸分析中的頸動(dòng)脈內(nèi)膜中膜復(fù)合體的平均肥厚度的增加(△IMT)為0.2mm或更多時(shí)，或重回歸分析中的頸動(dòng)脈內(nèi)膜中膜復(fù)合體的最大肥厚度的增加(△PIMT)為0.3mm或更多時(shí)，視作患動(dòng)脈硬化病例，其他的情況視作非動(dòng)脈硬化病例的方法。
動(dòng)脈硬化病例及非動(dòng)脈硬化病例的集團(tuán)，都優(yōu)選設(shè)定為糖尿病且無(wú)心肌梗塞病史的病例的集團(tuán)。另外，由受試者檢測(cè)出的基因多態(tài)，從效率性等的角度看，優(yōu)選具有2個(gè)或3個(gè)基因多態(tài)的組合。
本發(fā)明的動(dòng)脈硬化性疾病危險(xiǎn)度的判定方法，可以進(jìn)一步具有(d)工序?qū)⒐ば?c)得到的偏度，進(jìn)一步加權(quán)，確定偏度的程度(即，危險(xiǎn)度的程度)。
在此，作為加權(quán)中使用的因子，例如，可以舉出與疾病(或其程度)密切相關(guān)的臨床表現(xiàn)(作為疾病判定指標(biāo)而使用的現(xiàn)象)。在加權(quán)時(shí)，優(yōu)選將基因多態(tài)與上述因子的關(guān)系預(yù)先進(jìn)行解析，設(shè)定好相關(guān)性及其程度。優(yōu)選為，可以舉出將基因多態(tài)或基因多態(tài)組，與跟疾病(或其程度)密切相關(guān)的臨床表現(xiàn)之間具有有意義的正或負(fù)的相關(guān)性的頻度設(shè)定為可能比的方法，將是否具有有意義的正或負(fù)的相關(guān)性設(shè)定為1或0的方法，等。
例如，為動(dòng)脈硬化性疾病的情況下，作為密切相關(guān)的臨床表現(xiàn)，可以舉出頸動(dòng)脈的硬化度。而作為顯示頸動(dòng)脈硬化度的指標(biāo)，例如可以舉出頸動(dòng)脈的肥厚度。作為所述的頸動(dòng)脈的肥厚度的測(cè)量方法，沒(méi)有特別的限定，一般用超聲波斷層裝置來(lái)測(cè)定頸動(dòng)脈內(nèi)膜中膜復(fù)合體的肥厚度(IMT)。該方法是對(duì)超聲波可以到達(dá)的頸動(dòng)脈的肥厚度進(jìn)行測(cè)量的無(wú)侵害且定量的測(cè)量方法。上述超聲波斷層裝置優(yōu)選使用具有7.5MHz或更高的中心頻率的線型脈沖反射探頭的裝置。由于顱外頸動(dòng)脈存在于皮下淺層，可以使用7.5MHz或更高的頻率的裝置，而得到高的分辨度(分辨距離0.1mm)。這是一個(gè)例子。
血管壁在回聲圖像上被解析為血管腔內(nèi)側(cè)的1層低回聲輝度部分和其外的高回聲輝度層的2層構(gòu)造。本發(fā)明人等通過(guò)觀察104例健康例，確認(rèn)了頸總動(dòng)脈的IMT隨著從10幾歲到70幾歲的年齡的增加幾乎為直線地增加，其肥厚度不超過(guò)1.0mm。健康人的頸總動(dòng)脈IMT隨著年齡可以按下式計(jì)算IMT＝0.06×年齡+0.3(3＜年齡＜80歲)。
作為上述頸動(dòng)脈內(nèi)膜中膜復(fù)合體肥厚度(IMT)之外的顯示頸動(dòng)脈硬化度的指標(biāo)，有表示IMT最大值的最大IMT(Max-IMT)、表示IMT的平均值的平均IMT(AvgIMT)、斑塊指數(shù)(PS)、頸動(dòng)脈硬度等，就這些各種指標(biāo)而言，已經(jīng)確立了各種的測(cè)量方法。前斜位、側(cè)面、后斜位的各縱斷面的圖像中最大的內(nèi)膜中膜肥厚度設(shè)為Max-IMT，以顯示該Max-IMT的部位為中心，將近心側(cè)1cm和遠(yuǎn)心側(cè)1cm共計(jì)3點(diǎn)的平均值作為AvgIMT的方法；與從左右頸總動(dòng)脈(common carotidCC)開(kāi)始的頸動(dòng)脈分支部、內(nèi)頸動(dòng)脈(internal carotidIC)的3個(gè)縱斷面的皮膚對(duì)應(yīng)的近位壁(near wall)及遠(yuǎn)位壁(far wall)的合計(jì)12個(gè)肥厚度中，將最大值作為AvgIMT的方法；另外，將左右的肥厚度的平均值作為AvgIMT的方法。進(jìn)而，在遠(yuǎn)位壁的一定區(qū)域內(nèi)的平均肥厚度作為mean IMT的方法。另外，也有將由一側(cè)的頸動(dòng)脈的分支部向近心側(cè)10mm的遠(yuǎn)位壁的肥厚度作為指標(biāo)的。
斑塊指數(shù)(PS)是指以分支部為基準(zhǔn)，每15mm將頸動(dòng)脈分成4個(gè)區(qū)域，在各個(gè)部分的1.1mm或更大的斑塊厚度的左右兩側(cè)頸動(dòng)脈的總和。另外，也有將上述3～4個(gè)區(qū)域的各部分的斑塊(IMT在1.1cm或更高)的數(shù)的總和稱作斑塊數(shù)(PN)的情況。
頸動(dòng)脈硬度是從收縮期和擴(kuò)張期的直徑計(jì)算而得的數(shù)值。由一側(cè)的頸動(dòng)脈的分支部向近心側(cè)10mm的遠(yuǎn)位壁的肥厚度作為指標(biāo)的方法，測(cè)定簡(jiǎn)便，頸總動(dòng)脈上的病變少因而其測(cè)定誤差也少。IMT是顯示頸動(dòng)脈的最大病變的指標(biāo)。PS可以顯示動(dòng)脈硬化進(jìn)展的頸動(dòng)脈整體的圖像，而非進(jìn)展的病例(肥厚度不足1.1mm)，結(jié)果為0不利于研究，因而根據(jù)測(cè)定對(duì)象及疾病的不同，優(yōu)選的指標(biāo)也是不同的。在伴有糖尿病及高脂血癥的情況下，頸動(dòng)脈壁多為比較均勻地肥厚，AvgIMT及mean IMT成為重要的指標(biāo)，而伴有高血壓的情況下，多可識(shí)別出斑塊，PS、PN及MaxIMT就成為有效的指標(biāo)。
作為與動(dòng)脈硬化性疾病密切相關(guān)的臨床表現(xiàn)，可以舉出頸動(dòng)脈內(nèi)膜中膜復(fù)合體肥厚度的增加量。作為頸動(dòng)脈內(nèi)膜中膜復(fù)合體肥厚度的增加量，可以使用平均IMT的增加(△IMT)及最大IMT的增加(△PIMT)等作為指標(biāo)。其中△IMT作為表示綜合的動(dòng)脈硬化性疾病的危險(xiǎn)度的指標(biāo)而特別優(yōu)選。關(guān)于頸動(dòng)脈內(nèi)膜中膜復(fù)合體肥厚度的增加量和動(dòng)脈硬化性疾病的相關(guān)性，有很多的報(bào)告，特別是就△IMT而言，△IMT每增加0.339mm，心肌梗塞的可能比就為4.9倍(Yamasaki.Diabetes Care 2000(9))。因而，△IMT成為與動(dòng)脈硬化性疾病密切相關(guān)的臨床表現(xiàn)，使用其的方法，可以非常有效地判定動(dòng)脈硬化性疾病的危險(xiǎn)度。頸動(dòng)脈內(nèi)膜中膜復(fù)合體肥厚度的增加量可以直接地用來(lái)評(píng)價(jià)動(dòng)脈硬化性疾病的危險(xiǎn)度，但也可以由頸動(dòng)脈內(nèi)膜中膜復(fù)合體肥厚度的增加量，使用適當(dāng)?shù)膮?shù)來(lái)進(jìn)行上述評(píng)價(jià)。
頸動(dòng)脈內(nèi)膜中膜復(fù)合體肥厚度的增加量(△IMT和△PIMT等)，可以通過(guò)由集團(tuán)測(cè)定的IMT值或PIMT值進(jìn)行重回歸分析的方法計(jì)算而得的偏回歸系數(shù)來(lái)進(jìn)行表示。
另外，本發(fā)明的動(dòng)脈硬化性疾病的危險(xiǎn)度判定方法，可以進(jìn)一步含有危險(xiǎn)度確定工序，該工序由受試者的臨床表現(xiàn)及與疾病密切相關(guān)的環(huán)境因素來(lái)確定動(dòng)脈硬化危險(xiǎn)度。
只通過(guò)受試者的臨床表現(xiàn)，雖然可以知曉測(cè)定時(shí)的受試者的動(dòng)脈硬化性疾病的狀態(tài)，還能從臨床表現(xiàn)及環(huán)境因素來(lái)預(yù)測(cè)發(fā)病的危險(xiǎn)性，但通過(guò)與上述本發(fā)明的方法相組合，可以一邊確認(rèn)受試者的現(xiàn)狀，一邊根據(jù)受試者所固有的動(dòng)脈硬化性疾病的危險(xiǎn)度來(lái)預(yù)測(cè)將來(lái)發(fā)病的危險(xiǎn)性及進(jìn)展的容易程度。特別是，對(duì)在測(cè)定時(shí)肥厚還沒(méi)有進(jìn)展的年輕的受試對(duì)象而言，如果可以預(yù)測(cè)將來(lái)的危險(xiǎn)度，在危險(xiǎn)度高的情況下可以進(jìn)行改善生活習(xí)慣等的預(yù)防，來(lái)防止動(dòng)脈硬化性疾病的發(fā)病。
作為與動(dòng)脈硬化性疾病相關(guān)的環(huán)境因素，報(bào)告有年齡、性別、高血壓、肥胖、吸煙史、血紅蛋白Alc值、糖尿病及高脂血癥的病史及病程等。
Vitelli等的動(dòng)脈硬化危險(xiǎn)度調(diào)查(ARIC Study)中，將具有頸動(dòng)脈肥厚的208例(平均IMT為1.21mm)非糖尿病人群和不具有肥厚的208例(平均IMT為0.63mm)非糖尿病人群進(jìn)行比較，報(bào)告有這樣的推算結(jié)果血紅蛋白Alc值增加1％，患動(dòng)脈硬化的危險(xiǎn)性提高1.77倍(Vitelli LL.Diabetes Care 1997；201454-8)。吸煙是動(dòng)脈硬化的危險(xiǎn)因素，在以居民為對(duì)象的動(dòng)脈硬化危險(xiǎn)度調(diào)查(ARIC Study)中，吸煙史與IMT顯示有很強(qiáng)的相關(guān)性，在糖尿病或高血壓患者中表明，吸煙成為很強(qiáng)的促進(jìn)因素(Howard G，JAMA 1998；279119-24)。Sutton-Tyrrell等檢索了同年代的閉經(jīng)前和閉經(jīng)后的IMT和斑塊病變，閉經(jīng)者平均IMT為0.69→0.77mm，出現(xiàn)斑塊的女性有意義地增加到25→54％，因而報(bào)告認(rèn)為閉經(jīng)促進(jìn)女性的動(dòng)脈硬化(Sutton-Tyrrell K，Stroke 1998；291116-21)作為動(dòng)脈硬化的原因，還考慮與各種感染癥有關(guān)。Nieto等在動(dòng)脈硬化危險(xiǎn)度調(diào)查(ARIC Study)中抽取IMT進(jìn)展組和非進(jìn)展組，檢測(cè)巨細(xì)胞病毒的抗體效價(jià)，結(jié)果抗體效價(jià)為20或更高的病例相對(duì)于抗體效價(jià)不足4的組的可能比有意義地增高到5.3，預(yù)示出巨細(xì)胞病毒可能作為動(dòng)脈硬化的進(jìn)展因素(Nieto Fj，Circulation 1996；94922-7)本發(fā)明人等過(guò)去曾將1型糖尿病、2型糖尿病、臨界型糖尿病的IMT作為從屬變量進(jìn)行重回歸分析，報(bào)告了如下結(jié)果在1型糖尿病(不足30歲)中，年齡、糖尿病病程、血紅蛋白Alc值是獨(dú)立的危險(xiǎn)因素；2型糖尿病患者(30歲或更大)中，年齡、血紅蛋白Alc值、nonHDL膽固醇、收縮壓、吸煙史為獨(dú)立的危險(xiǎn)因素；在臨界型糖尿病人中，除了年齡增加之外收縮壓、吸煙為危險(xiǎn)因素(Yamasaki Y，Diabetes 1994；43634-639)。
在上述環(huán)境因素中特別重要的是年齡、性別、糖尿病病程、及血紅蛋白Alc值。
本發(fā)明的動(dòng)脈硬化性疾病的危險(xiǎn)度判定方法，是基于下述見(jiàn)解的產(chǎn)物即使存在提供疾病危險(xiǎn)度的基因多態(tài)，由于存在提供疾病抵抗性的基因多態(tài)而使其危險(xiǎn)度抵消，并且，即使在單一的基因多態(tài)不提供疾病抵抗性時(shí)，通過(guò)組合存在多種基因多態(tài)，也可提供疾病抵抗性。因而，本發(fā)明的方法具有如下特征在疾病的危險(xiǎn)判定中，將基因多態(tài)以組合物(組)的方式來(lái)作為提供動(dòng)脈硬化性疾病危險(xiǎn)度抵抗性的因素，然后將該抵抗因素和易感因素進(jìn)行組合來(lái)判定疾病的發(fā)病危險(xiǎn)度。由此可以高精度地判定。特別是，本方面的動(dòng)脈硬化性疾病的危險(xiǎn)度判定方法，作為疾病判定指標(biāo)，采用頸動(dòng)脈內(nèi)膜中膜復(fù)合體肥厚度的指標(biāo)，該指標(biāo)無(wú)論是健康人還是患者都同樣可以進(jìn)行定量測(cè)定，仔細(xì)考察該指標(biāo)與基因多態(tài)的關(guān)系，通過(guò)將基因多態(tài)組與肥厚度的正及負(fù)的關(guān)系進(jìn)行恰當(dāng)?shù)闹笜?biāo)化，來(lái)實(shí)現(xiàn)更高精度的判定方法。
(3-3)心肌梗塞的危險(xiǎn)度判定方法本發(fā)明的心肌梗塞的危險(xiǎn)度判定方法，可以用于判定心肌梗塞的罹患容易程度及進(jìn)展容易程度。優(yōu)選的是，可以用于對(duì)糖尿病患者或有其傾向的患者(臨界型糖尿病)進(jìn)行心肌梗塞的危險(xiǎn)度(罹患容易程度、進(jìn)展容易程度等)的判定。
本發(fā)明所述的心肌梗塞的危險(xiǎn)度判定方法，其特征為具有如下工序(b)將受試樣品檢測(cè)出的基因多態(tài)與跟成為心肌梗塞的判定指標(biāo)具有負(fù)相關(guān)性的基因多態(tài)組進(jìn)行對(duì)照。作為心肌梗塞的判定指標(biāo)，如前所述，可以舉出心電圖上有無(wú)陳舊性心肌梗塞的波形，及心肌梗塞的病史。作為與心肌梗塞的判定指標(biāo)具有負(fù)相關(guān)性的基因多態(tài)組，可以優(yōu)選舉出選自圖56～58中任意一個(gè)圖中記載的負(fù)的基因多態(tài)組中的至少一個(gè)組。
在本發(fā)明的判定方法中，包含組合實(shí)施如下工序的方法與對(duì)心肌梗塞的判定指標(biāo)具有負(fù)相關(guān)性的基因多態(tài)組進(jìn)行對(duì)照的工序、與對(duì)心肌梗塞的判定指標(biāo)具有正相關(guān)性的基因多態(tài)組進(jìn)行對(duì)照的工序。即在上述(b)工序的基礎(chǔ)上還具有(b’)工序和(c)工序的方法，所述(b’)工序?yàn)椋瑢⑹茉嚇悠窓z測(cè)出的基因多態(tài)與跟心肌梗塞具有正相關(guān)性的基因多態(tài)組進(jìn)行對(duì)照的工序；所述(c)工序?yàn)?，由上?b)和(b’)的結(jié)果，就檢測(cè)出的基因多態(tài)，對(duì)比負(fù)相關(guān)性和正相關(guān)性，計(jì)算出其偏度的工序。在此，與心肌梗塞的判定指標(biāo)具有正相關(guān)性的基因多態(tài)組，可以優(yōu)選舉出選自圖63～69的任意一個(gè)圖中記載的正基因多態(tài)組中的至少1個(gè)基因多態(tài)組。
另外，本發(fā)明的判定方法，與動(dòng)脈硬化性疾病的危險(xiǎn)度判定方法相同，在上述工序(b)或(b’)之前可以具有(a)在受試樣品中檢測(cè)出基因多態(tài)的工序。所述檢測(cè)工序(a)可以是將從圖37中記載的99個(gè)基因多態(tài)中選出的2個(gè)或3個(gè)或更多個(gè)的基因多態(tài)作為對(duì)象的檢測(cè)工序。所述檢測(cè)工序(a)可以具有檢測(cè)出如下內(nèi)容的工序在圖58～62的任意一個(gè)圖中記載的、構(gòu)成負(fù)的基因多態(tài)組的基因多態(tài)的存在，以及在圖70～73的任意一個(gè)圖中記載的、構(gòu)成正的基因多態(tài)組的基因多態(tài)的存在。具體而言，可以檢測(cè)出如下基因多態(tài)的存在的工序圖59及圖70記載的基因多態(tài)，圖60及圖71記載的基因多態(tài)，圖61及圖72記載的基因多態(tài)，或者，圖62及圖73記載的基因多態(tài)。
檢測(cè)工序(a)通過(guò)利用上述本發(fā)明的心肌梗塞危險(xiǎn)度判定用陣列，可以高精度地實(shí)施。即檢測(cè)工序(a)可以是如下工序在本發(fā)明的疾病判定用陣列上，將由受試樣品調(diào)制的探針和陣列上的基因多態(tài)檢測(cè)用探針進(jìn)行雜交，檢測(cè)出基因多態(tài)。
本發(fā)明的心肌梗塞危險(xiǎn)度判定方法，與上述動(dòng)脈硬化性疾病危險(xiǎn)度判定方法相同，可以進(jìn)一步具有(d)工序?qū)⒐ば?c)得到的偏度進(jìn)一步加權(quán)，確定偏度的程度(即，危險(xiǎn)度的程度)；也可以進(jìn)一步含有這樣的工序由受試者的臨床表現(xiàn)及與疾病密切相關(guān)的環(huán)境因素來(lái)確定心肌梗塞危險(xiǎn)度的危險(xiǎn)度確定工序。
本發(fā)明的心肌梗塞危險(xiǎn)度判定方法，可以與上述動(dòng)脈硬化性疾病危險(xiǎn)度判定方法相同地實(shí)施，通過(guò)利用所述的方法，可以高精度地得到心肌梗塞危險(xiǎn)度的判定結(jié)果。
本發(fā)明的判定方法包括以下的方式(A)具有下述工序的疾病危險(xiǎn)度的判定方法(b)將受試樣品檢測(cè)出的基因多態(tài)，與跟疾病判定指標(biāo)具有負(fù)相關(guān)性的基因多態(tài)或具有負(fù)相關(guān)性的基因多態(tài)組進(jìn)行對(duì)照的工序。
(B)進(jìn)一步具有下述工序的(A)中記載的疾病危險(xiǎn)度的判定方法(b’)與跟疾病判定指標(biāo)具有正相關(guān)性的基因多態(tài)或具有正相關(guān)性的基因多態(tài)組進(jìn)行對(duì)照的工序，和(c)由(b’)的結(jié)果，就檢測(cè)出的基因多態(tài)組，對(duì)比負(fù)相關(guān)性和正相關(guān)性，計(jì)算出其偏度的工序。
(C)進(jìn)一步具有下述工序的(B)中記載的疾病危險(xiǎn)度的判定方法(d)由所得到的偏度來(lái)評(píng)價(jià)疾病危險(xiǎn)度的工序。
(D)如(A)～(D)的任何一項(xiàng)記載的疾病危險(xiǎn)度的判定方法，其對(duì)象疾病為動(dòng)脈硬化性疾病，作為具有與疾病判定指標(biāo)為負(fù)相關(guān)性的基因多態(tài)組，使用選自圖1～9的任何一項(xiàng)所記載的負(fù)的基因多態(tài)組中的至少一個(gè)組，或選自圖38～43的任何一項(xiàng)所記載的負(fù)的基因多態(tài)組中的至少一個(gè)組。
(E)如(B)～(D)的任何一項(xiàng)記載的動(dòng)脈硬化性疾病危險(xiǎn)度的判定方法，其對(duì)象疾病為動(dòng)脈硬化性疾病，(1)與疾病判定指標(biāo)具有負(fù)相關(guān)性的基因多態(tài)組為選自圖1～9的任何一項(xiàng)所記載的負(fù)的基因多態(tài)組中的至少一個(gè)組，而且，與疾病判定指標(biāo)具有正相關(guān)性的基因多態(tài)或具有正相關(guān)性的基因多態(tài)組為選自圖19～27的任何一項(xiàng)所記載的正的基因多態(tài)組中的至少一個(gè)基因多態(tài)組，或(2)與疾病判定指標(biāo)具有負(fù)相關(guān)性的基因多態(tài)組為選自圖38～43的任何一項(xiàng)所記載的負(fù)的基因多態(tài)組中的至少一個(gè)組，而且，與疾病判定指標(biāo)具有正相關(guān)性的基因多態(tài)或具有正相關(guān)性的基因多態(tài)組為選自圖48～51的任何一項(xiàng)所記載的正的基因多態(tài)組中的至少一個(gè)基因多態(tài)組。
(F)如(A)～(E)的任何一項(xiàng)記載的疾病危險(xiǎn)度的判定方法，其中，在工序(b)或(b’)之前具有(a)工序在受試樣品中檢測(cè)出基因多態(tài)。
(G)如(F)記載的疾病危險(xiǎn)度的判定方法，其中，檢測(cè)工序(a)，是將從圖37中記載的99個(gè)基因多態(tài)中選出的2個(gè)或3個(gè)或更多個(gè)基因多態(tài)作為對(duì)象的檢測(cè)工序。
(H)如(F)或(G)的任何一項(xiàng)記載的疾病危險(xiǎn)度的判定方法，其中，對(duì)象疾病為動(dòng)脈硬化性疾病，檢測(cè)工序(a)是在本發(fā)明的動(dòng)脈硬化性疾病危險(xiǎn)度判定用陣列上，使由受試樣品調(diào)制的探針和陣列上的基因多態(tài)檢測(cè)用探針雜交，檢測(cè)基因多態(tài)的工序。
(I)如(F)記載的疾病危險(xiǎn)度的判定方法，其中，對(duì)象疾病為心肌梗塞，檢測(cè)工序(a)是在本發(fā)明的心肌梗塞危險(xiǎn)度判定用陣列上，使由受試樣品調(diào)制的探針和陣列上的基因多態(tài)檢測(cè)用探針雜交，檢測(cè)基因多態(tài)的工序。
(J)如(A)～(I)的任何一項(xiàng)記載的疾病危險(xiǎn)度的判定方法，其中，動(dòng)脈硬化病例及非動(dòng)脈硬化病例的集團(tuán)，都是患糖尿病而無(wú)心肌梗塞病史的病例集團(tuán)。
(4)疾病有效藥劑的選定方法本發(fā)明中，還包括如下方法由受試對(duì)象檢測(cè)出的基因多態(tài)所屬的分類，選定與各受試者的特性相應(yīng)的有效藥劑。該方法是通過(guò)如下方式來(lái)進(jìn)行的根據(jù)由受試對(duì)象檢測(cè)出的基因多態(tài)，從該基因多態(tài)的分類中選定認(rèn)為可能適用的藥劑。基因多態(tài)的分類可以使用上述a)～j)的分類。
具體而言，可舉出如下藥劑，但不限于此。
a)對(duì)屬于與脂質(zhì)相關(guān)的基因多態(tài)群的基因多態(tài)的有效藥劑，可舉出史達(dá)汀類(スタチン)b)對(duì)屬于與血壓相關(guān)的基因多態(tài)群的基因多態(tài)的有效藥劑，可舉出ACE阻斷藥及血管緊張素II受體阻斷藥。
d)對(duì)屬于與胰島素抵抗性相關(guān)的基因多態(tài)群的基因多態(tài)的有效藥劑，可舉出改善胰島素感受性的藥劑。
f)對(duì)屬于與氧化壓力相關(guān)的基因多態(tài)群的基因多態(tài)的有效藥劑，可舉出抗氧化劑。
g)對(duì)屬于與炎癥反應(yīng)相關(guān)的基因多態(tài)群的基因多態(tài)的有效藥劑，可舉出免疫抑制劑及史達(dá)汀類。
h)對(duì)屬于與凝固纖溶系相關(guān)的基因多態(tài)群的基因多態(tài)的有效藥劑，可舉出抗血小板制劑。
其他，在檢測(cè)出MMP-12(A-82G)、mmp-9＝Gelatinase B(C-1562T)、MMP7(C-153T)等基因多態(tài)時(shí)，作為有效藥劑可以使用抗蛋白酶。由受試對(duì)象檢測(cè)出多個(gè)基因多態(tài)時(shí)，可以合并使用2種或更多種的上述藥劑。
這樣，通過(guò)選定與受試者的基因多態(tài)相應(yīng)的適當(dāng)藥劑，可以對(duì)與受試對(duì)象體質(zhì)或特征相應(yīng)的疾病進(jìn)行預(yù)防、治療或預(yù)后的處置等。
(5)疾病抵抗因素的顯現(xiàn)方法或疾病危險(xiǎn)度的顯現(xiàn)方法本發(fā)明從別的角度，提供將受試者所具有的疾病抵抗因素顯現(xiàn)的方法，和將受試者所具有的疾病危險(xiǎn)度顯現(xiàn)的方法。
本發(fā)明所述的疾病抵抗因素的顯現(xiàn)方法具有下述工序(i)將由受試樣品中檢測(cè)出的基因多態(tài)，與跟疾病判定指標(biāo)具有負(fù)相關(guān)性的基因多態(tài)或基因多態(tài)組進(jìn)行對(duì)照的工序；(ii)根據(jù)(i)的結(jié)果，使受試樣品中的疾病抵抗因素顯現(xiàn)的工序。只要含有這些工序，即使具有其他的任何附加的工序也包括在本發(fā)明中。
(ii)的顯現(xiàn)工序，通過(guò)判明如下情況而實(shí)施在受試樣品中檢測(cè)出的基因多態(tài)，是否屬于某個(gè)與疾病判定指標(biāo)具有負(fù)相關(guān)性的基因多態(tài)或基因多態(tài)組。
例如，對(duì)象疾病為動(dòng)脈硬化性疾病(優(yōu)選起因于糖尿病的動(dòng)脈硬化性疾病)時(shí)，(i)的工序是通過(guò)如下進(jìn)行的將受試樣品中檢測(cè)出的基因多態(tài)，與跟頸動(dòng)脈內(nèi)膜中膜復(fù)合體肥厚度(IMT)具有負(fù)相關(guān)性的基因多態(tài)或基因多態(tài)組進(jìn)行對(duì)照。作為所述基因多態(tài)組，可以舉出選自圖1～9的任何一項(xiàng)所記載的負(fù)的基因多態(tài)組中的至少1個(gè)組，或選自圖38～43的任何一項(xiàng)所記載的負(fù)的基因多態(tài)組中的至少1個(gè)組。
另外，例如對(duì)象疾病為心肌梗塞(優(yōu)選起因于糖尿病的心肌梗塞)時(shí)，(i)的工序是通過(guò)如下進(jìn)行的將受試樣品中檢測(cè)出的基因多態(tài)，與跟心肌梗塞的判定指標(biāo)具有負(fù)相關(guān)性的基因多態(tài)或基因多態(tài)組進(jìn)行對(duì)照。作為所述基因多態(tài)組，可以舉出選自圖56～58的任何一項(xiàng)所記載的負(fù)的基因多態(tài)組中的至少1個(gè)組。
另外，在上述顯現(xiàn)方法中，在工序(i)之前，可以具有(O)在受試樣品中檢測(cè)出基因多態(tài)的工序。
檢測(cè)工序(O)，可以是將從圖37中記載的99個(gè)基因多態(tài)中選出的至少2個(gè)的基因多態(tài)作為對(duì)象的檢測(cè)工序。對(duì)象疾病為動(dòng)脈硬化性疾病(優(yōu)選起因于糖尿病的動(dòng)脈硬化性疾病)時(shí)，作為檢測(cè)對(duì)象的基因多態(tài)，可以使用從圖10～18中選擇的任意圖中記載的基因多態(tài)，或從圖44～47中選擇的任意圖中記載的基因多態(tài)。對(duì)象疾病為心肌梗塞(優(yōu)選起因于糖尿病的心肌梗塞)時(shí)，作為檢測(cè)對(duì)象的基因多態(tài)，可以使用從圖59～62中選擇的任意圖中記載的基因多態(tài)。
檢測(cè)工序(O)，可以通過(guò)如下進(jìn)行在上述發(fā)明的疾病危險(xiǎn)度判定用陣列上，將由受試樣品調(diào)制的探針和陣列上的基因多態(tài)檢測(cè)用探針雜交，而檢測(cè)基因多態(tài)。另外，受試樣品沒(méi)有特別的限制，但在為糖尿病患者、且沒(méi)有動(dòng)脈硬化性疾病病史或心肌梗塞病史的受試者的活體樣品的情況下，可以更充分地獲得本發(fā)明的好處。
人類基因組中存在非常多的基因多態(tài)，如果只是其中的一個(gè)，由于其可能比低且頻度受限制，因而不能預(yù)測(cè)疾病危險(xiǎn)度。因此，由于將這些基因多態(tài)分散地看，所以不能發(fā)現(xiàn)在個(gè)人所具有的基因多態(tài)中作為組合而存在的、與疾病相關(guān)的因素。在本發(fā)明中，通過(guò)很多母集團(tuán)中的解析，明確了存在有與疾病判定指標(biāo)之間具有有意義的相關(guān)性的多個(gè)基因多態(tài)組，基于此，將這些基因多態(tài)組設(shè)定為疾病抵抗性因素，在受試樣品中選擇性地明確了構(gòu)成這些特定的基因多態(tài)組的基因多態(tài)的存在，這時(shí)，首次可以使疾病抵抗性因素顯現(xiàn)。顯現(xiàn)的疾病抵抗性因素作為疾病危險(xiǎn)度判定的信息，其價(jià)值非常高。在此，“選擇性地明確”是指，在無(wú)數(shù)的基因多態(tài)組合中選擇特定的來(lái)明確。
另外，作為顯現(xiàn)工序，除了包括僅僅是將該多個(gè)基因多態(tài)的、涉及組合的基因型的組作為一個(gè)整體來(lái)明確之外，還包括用被選擇性地明確的多個(gè)基因多態(tài)的基因型是否屬于(例如0或1)疾病抵抗因素(疾病抵抗性基因多態(tài)組)來(lái)表現(xiàn)；或者當(dāng)被選擇性地明確的多種基因多態(tài)的基因型屬于疾病抵抗因素(疾病抵抗性基因多態(tài)組)時(shí)，用該基因多態(tài)組與疾病判定指標(biāo)之間的有意義的負(fù)相關(guān)性的頻度的可能比來(lái)表現(xiàn)。另外，還包括當(dāng)被選擇性地明確的多種基因多態(tài)的基因型屬于疾病抵抗性基因多態(tài)組時(shí)，通過(guò)疾病抵抗性基因多態(tài)組中固有的疾病判定指標(biāo)的增加受到抑制來(lái)表現(xiàn)。即，只要能夠使該受試對(duì)象的基因多態(tài)中的疾病抵抗性基因多態(tài)組顯現(xiàn)的方法，就沒(méi)有特別的限制。
另外，本發(fā)明所述的疾病危險(xiǎn)度的顯現(xiàn)方法具有如下工序。
(i’)將受試樣品中檢測(cè)出的基因多態(tài)，與跟疾病判定指標(biāo)具有負(fù)相關(guān)性的基因多態(tài)或基因多態(tài)組，以及跟疾病判定指標(biāo)具有正相關(guān)性的基因多態(tài)或基因多態(tài)組進(jìn)行對(duì)照的工序，及(ii’)根據(jù)(i’)的結(jié)果，具有使受試樣品中的疾病抵抗因素或易感因素顯現(xiàn)的工序。
只要含有該工序，具有其他的附加的任何工序也都包含于本發(fā)明中。
上述危險(xiǎn)度的顯現(xiàn)方法，進(jìn)而可以具有(iii’)計(jì)算出受試樣品中所顯現(xiàn)的疾病抵抗性因素和易感性因素的偏度的工序。
例如，對(duì)象疾病為動(dòng)脈硬化性疾病(優(yōu)選起因于糖尿病的動(dòng)脈硬化性疾病)時(shí)，(i’)的工序是通過(guò)如下進(jìn)行的將受試樣品中檢測(cè)出的基因多態(tài)，與跟動(dòng)脈硬化性疾病的判定指標(biāo)的“頸動(dòng)脈內(nèi)膜中膜復(fù)合體肥厚度”(IMT)具有負(fù)相關(guān)性的基因多態(tài)或基因多態(tài)組，以及與IMT具有正相關(guān)性的基因多態(tài)或基因多態(tài)組進(jìn)行對(duì)照。在此作為具有負(fù)相關(guān)性的基因多態(tài)組，可以舉出圖1～9的任意所記載的負(fù)的基因多態(tài)組，或圖38～43的任意所記載的負(fù)的基因多態(tài)組；作為具有正相關(guān)性的基因多態(tài)或基因多態(tài)組，可以舉出圖19～27的任意所記載的正的基因多態(tài)組，或圖48～51的任意所記載的正的基因多態(tài)組。
另外，例如，對(duì)象疾病為心肌梗塞(優(yōu)選起因于糖尿病的心肌梗塞)時(shí)，(i’)的工序是通過(guò)如下進(jìn)行的將受試樣品中檢測(cè)出的基因多態(tài)，與跟心肌梗塞的判定指標(biāo)具有負(fù)相關(guān)性的基因多態(tài)或基因多態(tài)組，以及與跟心肌梗塞的判定指標(biāo)具有正相關(guān)性的基因多態(tài)或基因多態(tài)組進(jìn)行對(duì)照。在此，作為具有負(fù)相關(guān)性的基因多態(tài)組，可以舉出選自圖38～43的任意所記載的負(fù)的基因多態(tài)組中的至少一個(gè)組；作為具有正相關(guān)性的基因多態(tài)或基因多態(tài)組，可以舉出選自圖50～53的任意所記載的正的基因多態(tài)或基因多態(tài)組中的至少1組。
另外，在工序(1’)之前，可以具有(O’)在受試樣品中檢測(cè)出基因多態(tài)的工序。檢測(cè)工序(O’)，可以是將從圖38中記載的99個(gè)基因多態(tài)中選出的至少2個(gè)的基因多態(tài)作為對(duì)象的檢測(cè)工序。對(duì)象疾病為動(dòng)脈硬化性疾病(優(yōu)選起因于糖尿病的動(dòng)脈硬化性疾病)時(shí)，檢測(cè)工序(O’)可以是檢測(cè)出如下基因多態(tài)的存在的工序，例如，圖10及圖28記載的基因多態(tài)、圖11及圖29記載的基因多態(tài)、圖12及圖30記載的基因多態(tài)、圖13及圖31記載的基因多態(tài)、圖14及圖32記載的基因多態(tài)、圖15及圖33記載的基因多態(tài)、圖16及圖34記載的基因多態(tài)、圖17及圖35記載的基因多態(tài)、或圖18及圖36記載的基因多態(tài)，或者，圖38及圖48記載的基因多態(tài)、圖39及圖49記載的基因多態(tài)、圖40及圖50記載的基因多態(tài)、圖41及圖51記載的基因多態(tài)、圖42及圖51記載的基因多態(tài)、或圖43及圖51記載的基因多態(tài)。
另外，對(duì)象疾病為心肌梗塞(優(yōu)選起因于糖尿病的心肌梗塞)時(shí)，檢測(cè)工序(O’)可以是檢測(cè)出如下基因多態(tài)的存在的工序，例如，圖59及圖70記載的基因多態(tài)、圖60及圖71記載的基因多態(tài)、圖61及圖72記載的基因多態(tài)、或圖62及圖73記載的基因多態(tài)。
另外，檢測(cè)工序(O’)可以是如下工序在上述本發(fā)明的所述疾病危險(xiǎn)度判定用陣列上，將由受試樣品調(diào)制的探針和陣列上的基因多態(tài)檢測(cè)用探針雜交，而檢測(cè)基因多態(tài)。
另外，受試樣品如果設(shè)定為糖尿病患者、且沒(méi)有動(dòng)脈硬化性疾病或心肌梗塞病史的受試者的活體樣品，則可以更有效地利用本發(fā)明。
如前所述，本發(fā)明基于如下發(fā)現(xiàn)而成。通過(guò)很多母集團(tuán)中的解析，發(fā)現(xiàn)了與判定指標(biāo)之間具有有意義的負(fù)及正相關(guān)性的多種基因多態(tài)的組的存在，進(jìn)而，將這些分別設(shè)定為疾病抵抗性因素和疾病易感性因素，將存在于受試樣品中的、構(gòu)成分屬于這兩個(gè)類別的基因多態(tài)組的基因多態(tài)的雙方進(jìn)行組合評(píng)價(jià)，這時(shí)，首次發(fā)現(xiàn)可以將受試者的疾病危險(xiǎn)度顯現(xiàn)出來(lái)。
將顯現(xiàn)出來(lái)的疾病抵抗因素(疾病抵抗性基因多態(tài)組)及疾病易感性因素(疾病易感性基因多態(tài)組)組合，作為疾病危險(xiǎn)度判定的信息，其價(jià)值非常高。
作為顯現(xiàn)工序，除了包括僅僅是將該多個(gè)基因多態(tài)的、涉及組合的基因型的組作為一個(gè)整體來(lái)明確之外，還包括用被選擇性地明確的多種基因多態(tài)的基因型是否屬于所希望的疾病基因多態(tài)組來(lái)表現(xiàn)；或者，當(dāng)被選擇性地明確的多種基因多態(tài)的基因型屬于所希望的疾病基因多態(tài)組時(shí)，用在與疾病相關(guān)的基因多態(tài)組中固有的與疾病判定指標(biāo)之間具有有意義的負(fù)或正相關(guān)性的頻度的可能比來(lái)表現(xiàn)。另外，還包括當(dāng)被選擇性地明確的多種基因多態(tài)的基因型屬于所希望的疾病基因多態(tài)組時(shí)，通過(guò)疾病基因多態(tài)組中固有的疾病判定指標(biāo)的增加度或增加受到抑制的度來(lái)表現(xiàn)。即，只要能夠判斷該受試對(duì)象的基因多態(tài)中的疾病基因多態(tài)組抵抗性及易感性，并使其顯現(xiàn)的方法，就沒(méi)有特別的限制。
(6)基因標(biāo)志物(6-1)顯示動(dòng)脈硬化性疾病抵抗性或動(dòng)脈硬化性疾病易感性的基因標(biāo)志物本發(fā)明提供顯示動(dòng)脈硬化性疾病抵抗性的基因標(biāo)志物。就受試樣品而言，該基因標(biāo)志物可以很好地用于檢測(cè)或選擇動(dòng)脈硬化性疾病抵抗性的基因多態(tài)。所述基因標(biāo)志物，含有選自負(fù)(抵抗性)的基因多態(tài)或基因多態(tài)組中的至少一個(gè)基因多態(tài)。具體而言，含有構(gòu)成選自圖1～9的任意記載的負(fù)基因多態(tài)組中的至少一個(gè)基因多態(tài)組的基因多態(tài)，或者構(gòu)成選自圖38～43的任意記載的負(fù)基因多態(tài)組中的至少一個(gè)基因多態(tài)組的基因多態(tài)。
另外，本發(fā)明提供顯示動(dòng)脈硬化性疾病易感性的基因標(biāo)志物。就受試樣品而言，該基因標(biāo)志物可以很好地用于檢測(cè)動(dòng)脈硬化性疾病易感性的基因多態(tài)。所述基因標(biāo)志物，含有選自正(易感性)的基因多態(tài)或基因多態(tài)組中的至少一個(gè)基因多態(tài)。具體而言，含有構(gòu)成選自圖19～27的任意記載的正的基因多態(tài)組中的至少一個(gè)基因多態(tài)組的基因多態(tài)，或者構(gòu)成選自圖48～51的任意記載的正基因多態(tài)組中的至少一個(gè)基因多態(tài)組的基因多態(tài)。優(yōu)選將所述的顯示動(dòng)脈硬化性疾病易感性的基因標(biāo)志物與上述顯示動(dòng)脈硬化性疾病抵抗性的基因標(biāo)志物組合起來(lái)使用。
這些顯示動(dòng)脈硬化性疾病抵抗性的基因標(biāo)志物及顯示動(dòng)脈硬化性疾病易感性的基因標(biāo)志物，除了可以分別用于檢測(cè)或選擇動(dòng)脈硬化性疾病抵抗性的基因多態(tài)以及動(dòng)脈硬化性疾病易感性的基因多態(tài)之外，還可以作為用于判定或測(cè)定動(dòng)脈硬化性疾病的基因標(biāo)志物等而使用。
(5-2)顯示心肌梗塞疾病抵抗性或心肌梗塞疾病易感性的基因標(biāo)志物本發(fā)明還提供顯示心肌梗塞抵抗性的基因標(biāo)志物。就受試樣品而言，該基因標(biāo)志物可以很好地用于檢測(cè)或選擇動(dòng)脈硬化性疾病抵抗性的基因多態(tài)。所述基因標(biāo)志物，含有選自負(fù)(抵抗性)的基因多態(tài)或基因多態(tài)組中的至少一個(gè)基因多態(tài)。具體而言，含有構(gòu)成選自圖56～58的任意一圖記載的負(fù)基因多態(tài)組中的至少一個(gè)基因多態(tài)組的基因多態(tài)。
進(jìn)而，本發(fā)明提供顯示心肌梗塞易感性的基因標(biāo)志物。就受試樣品而言，該基因標(biāo)志物可以很好地用于檢測(cè)心肌梗塞易感性的基因多態(tài)。所述基因標(biāo)志物，含有選自正(易感性)的基因多態(tài)或基因多態(tài)組中的至少一個(gè)基因多態(tài)。具體而言，含有構(gòu)成選自圖63～68的任意記載的正的基因多態(tài)組中的至少一個(gè)基因多態(tài)組的基因多態(tài)。優(yōu)選將所述的顯示心肌梗塞易感性的基因標(biāo)志物與上述顯示心肌梗塞抵抗性的基因標(biāo)志物組合起來(lái)使用。
這些顯示心肌梗塞抵抗性的基因標(biāo)志物及顯示心肌梗塞易感性的基因標(biāo)志物，除了可以分別用于檢測(cè)或選擇動(dòng)心肌梗塞抵抗性的基因多態(tài)以及心肌梗塞易感性的基因多態(tài)之外，還可以作為用于判定或測(cè)定心肌梗塞的基因標(biāo)志物等而使用。
本發(fā)明的標(biāo)志物包括如如下方式(A)含有構(gòu)成選自圖1～9的任意記載的負(fù)基因多態(tài)組中的至少一個(gè)基因多態(tài)組的基因多態(tài)、或者構(gòu)成選自圖38～43的任意記載的負(fù)基因多態(tài)組中的至少一個(gè)基因多態(tài)組的基因多態(tài)的動(dòng)脈硬化性疾病抵抗性的基因標(biāo)志物。
(B)(1)含有構(gòu)成選自圖1～9的任意記載的負(fù)基因多態(tài)組中的至少一個(gè)基因多態(tài)組的基因多態(tài)的動(dòng)脈硬化性疾病抵抗性的基因標(biāo)志物，以及含有構(gòu)成選自圖19～27的任意記載的正基因多態(tài)組中的至少一個(gè)基因多態(tài)組的基因多態(tài)，或者
(2)含有構(gòu)成選自圖38～43的任意記載的負(fù)基因多態(tài)組中的至少一個(gè)基因多態(tài)組的基因多態(tài)的動(dòng)脈硬化性疾病抵抗性的基因標(biāo)志物，以及含有構(gòu)成選自圖48～55的任意記載的正基因多態(tài)組中的至少一個(gè)基因多態(tài)組的基因多態(tài)的動(dòng)脈硬化性疾病易感性的基因標(biāo)志物。
(C)含有構(gòu)成選自圖56～58的任意記載的負(fù)基因多態(tài)組中的至少一個(gè)基因多態(tài)組的基因多態(tài)的心肌梗塞抵抗性的基因標(biāo)志物。
(D)含有構(gòu)成選自圖56～58的任意記載的負(fù)基因多態(tài)組中的至少一個(gè)基因多態(tài)組的基因多態(tài)的心肌梗塞抵抗性的基因標(biāo)志物，以及含有構(gòu)成選自圖63～69的任意記載的正基因多態(tài)組中的至少一個(gè)基因多態(tài)組的基因多態(tài)的心肌梗塞易感性的基因標(biāo)志物。
(7)基因多態(tài)分析用試劑盒本發(fā)明的基因多態(tài)分析用試劑盒，其特征為，含有如下的引物對(duì)或核酸探針，該引物對(duì)可以特異性地?cái)U(kuò)增負(fù)的基因多態(tài)或構(gòu)成選自負(fù)的基因多態(tài)組中的至少一個(gè)基因多態(tài)組的基因，該核酸探針可以特異性地與該基因雜交。該分析用試劑盒，可以作為檢測(cè)疾病抵抗性基因多態(tài)的分析用試劑盒而很好地使用。進(jìn)而，本發(fā)明的基因多態(tài)分析用試劑盒，可以含有如下的引物對(duì)或核酸探針，該引物對(duì)可以特異性地?cái)U(kuò)增正的基因多態(tài)或構(gòu)成選自正的基因多態(tài)組中的至少一個(gè)基因多態(tài)組的基因，該核酸探針可以特異性地與該基因雜交。所述分析用試劑盒，可以作為檢測(cè)疾病抵抗性基因多態(tài)及疾病易感性基因多態(tài)的分析用試劑盒而很好地使用。
作為負(fù)的基因多態(tài)組的一個(gè)例子，可以舉出選自圖1～9的任意記載的負(fù)的基因多態(tài)組中的至少一個(gè)基因多態(tài)組，或者選自圖38～43的任意記載的負(fù)的基因多態(tài)組中的至少一個(gè)基因多態(tài)組。含有可以特異性地?cái)U(kuò)增構(gòu)成所述基因多態(tài)組的基因的引物對(duì)或可以特異性地與該基因雜交的核酸探針的分析用試劑盒，可以作為檢測(cè)動(dòng)脈硬化性疾病抵抗性基因多態(tài)的分析用試劑盒而很好地使用。另外，進(jìn)而可以含有如下的引物對(duì)或核酸探針，該引物對(duì)可以特異性地?cái)U(kuò)增構(gòu)成選自圖19～27所記載的正的基因多態(tài)組中的至少1個(gè)基因多態(tài)組的基因或構(gòu)成選自圖50～53所記載的正的基因多態(tài)組中的至少1個(gè)基因多態(tài)組的基因，該核酸探針可以特異性地與該基因雜交。所述分析用試劑盒，可以作為檢測(cè)動(dòng)脈硬化性疾病抵抗性基因多態(tài)及動(dòng)脈硬化性疾病易感性基因多態(tài)的分析用試劑盒而很好地使用。
進(jìn)而，作為負(fù)的基因多態(tài)組的其他的一個(gè)例子，可以舉出選自圖56～58的任意記載的負(fù)的基因多態(tài)組中的至少一個(gè)基因多態(tài)組。含有可以特異性地?cái)U(kuò)增構(gòu)成所述基因多態(tài)組的基因的引物對(duì)或可以特異性地與該基因雜交的核酸探針的分析用試劑盒，可以作為檢測(cè)心肌梗塞抵抗性基因多態(tài)的分析用試劑盒而很好地使用。另外，進(jìn)而可以含有如下的引物對(duì)或核酸探針，該引物對(duì)可以特異性地?cái)U(kuò)增構(gòu)成選自圖63～68所記載的正的基因多態(tài)組中的至少1個(gè)基因多態(tài)組的基因，該核酸探針可以特異性地與該基因雜交。所述分析用試劑盒，可以作為檢測(cè)心肌梗塞抵抗性基因多態(tài)及心肌梗塞易感性基因多態(tài)的分析用試劑盒而很好地使用。
本發(fā)明的基因多態(tài)分析用試劑盒，只要含有上述那樣的引物對(duì)或核酸探針，在不損害本發(fā)明的目的的范圍，也可以適當(dāng)含有其他的核酸或藥劑等。為了檢測(cè)負(fù)的基因多態(tài)組或正的基因多態(tài)組，必需具有用于檢測(cè)構(gòu)成這些組的至少2個(gè)基因多態(tài)的引物或探針。即使對(duì)一個(gè)基因多態(tài)而言，含有基因多態(tài)檢測(cè)用引物，對(duì)其他的基因多態(tài)而言，含有基因多態(tài)檢測(cè)用探針，只要可以分析上述的基因多態(tài)，也包括在本發(fā)明的基因多態(tài)分析用試劑盒中。
檢測(cè)基因多態(tài)可以使用在上述基因多態(tài)檢測(cè)工序中記載的任意的方法，可以優(yōu)選使用應(yīng)用PCR的hybrigene法、TaqMan法、侵入法、及使用特異性地與具有基因多態(tài)的基因進(jìn)行雜交的核酸探針的ASP-PCR法。
因此，基因多態(tài)分析用試劑盒中，必需含有在檢測(cè)這些基因多態(tài)的工序中使用的引物及探針的至少任意一個(gè)。在用于檢測(cè)基因多態(tài)的PCR法中，一般是在最靠近3’端的位置配置基因多態(tài)的核酸，而如Allele SpecificPrime(ASP)-PCR法那樣，配置在3’末端起的第2個(gè)位置上具有基因多態(tài)的引物的方法等，不管將基因多態(tài)設(shè)置在引物的哪個(gè)區(qū)域，也無(wú)論加入了所檢測(cè)的基因之外的哪種核酸序列等，在引物的設(shè)計(jì)中，只要可以識(shí)別基因多態(tài)就沒(méi)有特別的限制。在探針的設(shè)計(jì)中也是相同的，只要可以識(shí)別基因多態(tài)，可以不限制該序列而使用。
本發(fā)明的分析試劑盒包括下述方式(A)含有下述引物對(duì)或探針的動(dòng)脈硬化性疾病的抵抗性基因多態(tài)的分析用試劑盒(1)可以特異性地?cái)U(kuò)增構(gòu)成選自圖1～9的任意記載的負(fù)的基因多態(tài)組中的至少一個(gè)基因多態(tài)組的基因的引物對(duì)或可以特異性地雜交該基因的核酸探針，或者(2)可以特異性地?cái)U(kuò)增構(gòu)成選自圖38～43的任意記載的負(fù)的基因多態(tài)組中的至少一個(gè)基因多態(tài)組的基因的引物對(duì)或可以特異性地雜交該基因的核酸探針。
(B)含有下述引物對(duì)或探針的動(dòng)脈硬化性疾病的抵抗性基因多態(tài)或易感性基因多態(tài)的分析用試劑盒(1)可以特異性地?cái)U(kuò)增構(gòu)成選自圖1～9的任意記載的負(fù)的基因多態(tài)組中的至少一個(gè)基因多態(tài)組的基因的引物對(duì)或可以特異性地雜交該基因的核酸探針，以及可以特異性地?cái)U(kuò)增構(gòu)成選自圖19～27的任意記載的正的基因多態(tài)組中的至少一個(gè)基因多態(tài)組的基因的引物對(duì)或可以特異性地雜交該基因的核酸探針；或者(2)可以特異性地?cái)U(kuò)增構(gòu)成選自圖38～43的任意記載的負(fù)的基因多態(tài)組中的至少一個(gè)基因多態(tài)組的基因的引物對(duì)或可以特異性地雜交該基因的核酸探針，以及可以特異性地?cái)U(kuò)增構(gòu)成選自圖48～51的任意記載的正的基因多態(tài)組中的至少一個(gè)基因多態(tài)組的基因的引物對(duì)或可以特異性地雜交該基因的核酸探針。
(C)心肌梗塞抵抗性基因多態(tài)的分析用試劑盒，其含有可以特異性地?cái)U(kuò)增構(gòu)成選自圖56～58的任意記載的負(fù)的基因多態(tài)組中的至少一個(gè)基因多態(tài)組的基因的引物對(duì)或可以特異性地雜交該基因的核酸探針。
(D)心肌梗塞的抵抗性基因多態(tài)或易感性基因多態(tài)的分析用試劑盒，其含有可以特異性地?cái)U(kuò)增構(gòu)成選自圖56～58的任意記載的負(fù)的基因多態(tài)組中的至少一個(gè)基因多態(tài)組的基因的引物對(duì)或可以特異性地雜交該基因的核酸探針，以及可以特異性地?cái)U(kuò)增構(gòu)成選自圖63～69的任意記載的正的基因多態(tài)組中的至少一個(gè)基因多態(tài)組的基因的引物對(duì)或可以特異性地雜交該基因的核酸探針。
實(shí)施例以下，通過(guò)本發(fā)明的實(shí)施例更具體地說(shuō)明本發(fā)明，但本發(fā)明不限定于這些實(shí)施例。
實(shí)施例1判定動(dòng)脈硬化性疾病的危險(xiǎn)度1.確定與動(dòng)脈硬化性疾病具有正或負(fù)的相關(guān)性的基因多態(tài)<解析次序>
在糖尿病病例中，將頸動(dòng)脈內(nèi)膜中膜復(fù)合體肥厚度(IMT)的肥厚與同年齡段的健康人群相比，肥厚0.2mm或更大的視為Case(發(fā)病例)，其他的視為Control(未發(fā)病例)。對(duì)這些Case群(發(fā)病例群)及Control群(未發(fā)病例群)用下述說(shuō)明的操作來(lái)檢測(cè)基因多態(tài)。
在此，為了說(shuō)明方便，以ACE基因(簡(jiǎn)稱ACE ID)的插入基因多態(tài)為例進(jìn)行說(shuō)明，但對(duì)于其他的基因也進(jìn)行同樣的操作。
(1)ACE基因片斷的擴(kuò)增用引物的合成使用Perkin-Elmer公司DNA合成機(jī)329型，用亞磷酰胺合成法合成具有與人ACE基因的序列相同的序列的引物1(CTGGAGACCACTCCCATCCTTTCT)及具有與人ACE基因的序列互補(bǔ)的序列的引物2(GATGTGGCCATCACATTCGTCAGAT)。引物2在5’端連結(jié)有生物素。合成按手冊(cè)進(jìn)行，各種寡核苷酸的脫保護(hù)在氨水中55℃條件下實(shí)施一夜。寡核苷酸的精制用Perkin-Elmer公司OPC柱來(lái)實(shí)施。
(2)合成具有連接臂的寡核苷酸使用Perkin-Elmer公司DNA合成機(jī)329型，用亞磷酰胺合成法合成具有與人ACE基因的序列互補(bǔ)的序列且在5’末端具有連結(jié)臂的寡核苷酸(I探針TTACAGGCGTGATACAGTCAC)以及具有與人ACE基因的序列互補(bǔ)的序列且在5’末端具有連結(jié)臂的寡核苷酸(D探針GCCTATACAGTCACTTTTATGTG)此時(shí)，根據(jù)特表昭60-500717號(hào)公報(bào)所公開(kāi)的合成法，將由脫氧尿苷 用化學(xué)合成來(lái)調(diào)制的在5位上具有連接臂的尿苷導(dǎo)入到上述寡核苷酸中。合成的連結(jié)寡核苷酸在氨水中、50℃的條件下，進(jìn)行一夜的脫保護(hù)處理，然后用Perkin-Elmer公司的OPC柱精制。
(3)將探針寡核苷酸結(jié)合到微效價(jià)板上對(duì)于上述(2)合成的探針寡核苷酸，通過(guò)其連結(jié)臂，結(jié)合到微效價(jià)板的內(nèi)面，將寡核苷酸稀釋于50mM的硼酸緩沖液(PH10)、100mM的MgCl2溶液中，使其濃度為0.05pmol/μl，向微效價(jià)板上(MicroFLUOR B；社)各注入100μl，通過(guò)放置于室溫下15小時(shí)左右，使連結(jié)寡核苷酸與微效價(jià)板內(nèi)面結(jié)合。其后，置換成0.1pmol dNTP、0.5％PVP、5×SSC，在室溫下進(jìn)行2個(gè)小時(shí)左右的用于抑制非特異反應(yīng)的阻遏。最后用1×SSC洗凈使其干燥。
(4)用PCR法擴(kuò)增人ACE基因片斷將用人白細(xì)胞提取的DNA溶液作為樣品而使用，添加下述試劑，用下述條件擴(kuò)增人ACE基因片斷。
<試劑>調(diào)制含有下述試劑的25μl溶液。
引物1 10pmol引物2 10pmol×10緩沖液2.5μl2mM dNTP 2.5μlTth DNA聚合酶1U提取的DNA溶液100ng<擴(kuò)增條件>
94℃·2分鐘94℃·1分鐘、65℃·2分鐘、75℃·1.5分鐘(35個(gè)循環(huán))
(5)在微效價(jià)板中的雜交將(4)的擴(kuò)增反應(yīng)液稀釋10倍，在0.3N的NaOH中使擴(kuò)增反應(yīng)液中的擴(kuò)增DNA變性，將各個(gè)樣品中擴(kuò)增反應(yīng)液20μl加入到200mM枸櫞酸-磷酸緩沖液(pH6.0)、2％SDS、750mM NaCl、0.1％NaN3的溶液100μl中，放入上述(3)的結(jié)合有捕捉探針的微效價(jià)板中。為了防止蒸發(fā)，施加上液體石蠟層，在55℃下使其振蕩30分鐘。由此，被擴(kuò)增的人ACE基因片斷，通過(guò)被固定的探針而被特異性地捕捉到微效價(jià)板上。
接著，置換成2×SSC(pH7.0)、1％SDS，同樣為了防止蒸發(fā)，施加上液體石蠟層，在55℃下使其振蕩20分鐘。隨后，與將標(biāo)記了堿性磷酸酶的鏈霉親和素(DAKO制D0396)用50mMTris-鹽酸緩沖液(pH7.5)、1％BSA溶液稀釋了2000倍的稀釋溶液100μl進(jìn)行置換，在37℃下使其振蕩15分鐘。由此，被捕捉的DNA的生物素與堿性磷酸酶標(biāo)記的鏈霉親和素特異性地結(jié)合了。用250μl的50mMTris-鹽酸緩沖液(pH7.5)、0.025％Tween20溶液洗凈3次后，注入50μl的堿性磷酸酶的發(fā)光底物二氧雜環(huán)丁烷化合物(商品名Lumiphos480；Lumigen社)，在37℃下保溫15分鐘后，在暗室中用ホトンカウンタ一(濱松示トニクス社)測(cè)定發(fā)光量。
這些工序都是通過(guò)DNA探針自動(dòng)測(cè)定系統(tǒng)(參照日本臨床檢查自動(dòng)化學(xué)會(huì)會(huì)志第20卷、第728頁(yè)(1995年))而自動(dòng)進(jìn)行的，所需要的時(shí)間約2.5小時(shí)。
(6)人ACE基因插入多態(tài)測(cè)定的研究結(jié)果由用上述(4)擴(kuò)增、用(5)檢測(cè)而得的結(jié)果研究ACE基因多態(tài)。I信號(hào)為與I探針?lè)磻?yīng)的擴(kuò)增核酸片斷所檢測(cè)出的信號(hào)，D信號(hào)為與D探針?lè)磻?yīng)的核酸片斷所檢測(cè)出的信號(hào)，取各探針?biāo)玫降男盘?hào)的比的對(duì)數(shù)可以鑒定堿基多態(tài)。即，可以如下鑒定信號(hào)的比的對(duì)數(shù)為0.0或更高的是I型(插入)的純合體基因型，在-1.0或更低的為D型(缺失)的純合體基因型，在-1.0～0.0之間的是I型和D型的雜合體基因型。
2.SNP的解析
2-1.Odds比與Kai值的測(cè)定對(duì)于各SNP的genotype，分別求出Odds比和Kai值。
“genotype”按照已經(jīng)說(shuō)明的規(guī)則用1～3號(hào)來(lái)表示。例如，用I/D表示ACE基因時(shí)，為1DD(D的純合體)2I/D(雜合體)3II(I的純合體)I/D+DD(具有D等位基因)表示為“12”，II+I/D(具有I等位基因)表示為“23”。
“Odds比”是指SNP的genotype偏向于Case或Control的比率。Odds比為2，則表示Case中的genotype的存在頻度是Control的2倍?！癒ai值”是指SNP的genotype偏向于Case或Control的統(tǒng)計(jì)學(xué)上的有意義性。Kai值為3.8或更高，則P＜0.05。
Kai5.024→P＜0.025Kai6.635→P＜0.01Kai10.827→P＜0.001Kai值和Odds比的區(qū)別在于，Odds比不依賴于存在頻度，而Kai值有時(shí)是受試者數(shù)如果變多則Odds比就會(huì)變低。例如，就受試者數(shù)為500例時(shí)，Case群出現(xiàn)的1％的A多態(tài)，與受試者數(shù)為5000例時(shí)，Case群出現(xiàn)的0.5％的B多態(tài)而言，即使具有相同的Odds比，B多態(tài)的Kai值也有時(shí)會(huì)變高。
2-2提取疾病易感性基因多態(tài)及疾病抵抗性基因多態(tài)在上述求出的各SNP的genotype涉及的Odds比和Kai值的基礎(chǔ)上，將Odds比＞2.0、Kai值＞3.8作為選擇的條件，提取疾病易感性SNP(Case群中Odds比＞2.0)、疾病抵抗性SNP(Control群中Odds比＞2.0)。
2-3SNP的多重解析首先從論文中檢索動(dòng)脈硬化性疾病相關(guān)的關(guān)鍵詞、選擇200個(gè)的SNP，進(jìn)而精選到99個(gè)。接著選擇這99個(gè)中的任意2～3個(gè)SNP，對(duì)這2個(gè)SNP的各種基因型(1、2、3)的各種全部的組合，求出Case群和Control群的各個(gè)Odds比和Kai值(2個(gè)SNP時(shí)為4×4＝16種、99×98×16/2種)，該特定的SNP的組合稱為SSNP(Synergetic SNP)。
2-4提取有意義的SSNP(1)將上述得到的SSNP按照Kai值從高到低的順序進(jìn)行排列(例如將10個(gè)SSNP進(jìn)行分類，從上到下依次為第1、第2、第3……)(2)對(duì)Case群和Control群的各群，求出可以說(shuō)明的SSNP(說(shuō)明SSNP)。
具體而言，以下述的情況為例進(jìn)行說(shuō)明第1個(gè)SSNP中，病例序號(hào)5、10、15、20和28的5名可以說(shuō)明第2個(gè)SSNP中，病例序號(hào)5、6和30的3名可以說(shuō)明，第5個(gè)SSNP中，病例序號(hào)5、10和15的3名可以說(shuō)明在上述情況下，首先采用第1個(gè)的SSNP作為“說(shuō)明SSNP”。第2個(gè)的SNP，由于可以說(shuō)明第1個(gè)SSNP無(wú)法說(shuō)明的病例序號(hào)6和30，因而成為“說(shuō)明SSNP”。另一方面，第5個(gè)的SSNP由于其所能說(shuō)明的病例都是第1個(gè)“說(shuō)明SSNP”能夠說(shuō)明的，因而不采用。這樣，對(duì)于Case群和Control群的各群，從2-3中求出的SSNP中選出“說(shuō)明SSNP”。
2-5廢棄無(wú)效的SNP多態(tài)計(jì)算在2-4中求出的“說(shuō)明SSNP”的群中包含的SNP的多態(tài)的頻度(％)，廢棄頻度少的。
例如第1個(gè)SSNP為[ACE-II和MTHFR的TT]第2個(gè)SSNP為[ACE-II和eNOS(簡(jiǎn)稱N1)的C等位基因]第3個(gè)SSNP為[ACE-I等位基因和eNOS(簡(jiǎn)稱N1)的C等位基因]，ACE-II為3.5％、ACE-I等位基因?yàn)?.5％。因此，只采用ACE-II，而廢棄ACE-I等位基因(是II多態(tài)呢？還是I等位基因呢？認(rèn)為頻度高的更重要)。
2-6SSNP的再評(píng)價(jià)在2-3中求出的SSNP群中，選出含有在2-5中被廢棄的SNP多態(tài)的SSNP，廢棄這些SSNP。對(duì)剩下的SSNP群再次進(jìn)行2-4和2-5的操作，選出說(shuō)明SSNP。
將這樣得到的Case群(疾病發(fā)病群)涉及的說(shuō)明SSNP(與動(dòng)脈硬化性疾病具有正相關(guān)性的基因多態(tài))列出表來(lái)，即為圖19，Control群(疾病未發(fā)病群)涉及的說(shuō)明SSNP(與動(dòng)脈硬化性疾病具有負(fù)相關(guān)性的基因多態(tài))列出表來(lái)，即為圖1。
3.使用說(shuō)明SNP的動(dòng)脈硬化性疾病的判定將沒(méi)有心肌梗塞病史的糖尿病患者(受試者)作為對(duì)象，如上所述，選出動(dòng)脈硬化性疾病的易感性基因多態(tài)(“說(shuō)明SSNP”)、動(dòng)脈硬化性疾病的抵抗性基因多態(tài)(“說(shuō)明SSNP”)。然后分別參照?qǐng)D19和圖1，求出各受試者具有的易感性基因多態(tài)(“說(shuō)明SSNP”)、和動(dòng)脈硬化性疾病的抵抗性基因多態(tài)(“說(shuō)明SSNP”)的個(gè)數(shù)，當(dāng)易感性基因多態(tài)的數(shù)目比抵抗性基因多態(tài)的數(shù)目多時(shí)，設(shè)為“動(dòng)脈硬化性疾病的高危險(xiǎn)度例”；當(dāng)?shù)挚剐曰蚨鄳B(tài)的數(shù)目比易感性基因多態(tài)數(shù)目多時(shí)，設(shè)為“動(dòng)脈硬化性疾病的低危險(xiǎn)度例”。
另一方面，對(duì)這些各受試者，測(cè)定頸動(dòng)脈內(nèi)膜中膜復(fù)合體肥厚度，如下分類比健康人的頸動(dòng)脈內(nèi)膜中膜復(fù)合體肥厚度平均值厚0.2mm或更大時(shí)為“動(dòng)脈硬化病例”，除此之外為“非動(dòng)脈硬化病例”。
就各受試者而言，分別求出動(dòng)脈硬化病例和非動(dòng)脈硬化病例，與動(dòng)脈硬化性疾病高危險(xiǎn)度例和動(dòng)脈硬化性疾病低危險(xiǎn)度例的相一致的比例，作為“Sensitivity率(準(zhǔn)確率)”。另外，分別求出動(dòng)脈硬化病例和非動(dòng)脈硬化病例，與動(dòng)脈硬化性疾病高危險(xiǎn)度例和動(dòng)脈硬化性疾病低危險(xiǎn)度例不一致的比例，作為“false positive率(錯(cuò)誤率)”。
<解析結(jié)果>
解析結(jié)果示于圖77及表3中。


在圖77中，口只為易感性“說(shuō)明SSNP”，△只為抵抗性“說(shuō)明SSNP”●為易感性“說(shuō)明SSNP”和抵抗性“說(shuō)明SSNP”兩者，如此來(lái)表示Sensitivity率(準(zhǔn)確率)及false positive率(錯(cuò)誤率)的計(jì)算值。各標(biāo)示點(diǎn)顯示為，根據(jù)各自O(shè)dds比2～10中選出的基因多態(tài)的組的計(jì)算值。
如圖77及表3中所示，一起使用易感性基因多態(tài)(說(shuō)明SSNP)和抵抗性基因多態(tài)(說(shuō)明SSNP)而得到的值，其錯(cuò)誤率顯著下降。由此表明，通過(guò)組合使用感受性“說(shuō)明SSNP”和抵抗性“說(shuō)明SSNP”來(lái)進(jìn)行動(dòng)脈硬化性疾病的評(píng)價(jià)，可以高精度地進(jìn)行判定。
工業(yè)上的應(yīng)用可能性通過(guò)本發(fā)明，可以將疾病的發(fā)病容易程度、進(jìn)展的容易程度等作為疾病危險(xiǎn)度來(lái)進(jìn)行高精度地判定，可以提供能夠用于預(yù)防或治療疾病發(fā)病的疾病危險(xiǎn)度判定方法、疾病危險(xiǎn)度判定裝置及疾病危險(xiǎn)度判定程序。該方法，對(duì)于糖尿病患者或其臨界型糖尿病患者，可以高精度地判定其動(dòng)脈硬化性疾病及心肌梗塞性疾病的發(fā)病容易程度及進(jìn)展容易程度等，可以有效地用于預(yù)防或治療該病的發(fā)病。
以往的疾病危險(xiǎn)度的判定方法，只是將疾病的易感性(正相關(guān)性)作為指標(biāo)，對(duì)疾病進(jìn)行危險(xiǎn)度的判定，而在本發(fā)明中，也包含了對(duì)疾病抵抗性(負(fù)相關(guān)性)指標(biāo)。由此，在本發(fā)明中，對(duì)疾病危險(xiǎn)度不僅可以從易感性方面還可以從抵抗性方面進(jìn)行判定，然后綜合地判斷，就疾病的危險(xiǎn)度而言，可以得到更確切、精度高的結(jié)果。
另外，本發(fā)明對(duì)動(dòng)脈硬化特別是起因于糖尿病的動(dòng)脈硬化性疾病的危險(xiǎn)度判定有用的疾病抵抗性因素和易感性因素，以及對(duì)心肌梗塞性疾病、特別是起因于糖尿病的心肌梗塞疾病的危險(xiǎn)度判定有用的疾病抵抗性因素和易感性因素，從基因多態(tài)的角度進(jìn)行了明確；將其作為動(dòng)脈硬化性疾病的抵抗性基因多態(tài)組及動(dòng)脈硬化性疾病的易感性基因多態(tài)或基因多態(tài)組，以及心肌梗塞性疾病的抵抗性基因多態(tài)組及心肌梗塞性疾病的易感性基因多態(tài)或基因多態(tài)組而提供。由此，對(duì)受試者，特別是糖尿病患者或有其傾向的患者(糖尿病臨界型)而言，對(duì)動(dòng)脈硬化性疾病或心肌梗塞性疾病的危險(xiǎn)度的判定、預(yù)防及治療等，可以根據(jù)受試者的特質(zhì)來(lái)采取更恰當(dāng)?shù)姆绞竭M(jìn)行。本發(fā)明提供的疾病危險(xiǎn)度判定方法、疾病危險(xiǎn)度判定用陣列、疾病抵抗性基因標(biāo)志物及疾病易感性基因標(biāo)志物、疾病抵抗性基因多態(tài)或疾病易感性基因多態(tài)的分析用試劑盒，可以用于實(shí)施動(dòng)脈硬化性疾病或心肌梗塞性疾病的危險(xiǎn)度的判定。
所述的本發(fā)明的技術(shù)，不只適用于本說(shuō)明書(shū)中作為一個(gè)例子而舉出的動(dòng)脈硬化性疾病或心肌梗塞性疾病，也可同樣適用于其他疾病。特別是可以同樣適用于起因于糖尿病而發(fā)病的腦梗塞、糖尿病腎病、糖尿病視網(wǎng)膜病、糖尿病性神經(jīng)癥等。
序列表<110>財(cái)團(tuán)法人大阪產(chǎn)業(yè)振興機(jī)構(gòu)<120>疾病危險(xiǎn)度判定用基因多態(tài)的確定方法、疾病危險(xiǎn)度判定方法及判定用陣列<130>P04-130<150>JP 2003-355716<151>2003-10-15<160>4<170>PatentIn version 3.1<210>1<211>14<212>DNA<213>人工序列<220>
<221>引物<400>1ctggagacca ctcccatcct ttct 14<210>2<211>25<212>DNA<213>人工序列<220>
<221>引物<400>2gatgtggcca tcacattcgt cagat25<210>3<211>21<212>DNA<213>人工序列<220>
<221>探針<400>3ttacaggcgt gatacagtca c21<210>4<211>23<212>DNA<213>人工序列<220>
<221>探針<400>4gcctatacag tcacttttat gtg 2權(quán)利要求
1.疾病危險(xiǎn)度判定用基因多態(tài)的確定方法，其特征為，含有以下步驟第1步驟，從預(yù)先指定的多種基因多態(tài)中，指定基因型而選出規(guī)定數(shù)目的基因多態(tài)，作為基因多態(tài)組；第2步驟，使疾病指標(biāo)與具有基因型的基因多態(tài)相對(duì)應(yīng)地作為要素來(lái)構(gòu)成集合，使用該集合來(lái)計(jì)算上述基因多態(tài)組與上述疾病指標(biāo)的相關(guān)性，及該相關(guān)性的統(tǒng)計(jì)學(xué)上的有意義性；第3步驟，當(dāng)計(jì)算出的上述相關(guān)性為負(fù)相關(guān)性且有意義時(shí)，將構(gòu)成上述基因多態(tài)組的基因多態(tài)作為疾病危險(xiǎn)度判定用基因多態(tài)而采用。
2.如權(quán)利要求1所述的疾病危險(xiǎn)度判定用基因多態(tài)的確定方法，其特征為，進(jìn)一步含有第4步驟當(dāng)計(jì)算出的上述相關(guān)性為正相關(guān)性且有意義時(shí)，將構(gòu)成上述基因多態(tài)組的基因多態(tài)作為疾病危險(xiǎn)度判定用基因多態(tài)而采用。
3.如權(quán)利要求2所述的疾病危險(xiǎn)度判定用基因多態(tài)的確定方法，其特征為，所述相關(guān)性為可能比，所述有效性為Kai二乘值，所述疾病為動(dòng)脈硬化性疾病，且所述疾病的指標(biāo)為頸動(dòng)脈內(nèi)膜中膜復(fù)合體肥厚度。
4.如權(quán)利要求2所述的疾病危險(xiǎn)度判定用基因多態(tài)的確定方法，其特征為，所述相關(guān)性為可能比，所述有效性為Kai二乘值，所述疾病為心肌梗塞，且所述疾病的指標(biāo)為心電圖上有無(wú)陳舊性心肌梗塞波形，或有無(wú)心肌梗塞的既往史。
5.如權(quán)利要求3所述的疾病危險(xiǎn)度判定用基因多態(tài)的確定方法，其特征為，每當(dāng)在上述第1步驟中不重復(fù)地確定上述基因多態(tài)組時(shí)，反復(fù)進(jìn)行上述第1～第3步驟，還包含第5步驟判斷上述第1步驟、由比上述基因多態(tài)組數(shù)目還少的基因多態(tài)構(gòu)成的基因多態(tài)組，在上述第3步驟中，是否已作為疾病危險(xiǎn)度判定用基因多態(tài)而采用，當(dāng)上述判斷結(jié)果判斷為被采用時(shí)，不執(zhí)行上述第3步驟。
6.如權(quán)利要求4所述的疾病危險(xiǎn)度判定用基因多態(tài)的確定方法，其特征為，每當(dāng)在上述第1步驟中不重復(fù)地確定上述基因多態(tài)組時(shí)，反復(fù)進(jìn)行上述第1～第4步驟，還包含第6步驟判斷上述第1步驟、由比上述基因多態(tài)組數(shù)目還少的基因多態(tài)構(gòu)成的基因多態(tài)組，在上述第3步驟中，是否已作為疾病危險(xiǎn)度判定用基因多態(tài)而采用，當(dāng)上述判斷結(jié)果判斷為被采用時(shí)，不執(zhí)行上述第4步驟。
7.如權(quán)利要求3所述的疾病危險(xiǎn)度判定用基因多態(tài)的確定方法，其特征為，包含第7步驟計(jì)算每個(gè)在上述第3步驟中采用的上述基因多態(tài)的貢獻(xiàn)率，根據(jù)上述貢獻(xiàn)率選擇取舍上述疾病危險(xiǎn)度判定用基因多態(tài)。
8.如權(quán)利要求4所述的疾病危險(xiǎn)度判定用基因多態(tài)的確定方法，其特征為，包含第8步驟計(jì)算每個(gè)在上述第5步驟中采用的上述基因多態(tài)的貢獻(xiàn)率，根據(jù)上述貢獻(xiàn)率選擇取舍上述疾病危險(xiǎn)度判定用基因多態(tài)。
9.如權(quán)利要求7所述的疾病危險(xiǎn)度判定用基因多態(tài)的確定方法，其特征為，包含第9步驟根據(jù)是否為上述基因多態(tài)的每一個(gè)上述基因型的上述貢獻(xiàn)率中的最大值，來(lái)選擇取舍上述疾病危險(xiǎn)度判定用基因多態(tài)。
10.如權(quán)利要求8所述的疾病危險(xiǎn)度判定用基因多態(tài)的確定方法，其特征為，包含第10步驟根據(jù)是否為上述基因多態(tài)的每一個(gè)上述基因型的上述貢獻(xiàn)率中的最大值，來(lái)選擇取舍上述疾病危險(xiǎn)度判定用基因多態(tài)
11.如權(quán)利要求1所述的疾病危險(xiǎn)度判定用基因多態(tài)的確定方法，其特征為，在取得新的疾病指標(biāo)及具有基因型的基因多態(tài)時(shí)，使用新取得的具有上述基因型的基因多態(tài)，檢索上述集合，取得相應(yīng)的疾病指標(biāo)，使用該疾病指標(biāo)及上述新的疾病指標(biāo)，來(lái)確定疾病危險(xiǎn)度判定用基因多態(tài)。
12.動(dòng)脈硬化性疾病危險(xiǎn)度判定用陣列，其特征為，具有對(duì)于構(gòu)成選自圖1～9的任意一個(gè)圖中記載的負(fù)(抵抗性)基因多態(tài)組中的至少一個(gè)基因多態(tài)組的基因多態(tài)的檢測(cè)用探針，或具有對(duì)于構(gòu)成選自圖38～43的任意一個(gè)圖中記載的負(fù)(抵抗性)基因多態(tài)組中的至少一個(gè)基因多態(tài)組的基因多態(tài)的檢測(cè)用探針。
13.如權(quán)利要求12所述的動(dòng)脈硬化性疾病危險(xiǎn)度判定用陣列，其特征為，具有對(duì)于圖10～18的任意一個(gè)圖中記載的基因多態(tài)群的半數(shù)或更多的基因多態(tài)的檢測(cè)用探針，或具有對(duì)于圖44～47的任意一個(gè)圖中記載的基因多態(tài)群的半數(shù)或更多的基因多態(tài)的檢測(cè)用探針。
14.如權(quán)利要求12所述的動(dòng)脈硬化性疾病危險(xiǎn)度判定用陣列，其特征為，進(jìn)一步具有對(duì)于構(gòu)成選自圖19～27的任意一個(gè)圖中記載的、正(易感性)的基因多態(tài)組中的至少一個(gè)基因多態(tài)組的基因多態(tài)的檢測(cè)用探針，或具有對(duì)于構(gòu)成選自圖63～69的任意一個(gè)圖中記載的、正(易感性)的基因多態(tài)組中的至少一個(gè)基因多態(tài)組的基因多態(tài)的檢測(cè)用探針。
15.如權(quán)利要求12所述的動(dòng)脈硬化性疾病危險(xiǎn)度判定用陣列，其特征為，具有對(duì)于基因圖28～37的任意一個(gè)圖中記載的基因多態(tài)群的半數(shù)或更多的基因多態(tài)的檢測(cè)用探針，或具有對(duì)于圖52～55的任意一個(gè)圖中記載的基因多態(tài)群的半數(shù)或更多的基因多態(tài)的檢測(cè)用探針。
16.心肌梗塞危險(xiǎn)度判定用陣列，其特征為，具有對(duì)于構(gòu)成選自圖56～58的任意一個(gè)圖中記載的、負(fù)(抵抗性)的基因多態(tài)組中的至少一個(gè)基因多態(tài)組的基因多態(tài)的檢測(cè)用探針。
17.如權(quán)利要求16所述的心肌梗塞危險(xiǎn)度判定用陣列，其特征為，具有對(duì)于圖59～62的任意一個(gè)圖中記載的基因多態(tài)群的半數(shù)或更多的基因多態(tài)的檢測(cè)用探針。
18.如權(quán)利要求16所述的心肌梗塞危險(xiǎn)度判定用陣列，其特征為，進(jìn)一步具有對(duì)于構(gòu)成選自圖63～69的任意一個(gè)圖中記載的、正(易感性)的基因多態(tài)組中的至少一個(gè)基因多態(tài)組的基因多態(tài)的檢測(cè)用探針。
19.如權(quán)利要求16所述的心肌梗塞危險(xiǎn)度判定用陣列，其特征為，具有對(duì)于圖70～73的任意一個(gè)圖中記載的基因多態(tài)群的半數(shù)或更多的基因多態(tài)的檢測(cè)用探針。
20.疾病危險(xiǎn)度的判定方法，其特征為，具有(b)工序?qū)⑹茉嚇悠窓z測(cè)出的基因多態(tài)，與跟疾病判定指標(biāo)具有負(fù)相關(guān)性的基因多態(tài)或具有負(fù)相關(guān)性的基因多態(tài)組進(jìn)行對(duì)照。
21.如權(quán)利要求20所述的疾病危險(xiǎn)度的判定方法，其特征為，進(jìn)一步具有工序(b’)與跟疾病判定指標(biāo)具有正相關(guān)性的基因多態(tài)或具有正相關(guān)性的基因多態(tài)組進(jìn)行對(duì)照；以及工序(c)由(b’)的結(jié)果，對(duì)檢測(cè)出的基因多態(tài)組對(duì)比負(fù)相關(guān)性和正相關(guān)性，算出其偏度。
22.如權(quán)利要求21所述的疾病危險(xiǎn)度的判定方法，其特征為，進(jìn)一步具有(d)工序由得到的偏度，評(píng)價(jià)疾病危險(xiǎn)度。
23.如權(quán)利要求20所述的疾病危險(xiǎn)度的判定方法，其特征為，對(duì)象疾病為動(dòng)脈硬化性疾病，作為與疾病判定指標(biāo)具有負(fù)相關(guān)性的基因多態(tài)組，使用選自圖1～9的任意記載的負(fù)的基因多態(tài)組中的至少一個(gè)組，或選自圖38～43的任意記載的負(fù)的基因多態(tài)組中的至少一個(gè)組。
24.如權(quán)利要求21所述的動(dòng)脈硬化性疾病危險(xiǎn)度的判定方法，其特征為，對(duì)象疾病為動(dòng)脈硬化性疾病，(1)與疾病判定指標(biāo)具有負(fù)相關(guān)性的基因多態(tài)組為選自圖1～9的任意記載的負(fù)的基因多態(tài)組中的至少一個(gè)組；且與疾病判定指標(biāo)具有正相關(guān)性的基因多態(tài)或具有正相關(guān)性的基因多態(tài)組為選自圖19～27的任意記載的正的基因多態(tài)組中的至少一個(gè)基因多態(tài)組，或者(2)與疾病判定指標(biāo)具有負(fù)相關(guān)性的基因多態(tài)組為選自圖38～43的任意記載的負(fù)的基因多態(tài)組中的至少一個(gè)組；且與疾病判定指標(biāo)具有正相關(guān)性的基因多態(tài)或具有正相關(guān)性的基因多態(tài)組為選自圖48～51的任意記載的正的基因多態(tài)組中的至少一個(gè)基因多態(tài)組。
25.權(quán)利要求20或21所述的疾病危險(xiǎn)度的判定方法，其特征為，在工序(b)或(b’)之前，具有工序(a)檢測(cè)受試樣品中的基因多態(tài)。
26.如權(quán)利要求25所述的疾病危險(xiǎn)度的判定方法，其中，檢測(cè)工序(a)，是將從圖37中記載的99個(gè)基因多態(tài)中選出的2或3或更多個(gè)基因多態(tài)作為對(duì)象的檢測(cè)工序。
27.如權(quán)利要求25所述的疾病危險(xiǎn)度的判定方法，其中，對(duì)象疾病為動(dòng)脈硬化性疾病，檢測(cè)工序(a)為，在權(quán)利要求12～15的任意一項(xiàng)所記載的動(dòng)脈硬化性疾病危險(xiǎn)度判定用陣列上，將由受試樣品調(diào)制的探針和陣列上的基因多態(tài)檢測(cè)用探針進(jìn)行雜交，檢測(cè)出基因多態(tài)的工序。
28.如權(quán)利要求25所述的疾病危險(xiǎn)度的判定方法，其中，對(duì)象疾病為心肌梗塞，檢測(cè)工序(a)為，在權(quán)利要求16～19的任意一項(xiàng)所記載的心肌梗塞危險(xiǎn)度判定用陣列上，將由受試樣品調(diào)制的探針和陣列上的基因多態(tài)檢測(cè)用探針進(jìn)行雜交，檢測(cè)出基因多態(tài)的工序。
29.疾病危險(xiǎn)度的判定裝置，其特征為，備有記錄使由含有基因型的1個(gè)或更多個(gè)基因多態(tài)構(gòu)成的第1基因多態(tài)組與該基因多態(tài)組跟疾病指標(biāo)的正相關(guān)性或負(fù)相關(guān)性相對(duì)應(yīng)的參照表的記錄部；取得受試樣品的具有基因型的基因多態(tài)的接口部；將由取得的上述受試樣品的基因多態(tài)中規(guī)定數(shù)目的基因多態(tài)構(gòu)成的第2基因多態(tài)組與上述參照表中的上述第1基因多態(tài)組進(jìn)行對(duì)照的處理部；上述處理部，當(dāng)具有與對(duì)照結(jié)果一致的上述第1基因多態(tài)組時(shí)，根據(jù)該第1基因多態(tài)組的正相關(guān)性或負(fù)相關(guān)性，計(jì)算關(guān)于上述受試樣品的偏度。
30.如權(quán)利要求29所述的疾病危險(xiǎn)度判定裝置，其特征為，判定對(duì)象疾病為動(dòng)脈硬化性疾病，上述參照表為，將與頸動(dòng)脈內(nèi)膜中膜復(fù)合體肥厚度具有正相關(guān)性的基因多態(tài)組，與作為動(dòng)脈硬化性疾病易感性的頸動(dòng)脈內(nèi)膜中膜復(fù)合體肥厚度超過(guò)正常范圍的頻度的可能比相對(duì)應(yīng)的表。
31.如權(quán)利要求29所述的疾病危險(xiǎn)度判定裝置，其特征為，判定對(duì)象疾病為動(dòng)脈硬化性疾病，上述參照表為，將具有與頸動(dòng)脈內(nèi)膜中膜復(fù)合體肥厚度具有正相關(guān)性的基因多態(tài)組，與作為動(dòng)脈硬化性疾病易感性的頸動(dòng)脈內(nèi)膜中膜復(fù)合體肥厚度的增加相對(duì)應(yīng)的表。
32.如權(quán)利要求29所述的疾病危險(xiǎn)度判定裝置，其特征為，判定對(duì)象疾病為動(dòng)脈硬化性疾病，與頸動(dòng)脈內(nèi)膜中膜復(fù)合體肥厚度具有正相關(guān)性的上述第1基因多態(tài)組為，選自頸動(dòng)脈內(nèi)膜中膜復(fù)合體肥厚度超出正常范圍的頻度的可能比為一定或更高的基因多態(tài)組以及與頸動(dòng)脈內(nèi)膜中膜復(fù)合體肥厚度的平均值具有有意義差的基因多態(tài)組中的至少任意一個(gè)。
33.如權(quán)利要求29所述的疾病危險(xiǎn)度判定裝置，其特征為，判定對(duì)象疾病為動(dòng)脈硬化性疾病，上述參照表為，將具有與頸動(dòng)脈內(nèi)膜中膜復(fù)合體肥厚度具有負(fù)相關(guān)性的基因多態(tài)組，與作為動(dòng)脈硬化性疾病抵抗性的頸動(dòng)脈內(nèi)膜中膜復(fù)合體肥厚度為正常范圍或更小的頻度的可能比相對(duì)應(yīng)的表。
34.如權(quán)利要求29所述的疾病危險(xiǎn)度判定裝置，其特征為，判定對(duì)象疾病為動(dòng)脈硬化性疾病，上述參照表為，將與頸動(dòng)脈內(nèi)膜中膜復(fù)合體肥厚度具有負(fù)相關(guān)性的基因多態(tài)或其組，與作為動(dòng)脈硬化性疾病抵抗性的頸動(dòng)脈內(nèi)膜中膜復(fù)合體肥厚度的增加受到抑制相對(duì)應(yīng)的表。
35.如權(quán)利要求29所述的疾病危險(xiǎn)度判定裝置，其特征為，判定對(duì)象疾病為動(dòng)脈硬化性疾病，上述參照表為，將環(huán)境因素的有無(wú)或數(shù)值，與動(dòng)脈硬化性疾病的易感性及動(dòng)脈硬化性疾病的抵抗性相對(duì)應(yīng)的表，并且，進(jìn)一步備有檢測(cè)機(jī)構(gòu)將輸入的受試對(duì)象的環(huán)境因素的有無(wú)或數(shù)值，與上述參照表中的環(huán)境因素的有無(wú)或數(shù)值相對(duì)照，由與該環(huán)境因素的有無(wú)或數(shù)值相對(duì)應(yīng)的動(dòng)脈硬化易感性及動(dòng)脈硬化抵抗性，檢測(cè)出該動(dòng)脈硬化危險(xiǎn)度。
36.如權(quán)利要求29所述的疾病危險(xiǎn)度判定裝置，其特征為，判定對(duì)象疾病為動(dòng)脈硬化性疾病，上述參照表為，將頸動(dòng)脈內(nèi)膜中膜復(fù)合體肥厚度，與動(dòng)脈硬化性疾病的易感性及動(dòng)脈硬化性疾病的抵抗性相對(duì)應(yīng)的數(shù)據(jù)表，并且，進(jìn)一步備有檢測(cè)設(shè)備將輸入的受試者的頸動(dòng)脈內(nèi)膜中膜復(fù)合體肥厚度，與上述參照表中的頸動(dòng)脈內(nèi)膜中膜復(fù)合體肥厚度相對(duì)照，由與頸動(dòng)脈內(nèi)膜中膜復(fù)合體肥厚度相對(duì)應(yīng)的動(dòng)脈硬化易感性及動(dòng)脈硬化抵抗性，檢測(cè)出該動(dòng)脈硬化危險(xiǎn)度。
37.如權(quán)利要求39所述的疾病危險(xiǎn)度判定裝置，其特征為，判定對(duì)象疾病為動(dòng)脈硬化性疾病，備有血管壁膜壓測(cè)定機(jī)構(gòu)測(cè)定受試者的頸動(dòng)脈內(nèi)膜中膜復(fù)合體肥厚度，將該頸動(dòng)脈內(nèi)膜中膜復(fù)合體肥厚度的測(cè)定結(jié)果供給到上述接口部。
38.疾病危險(xiǎn)度的判定程序，其特征為，用于在計(jì)算機(jī)中實(shí)現(xiàn)以下功能接受功能，接受具有受試樣品的基因型的基因多態(tài)的輸入，記錄功能，在記錄部上記錄將由具有基因型的1個(gè)或更多個(gè)基因多態(tài)構(gòu)成的第1基因多態(tài)組與該基因多態(tài)組跟疾病指標(biāo)的正相關(guān)性或負(fù)相關(guān)性相對(duì)應(yīng)的參照表，對(duì)照功能，將由上述受試樣品的基因多態(tài)中規(guī)定數(shù)目的基因多態(tài)構(gòu)成的第2基因多態(tài)組，與上述參照表中的上述第1基因多態(tài)組進(jìn)行對(duì)照，以及計(jì)算功能，當(dāng)具有與對(duì)照結(jié)果一致的上述第1基因多態(tài)組時(shí)，根據(jù)該第1基因多態(tài)組的正相關(guān)性或負(fù)相關(guān)性，計(jì)算關(guān)于上述受試樣品的偏度。
39.如權(quán)利要求38所述的疾病危險(xiǎn)度判定程序，其特征為，判定對(duì)象的疾病為動(dòng)脈硬化性疾病，上述參照表為，將與頸動(dòng)脈內(nèi)膜中膜復(fù)合體肥厚度之間具有正相關(guān)性的基因多態(tài)組，與作為動(dòng)脈硬化易感性的頸動(dòng)脈內(nèi)膜中膜復(fù)合體肥厚度超過(guò)正常范圍的頻度的可能比相對(duì)應(yīng)的表。
40.如權(quán)利要求38所述的疾病危險(xiǎn)度判定程序，其特征為，判定對(duì)象的疾病為動(dòng)脈硬化性疾病，上述參照表為，將與頸動(dòng)脈內(nèi)膜中膜復(fù)合體肥厚度之間具有有意義的正相關(guān)性的基因多態(tài)或其組，與作為動(dòng)脈硬化易感性的頸動(dòng)脈內(nèi)膜中膜復(fù)合體肥厚度的增加相對(duì)應(yīng)的表。
41.如權(quán)利要求38所述的疾病危險(xiǎn)度判定程序，其特征為，判定對(duì)象的疾病為動(dòng)脈硬化性疾病，與頸動(dòng)脈內(nèi)膜中膜復(fù)合體肥厚度之間具有有意義的正相關(guān)性的基因多態(tài)組為，選自頸動(dòng)脈內(nèi)膜中膜復(fù)合體肥厚度超出正常范圍的頻度的可能比為一定或更高的基因多態(tài)或其組以及與頸動(dòng)脈內(nèi)膜中膜復(fù)合體肥厚度的平均值具有有意義差的基因多態(tài)或其組中的至少任意一個(gè)。
42.如權(quán)利要求38所述的疾病危險(xiǎn)度判定程序，其特征為，判定對(duì)象的疾病為動(dòng)脈硬化性疾病，上述參照表為，將與頸動(dòng)脈內(nèi)膜中膜復(fù)合體肥厚度之間具有負(fù)相關(guān)性的基因多態(tài)或其組，與作為動(dòng)脈硬化易感性的頸動(dòng)脈內(nèi)膜中膜復(fù)合體肥厚度為正常范圍或更小的頻度的可能比相對(duì)應(yīng)的表。
43.如權(quán)利要求38所述的疾病危險(xiǎn)度判定程序，其特征為，判定對(duì)象的疾病為動(dòng)脈硬化性疾病，上述參照表為，將與頸動(dòng)脈內(nèi)膜中膜復(fù)合體肥厚度具有負(fù)相關(guān)性的基因多態(tài)或其組，與作為動(dòng)脈硬化抵抗性的頸動(dòng)脈內(nèi)膜中膜復(fù)合體肥厚度的增加受到抑制相對(duì)應(yīng)的表。
44.如權(quán)利要求38所述的疾病危險(xiǎn)度判定程序，其特征為，判定對(duì)象的疾病為動(dòng)脈硬化性疾病，將頸動(dòng)脈內(nèi)膜中膜復(fù)合體肥厚度比健康者的頸動(dòng)脈內(nèi)膜中膜復(fù)合體肥厚度的平均值厚0.2mm的情況，定義為動(dòng)脈硬化病例，除此之外定義為非動(dòng)脈硬化病例，且就檢測(cè)的基因多態(tài)而言，將負(fù)的基因多態(tài)或其組比正的基因多態(tài)或其組多的情況下定義為動(dòng)脈硬化性疾病低危險(xiǎn)度例，將正的基因多態(tài)或其組比負(fù)的基因多態(tài)或其組多的情況定義為動(dòng)脈硬化性疾病高危險(xiǎn)度例，此時(shí)，受試對(duì)象的動(dòng)脈硬化病例及非動(dòng)脈硬化病例分別與動(dòng)脈硬化性疾病高危險(xiǎn)度例及動(dòng)脈硬化性疾病低危險(xiǎn)度例相一致的比例為30％或更高，以及不一致的比例為30％或更低。
45.記錄疾病危險(xiǎn)度判定用程序的計(jì)算機(jī)可讀取的記錄媒體，其特征為，所述疾病危險(xiǎn)度的判定程序，用于在計(jì)算機(jī)中實(shí)現(xiàn)以下功能接受功能，接受具有受試樣品的基因型的基因多態(tài)的輸入，記錄功能，在記錄部上記錄將由具有基因型的1個(gè)或更多個(gè)基因多態(tài)構(gòu)成的第1基因多態(tài)組與該基因多態(tài)組跟疾病指標(biāo)的正相關(guān)性或負(fù)相關(guān)性相對(duì)應(yīng)的參照表，對(duì)照功能，將由上述受試樣品的基因多態(tài)中規(guī)定數(shù)目的基因多態(tài)構(gòu)成的第2基因多態(tài)組，與上述參照表中的上述第1基因多態(tài)組進(jìn)行對(duì)照，計(jì)算功能，當(dāng)具有與對(duì)照結(jié)果一致的上述第1基因多態(tài)組時(shí)，根據(jù)該第1基因多態(tài)組的正相關(guān)性或負(fù)相關(guān)性，計(jì)算上述關(guān)于受試樣品的偏度。
46.動(dòng)脈硬化性疾病抵抗性的基因標(biāo)志物，其特征為，含有構(gòu)成選自圖1～9的任意記載的負(fù)的基因多態(tài)組中的至少一個(gè)基因多態(tài)組的基因多態(tài)，或構(gòu)成選自圖38～43的任意記載的負(fù)的基因多態(tài)組中的至少一個(gè)基因多態(tài)組的基因多態(tài)。
47.(1)含有構(gòu)成選自圖1～9的任意記載的負(fù)的基因多態(tài)組中的至少一個(gè)基因多態(tài)組的基因多態(tài)的動(dòng)脈硬化性疾病抵抗性的基因標(biāo)志物，以及含有構(gòu)成選自圖19～27的任意記載的正的基因多態(tài)組中的至少一個(gè)基因多態(tài)組的基因多態(tài)的，或者(2)含有構(gòu)成選自圖38～43的任意記載的負(fù)的基因多態(tài)組中的至少一個(gè)基因多態(tài)組的基因多態(tài)的動(dòng)脈硬化性疾病抵抗性的基因標(biāo)志物，以及含有構(gòu)成選自圖48～55的任意記載的正的基因多態(tài)組中的至少一個(gè)基因多態(tài)組的基因多態(tài)的動(dòng)脈硬化性疾病易感性的基因標(biāo)志物。
48.心肌梗塞抵抗性基因標(biāo)志物，其特征為，含有構(gòu)成選自圖56～58的任意記載的負(fù)的基因多態(tài)組中的至少一個(gè)基因多態(tài)組的基因多態(tài)。
49.含有構(gòu)成選自圖56～58的任意記載的負(fù)的基因多態(tài)組中的至少一個(gè)基因多態(tài)組的基因多態(tài)的心肌梗塞抵抗性基因標(biāo)志物，以及含有構(gòu)成選自圖63～69的任意記載的正的基因多態(tài)組中的至少一個(gè)基因多態(tài)組的基因多態(tài)的心肌梗塞易感性的基因標(biāo)志物。
50.動(dòng)脈硬化性疾病抵抗性基因多態(tài)分析用試劑盒，其特征為，含有(1)可以特異性地?cái)U(kuò)增構(gòu)成選自圖1～9的任意記載的負(fù)的基因多態(tài)組中的至少一個(gè)基因多態(tài)組的基因的引物對(duì)，或可以與該基因特異性地雜交的核酸探針，或者(2)可以特異性地?cái)U(kuò)增構(gòu)成選自圖38～43的任意記載的負(fù)的基因多態(tài)組中的至少一個(gè)基因多態(tài)組的基因的引物對(duì)，或可以與該基因特異性地雜交的核酸探針。
51.動(dòng)脈硬化性疾病抵抗性基因多態(tài)或易感性基因多態(tài)的分析用試劑盒，其特征為，含有(1)可以特異性地?cái)U(kuò)增構(gòu)成選自圖1～9的任意記載的負(fù)的基因多態(tài)組中的至少一個(gè)基因多態(tài)組的基因的引物對(duì)或可以與該基因特異性地雜交的核酸探針，以及，可以特異性地?cái)U(kuò)增構(gòu)成選自圖19～27的任意記載的正的基因多態(tài)組中的至少一個(gè)基因多態(tài)組的基因的引物對(duì)或可以與該基因特異性地雜交的核酸探針，或者(2)可以特異性地?cái)U(kuò)增構(gòu)成選自圖38～43的任意記載的負(fù)的基因多態(tài)組中的至少一個(gè)基因多態(tài)組的基因的引物對(duì)或可以與該基因特異性地雜交的核酸探針，以及，可以特異性地?cái)U(kuò)增構(gòu)成選自圖48～51的任意記載的正的基因多態(tài)組中的至少一個(gè)基因多態(tài)組的基因的引物對(duì)或可以與該基因特異性地雜交的核酸探針。
52.心肌梗塞抵抗性基因多態(tài)分析用試劑盒，其特征為，含有可以特異性地?cái)U(kuò)增構(gòu)成選自圖56～58的任意記載的負(fù)的基因多態(tài)組中的至少一個(gè)基因多態(tài)組的基因的引物對(duì)或可以與該基因特異性地雜交的核酸探針。
53.心肌梗塞抵抗性基因多態(tài)或易感性基因多態(tài)分析用試劑盒，其特征為，含有可以特異性地?cái)U(kuò)增構(gòu)成選自圖56～58的任意記載的負(fù)的基因多態(tài)組中的至少一個(gè)基因多態(tài)組的基因的引物對(duì)或可以與該基因特異性地雜交的核酸探針，以及，可以特異性地?cái)U(kuò)增構(gòu)成選自圖63～69的任意記載的正的基因多態(tài)組中的至少一個(gè)基因多態(tài)組的基因的引物對(duì)或可以與該基因特異性地雜交的核酸探針。
全文摘要
本發(fā)明提供可以將疾病罹患容易程度及進(jìn)展容易程度等作為疾病危險(xiǎn)度而正確地判定、可以用于疾病的預(yù)防及治療的疾病危險(xiǎn)度判定方法、在判定該疾病危險(xiǎn)度等中使用的確定疾病危險(xiǎn)度判定用基因多態(tài)的方法、判定中使用的陣列、基因多態(tài)分析用試劑盒以及疾病危險(xiǎn)度判定裝置等。疾病危險(xiǎn)度的判定的主要特征為，判定中使用與疾病具有負(fù)(抵抗性)相關(guān)性的基因多態(tài)或基因多態(tài)組；特別是將與疾病具有負(fù)相關(guān)性的基因多態(tài)或基因多態(tài)組，與具有正相關(guān)性的基因多態(tài)或基因多態(tài)組組合起來(lái)使用。
文檔編號(hào)G06F19/24GK1867922SQ200480030259
公開(kāi)日2006年11月22日 申請(qǐng)日期2004年10月15日 優(yōu)先權(quán)日2003年10月15日
發(fā)明者山崎義光 申請(qǐng)人:株式會(huì)社西格恩波斯特